gitextract_3co428a0/

├── LICENSE
├── README.md
├── evaluation_scripts/
│   ├── run_evaluation_acdc.sh
│   ├── run_evaluation_lung.sh
│   ├── run_evaluation_synapse.sh
│   └── run_evaluation_tumor.sh
├── requirements.txt
├── training_scripts/
│   ├── run_training_acdc.sh
│   ├── run_training_lung.sh
│   ├── run_training_synapse.sh
│   └── run_training_tumor.sh
└── unetr_pp/
    ├── __init__.py
    ├── configuration.py
    ├── evaluation/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── add_dummy_task_with_mean_over_all_tasks.py
    │   ├── add_mean_dice_to_json.py
    │   ├── collect_results_files.py
    │   ├── evaluator.py
    │   ├── metrics.py
    │   ├── model_selection/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── collect_all_fold0_results_and_summarize_in_one_csv.py
    │   │   ├── ensemble.py
    │   │   ├── figure_out_what_to_submit.py
    │   │   ├── rank_candidates.py
    │   │   ├── rank_candidates_StructSeg.py
    │   │   ├── rank_candidates_cascade.py
    │   │   ├── summarize_results_in_one_json.py
    │   │   └── summarize_results_with_plans.py
    │   ├── region_based_evaluation.py
    │   ├── surface_dice.py
    │   ├── unetr_pp_acdc_checkpoint/
    │   │   └── unetr_pp/
    │   │       └── 3d_fullres/
    │   │           └── Task001_ACDC/
    │   │               └── unetr_pp_trainer_acdc__unetr_pp_Plansv2.1/
    │   │                   └── fold_0/
    │   │                       └── .gitignore
    │   ├── unetr_pp_lung_checkpoint/
    │   │   └── unetr_pp/
    │   │       └── 3d_fullres/
    │   │           └── Task006_Lung/
    │   │               └── unetr_pp_trainer_lung__unetr_pp_Plansv2.1/
    │   │                   └── fold_0/
    │   │                       └── .gitignore
    │   ├── unetr_pp_synapse_checkpoint/
    │   │   └── unetr_pp/
    │   │       └── 3d_fullres/
    │   │           └── Task002_Synapse/
    │   │               └── unetr_pp_trainer_synapse__unetr_pp_Plansv2.1/
    │   │                   └── fold_0/
    │   │                       └── .gitignore
    │   └── unetr_pp_tumor_checkpoint/
    │       └── unetr_pp/
    │           └── 3d_fullres/
    │               └── Task003_tumor/
    │                   └── unetr_pp_trainer_tumor__unetr_pp_Plansv2.1/
    │                       └── fold_0/
    │                           └── .gitignore
    ├── experiment_planning/
    │   ├── DatasetAnalyzer.py
    │   ├── __init__.py
    │   ├── alternative_experiment_planning/
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_11GB.py
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_16GB.py
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_32GB.py
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_3convperstage.py
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v22.py
    │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v23.py
    │   │   ├── experiment_planner_residual_3DUNet_v21.py
    │   │   ├── normalization/
    │   │   │   ├── experiment_planner_2DUNet_v21_RGB_scaleto_0_1.py
    │   │   │   ├── experiment_planner_3DUNet_CT2.py
    │   │   │   └── experiment_planner_3DUNet_nonCT.py
    │   │   ├── patch_size/
    │   │   │   ├── experiment_planner_3DUNet_isotropic_in_mm.py
    │   │   │   └── experiment_planner_3DUNet_isotropic_in_voxels.py
    │   │   ├── pooling_and_convs/
    │   │   │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_allConv3x3.py
    │   │   │   └── experiment_planner_baseline_3DUNet_poolBasedOnSpacing.py
    │   │   └── target_spacing/
    │   │       ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_targetSpacingForAnisoAxis.py
    │   │       ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_customTargetSpacing_2x2x2.py
    │   │       └── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21_noResampling.py
    │   ├── change_batch_size.py
    │   ├── common_utils.py
    │   ├── experiment_planner_baseline_2DUNet.py
    │   ├── experiment_planner_baseline_2DUNet_v21.py
