gitextract_wgjz66lh/ ├── .coveragerc ├── .gitattributes ├── .github/ │ └── workflows/ │ ├── build.yml │ ├── keep-alive.yml │ ├── mirror-ebrains.yml │ └── test.yml ├── .gitignore ├── .readthedocs.yaml ├── .zenodo.json ├── AUTHORS.txt ├── COPYING ├── COPYING.lesser ├── Dockerfile ├── LICENSE.txt ├── MANIFEST.in ├── Makefile ├── README.rst ├── bluepyopt/ │ ├── __init__.py │ ├── api.py │ ├── deapext/ │ │ ├── CMA_MO.py │ │ ├── CMA_SO.py │ │ ├── __init__.py │ │ ├── algorithms.py │ │ ├── hype.py │ │ ├── optimisations.py │ │ ├── optimisationsCMA.py │ │ ├── stoppingCriteria.py │ │ ├── tools/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── selIBEA.py │ │ └── utils.py │ ├── ephys/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── acc.py │ │ ├── base.py │ │ ├── create_acc.py │ │ ├── create_hoc.py │ │ ├── efeatures.py │ │ ├── evaluators.py │ │ ├── examples/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── simplecell/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── simple.swc │ │ │ └── simplecell.py │ │ ├── extra_features_utils.py │ │ ├── locations.py │ │ ├── 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test_features.py │ │ │ ├── test_init.py │ │ │ ├── test_locations.py │ │ │ ├── test_mechanisms.py │ │ │ ├── test_models.py │ │ │ ├── test_morphologies.py │ │ │ ├── test_objectives.py │ │ │ ├── test_parameters.py │ │ │ ├── test_parameterscalers.py │ │ │ ├── test_protocols.py │ │ │ ├── test_recordings.py │ │ │ ├── test_serializer.py │ │ │ ├── test_simulators.py │ │ │ ├── test_stimuli.py │ │ │ ├── testdata/ │ │ │ │ ├── TimeVoltageResponse.csv │ │ │ │ ├── acc/ │ │ │ │ │ ├── CCell/ │ │ │ │ │ │ ├── CCell.json │ │ │ │ │ │ ├── CCell_decor.acc │ │ │ │ │ │ ├── CCell_label_dict.acc │ │ │ │ │ │ └── simple_axon_replacement.acc │ │ │ │ │ ├── expsyn/ │ │ │ │ │ │ ├── simple.swc │ │ │ │ │ │ ├── simple_cell.json │ │ │ │ │ │ ├── simple_cell_decor.acc │ │ │ │ │ │ └── simple_cell_label_dict.acc │ │ │ │ │ ├── l5pc/ │ │ │ │ │ │ ├── C060114A7.asc │ │ │ │ │ │ ├── C060114A7_axon_replacement.acc │ │ │ │ │ │ ├── C060114A7_modified.acc │ │ │ │ │ │ ├── l5pc.json │ │ │ │ │ │ ├── l5pc_decor.acc │ │ │ │ │ │ └── l5pc_label_dict.acc │ │ │ │ │ ├── l5pc_py37/ │ │ │ │ │ │ └── l5pc_decor.acc │ │ │ │ │ ├── simplecell/ │ │ │ │ │ │ ├── simple.swc │ │ │ │ │ │ ├── simple_axon_replacement.acc │ │ │ │ │ │ ├── simple_cell.json │ │ │ │ │ │ ├── simple_cell_decor.acc │ │ │ │ │ │ ├── simple_cell_label_dict.acc │ │ │ │ │ │ └── simple_modified.acc │ │ │ │ │ └── templates/ │ │ │ │ │ ├── cell_json_template.jinja2 │ │ │ │ │ ├── decor_acc_template.jinja2 │ │ │ │ │ └── label_dict_acc_template.jinja2 │ │ │ │ ├── apic.swc │ │ │ │ ├── lfpy_soma_time.npy │ │ │ │ ├── lfpy_soma_voltage.npy │ │ │ │ ├── lfpy_time.npy │ │ │ │ ├── lfpy_voltage.npy │ │ │ │ ├── simple.swc │ │ │ │ ├── simple.wrong │ │ │ │ ├── simple_ax1.swc │ │ │ │ ├── simple_ax2.asc │ │ │ │ ├── simple_ax2.swc │ │ │ │ └── test.jinja2 │ │ │ ├── testmodels/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ └── dummycells.py │ │ │ └── utils.py │ │ ├── test_evaluators.py │ │ ├── test_l5pc.py │ │ ├── test_lfpy.py │ │ ├── test_neuroml_fcts.py │ │ ├── test_parameters.py │ │ ├── test_simplecell.py │ │ ├── test_stochkv.py │ │ ├── test_tools.py │ │ └── testdata/ │ │ └── l5pc_validate_neuron_arbor/ │ │ └── param_values.json │ └── tools.py ├── cloud-config/ │ ├── README.md │ ├── config/ │ │ ├── amazon/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── ansible.cfg │ │ │ ├── create_instance.yaml │ │ │ ├── gather_config.py │ │ │ ├── site.yaml │ │ │ └── vars.yaml │ │ ├── cluster-user/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── ansible.cfg │ │ │ ├── hosts │ │ │ ├── site.yaml │ │ │ └── vars.yaml │ │ └── vagrant/ │ │ ├── README.md │ │ ├── Vagrantfile │ │ ├── ansible.cfg │ │ ├── hosts │ │ ├── site.yaml │ │ └── vars.yaml │ └── roles/ │ ├── base/ │ │ └── tasks/ │ │ └── main.yaml │ ├── deap/ │ │ └── tasks/ │ │ └── main.yaml │ ├── granule-example/ │ │ └── tasks/ │ │ └── main.yaml │ ├── neuron/ │ │ └── tasks/ │ │ ├── main.yaml │ │ └── python27.yaml │ └── scoop-master/ │ └── tasks/ │ └── main.yaml ├── codecov.yml ├── docs/ │ ├── .gitignore │ ├── Makefile │ └── source/ │ ├── .gitignore │ ├── _templates/ │ │ └── module.rst │ ├── api.rst │ ├── conf.py │ ├── deapext.rst │ ├── ephys.rst │ ├── index.rst │ └── optimisations.rst ├── examples/ │ ├── BluePyOpt-ipyparallel.md │ ├── README.md │ ├── __init__.py │ ├── cma_strategy/ │ │ └── cma.ipynb │ ├── expsyn/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── ExpSyn.ipynb │ │ ├── ExpSyn_arbor.ipynb │ │ ├── expsyn.py │ │ ├── generate_acc.py │ │ └── simple.swc │ ├── graupnerbrunelstdp/ │ │ ├── checkpoints/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── figures/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── gbevaluator.py │ │ ├── graupnerbrunelstdp.ipynb │ │ ├── run_fit.py │ │ ├── stdputil.py │ │ └── test_stdputil.py │ ├── l5pc/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── L5PC.ipynb │ │ ├── L5PC_arbor.ipynb │ │ ├── benchmark/ │ │ │ ├── get_stats.py │ │ │ ├── l5pc_benchmark.sbatch │ │ │ ├── logs/ │ │ │ │ └── .gitignore │ │ │ ├── run_benchmark.sh │ │ │ ├── start.sh │ │ │ └── task_stats.py │ │ ├── cADpyr_76.hoc │ │ ├── checkpoints/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── config/ │ │ │ ├── features.json │ │ │ ├── fixed_params.json │ │ │ ├── mechanisms.json │ │ │ ├── parameters.json │ │ │ ├── params.json │ │ │ └── protocols.json │ │ ├── convert_noise_exp.py │ │ ├── convert_params.py │ │ ├── create_tables.py │ │ ├── exp_data/ │ │ │ ├── .gitignore │ │ │ └── noise_i.txt │ │ ├── figures/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── generate_acc.py │ │ ├── generate_hoc.py │ │ ├── hocmodel.py │ │ ├── l5pc_analysis.py │ │ ├── l5pc_evaluator.py │ │ ├── l5pc_model.py │ │ ├── l5pc_validate_neuron_arbor.ipynb │ │ ├── l5pc_validate_neuron_arbor_pm.py │ │ ├── mechanisms/ │ │ │ ├── CaDynamics_E2.mod │ │ │ ├── Ca_HVA.mod │ │ │ ├── Ca_LVAst.mod │ │ │ ├── Ih.mod │ │ │ ├── Im.mod │ │ │ ├── K_Pst.mod │ │ │ ├── K_Tst.mod │ │ │ ├── LICENSE │ │ │ ├── NaTa_t.mod │ │ │ ├── NaTs2_t.mod │ │ │ ├── Nap_Et2.mod │ │ │ ├── SK_E2.mod │ │ │ ├── SKv3_1.mod │ │ │ └── dummy.inc │ │ ├── morphology/ │ │ │ ├── C060114A7.asc │ │ │ └── LICENSE │ │ ├── nsg/ │ │ │ ├── .gitignore │ │ │ ├── Makefile │ │ │ └── init.py │ │ ├── opt_l5pc.py │ │ ├── opt_l5pc.sh │ │ ├── tables/ │ │ │ └── .gitignore │ │ └── tasks2dataframe.py │ ├── l5pc_lfpy/ │ │ ├── L5PC_LFPy.ipynb │ │ ├── __init__.py │ │ ├── extra_features.json │ │ ├── generate_extra_features.py │ │ ├── l5pc_lfpy_evaluator.py │ │ └── l5pc_lfpy_model.py │ ├── metaparameters/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── metaparameters.ipynb │ │ └── twocompartment.swc │ ├── neuroml/ │ │ └── neuroml.ipynb │ ├── simplecell/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── checkpoints/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── figures/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── generate_acc.py │ │ ├── generate_hoc.py │ │ ├── responses.pkl │ │ ├── simple.swc │ │ ├── simplecell-paperfig.ipynb │ │ ├── simplecell.ipynb │ │ ├── simplecell_arbor.ipynb │ │ └── simplecell_model.py │ ├── stochkv/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── mechanisms/ │ │ │ ├── StochKv.mod │ │ │ ├── StochKv3.mod │ │ │ └── dummy.inc │ │ ├── morphology/ │ │ │ └── simple.swc │ │ ├── stochkv3cell.hoc │ │ ├── stochkv3cell.py │ │ ├── stochkv3cell_det.hoc │ │ ├── stochkvcell.hoc │ │ ├── stochkvcell.py │ │ └── stochkvcell_det.hoc │ ├── thalamocortical-cell/ │ │ ├── CellEvalSetup/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── evaluator.py │ │ │ ├── protocols.py │ │ │ ├── template.py │ │ │ └── tools.py │ │ ├── LICENSE.txt │ │ ├── checkpoints/ │ │ │ └── checkpoint.pkl │ │ ├── config/ │ │ │ ├── features/ │ │ │ │ ├── cAD_ltb.json │ │ │ │ └── cNAD_ltb.json │ │ │ ├── params/ │ │ │ │ └── TC.json │ │ │ ├── protocols/ │ │ │ │ ├── cAD_ltb.json │ │ │ │ └── cNAD_ltb.json │ │ │ └── recipes.json │ │ ├── mechanisms/ │ │ │ ├── SK_E2.mod │ │ │ ├── TC_HH.mod │ │ │ ├── TC_ITGHK_Des98.mod │ │ │ ├── TC_Ih_Bud97.mod │ │ │ ├── TC_Nap_Et2.mod │ │ │ ├── TC_cadecay.mod │ │ │ ├── TC_iA.mod │ │ │ └── TC_iL.mod │ │ ├── morphologies/ │ │ │ ├── jy160728_A_idA.asc │ │ │ └── jy170517_A_idA.asc │ │ ├── results/ │ │ │ ├── cAD_ltb_params.csv │ │ │ └── cNAD_ltb_params.csv │ │ └── thalamocortical-cell_opt.ipynb │ └── tsodyksmarkramstp/ │ ├── AUTHORS.txt │ ├── README.md │ ├── amps.pkl │ ├── tmevaluator.py │ ├── tmevaluator_multiplefreqs.py │ ├── tmodeint.py │ ├── tmodesolve.py │ ├── trace.pkl │ ├── tsodyksmarkramstp.ipynb │ └── tsodyksmarkramstp_multiplefreqs.ipynb ├── misc/ │ ├── github_wiki/ │ │ ├── bibtex/ │ │ │ ├── mentions_BPO.bib │ │ │ ├── mentions_BPO_extra.bib │ │ │ ├── poster_uses_BPO.bib │ │ │ ├── thesis_mentions_BPO.bib │ │ │ ├── thesis_uses_BPO.bib │ │ │ ├── uses_BPO.bib │ │ │ └── uses_BPO_extra.bib │ │ └── creates_publication_list_markdown.py │ └── pytest_migration/ │ └── convert_pytest.sh ├── package.json ├── pyproject.toml ├── pytest.ini ├── requirements.txt ├── requirements_docs.txt └── tox.ini