    │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet.py
    │   ├── experiment_planner_baseline_3DUNet_v21.py
    │   ├── nnFormer_convert_decathlon_task.py
    │   ├── nnFormer_plan_and_preprocess.py
    │   ├── summarize_plans.py
    │   └── utils.py
    ├── inference/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── inferTs/
    │   │   └── swin_nomask_2/
    │   │       └── plans.pkl
    │   ├── predict.py
    │   ├── predict_simple.py
    │   └── segmentation_export.py
    ├── inference_acdc.py
    ├── inference_synapse.py
    ├── inference_tumor.py
    ├── network_architecture/
    │   ├── README.md
    │   ├── __init__.py
    │   ├── acdc/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── model_components.py
    │   │   ├── transformerblock.py
    │   │   └── unetr_pp_acdc.py
    │   ├── dynunet_block.py
    │   ├── generic_UNet.py
    │   ├── initialization.py
    │   ├── layers.py
    │   ├── lung/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── model_components.py
    │   │   ├── transformerblock.py
    │   │   └── unetr_pp_lung.py
    │   ├── neural_network.py
    │   ├── synapse/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── model_components.py
    │   │   ├── transformerblock.py
    │   │   └── unetr_pp_synapse.py
    │   └── tumor/
    │       ├── __init__.py
    │       ├── model_components.py
    │       ├── transformerblock.py
    │       └── unetr_pp_tumor.py
    ├── paths.py
    ├── postprocessing/
    │   ├── connected_components.py
    │   ├── consolidate_all_for_paper.py
    │   ├── consolidate_postprocessing.py
    │   └── consolidate_postprocessing_simple.py
    ├── preprocessing/
    │   ├── cropping.py
    │   ├── custom_preprocessors/
    │   │   └── preprocessor_scale_RGB_to_0_1.py
    │   ├── preprocessing.py
    │   └── sanity_checks.py
    ├── run/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── default_configuration.py
    │   └── run_training.py
    ├── training/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── cascade_stuff/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   └── predict_next_stage.py
    │   ├── data_augmentation/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── custom_transforms.py
    │   │   ├── data_augmentation_insaneDA.py
    │   │   ├── data_augmentation_insaneDA2.py
    │   │   ├── data_augmentation_moreDA.py
    │   │   ├── data_augmentation_noDA.py
    │   │   ├── default_data_augmentation.py
    │   │   ├── downsampling.py
    │   │   └── pyramid_augmentations.py
    │   ├── dataloading/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   └── dataset_loading.py
    │   ├── learning_rate/
    │   │   └── poly_lr.py
    │   ├── loss_functions/
    │   │   ├── TopK_loss.py
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── crossentropy.py
    │   │   ├── deep_supervision.py
    │   │   └── dice_loss.py
    │   ├── model_restore.py
    │   ├── network_training/
    │   │   ├── Trainer_acdc.py
    │   │   ├── Trainer_lung.py
    │   │   ├── Trainer_synapse.py
    │   │   ├── Trainer_tumor.py
    │   │   ├── network_trainer_acdc.py
    │   │   ├── network_trainer_lung.py
    │   │   ├── network_trainer_synapse.py
    │   │   ├── network_trainer_tumor.py
    │   │   ├── unetr_pp_trainer_acdc.py
    │   │   ├── unetr_pp_trainer_lung.py
    │   │   ├── unetr_pp_trainer_synapse.py
    │   │   └── unetr_pp_trainer_tumor.py
    │   └── optimizer/
    │       └── ranger.py
    └── utilities/
        ├── __init__.py
        ├── distributed.py
        ├── file_conversions.py
        ├── file_endings.py
        ├── folder_names.py
        ├── nd_softmax.py
        ├── one_hot_encoding.py
        ├── overlay_plots.py
        ├── random_stuff.py
        ├── recursive_delete_npz.py
        ├── recursive_rename_taskXX_to_taskXXX.py
        ├── sitk_stuff.py
        ├── task_name_id_conversion.py
        ├── tensor_utilities.py
        └── to_torch.py