gitextract_m67oskuu/

├── .bbp-project.yaml
├── .clang-format.changes
├── .cmake-format.changes.yaml
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   ├── config.yml
│   │   └── feature_request.md
│   ├── problem-matchers/
│   │   ├── address.json
│   │   ├── gcc.json
│   │   └── undefined.json
│   ├── pull_request_template.md
│   └── workflows/
│       ├── clang_cmake_format_check.yaml
│       ├── coreneuron-ci.yml
│       ├── coverage.yml
│       └── test-as-submodule.yml
├── .gitignore
├── .gitlab-ci.yml
├── .gitmodules
├── .readthedocs.yml
├── .sanitizers/
│   └── undefined.supp
├── AUTHORS.txt
├── CMake/
│   ├── AddHpcCodingConvSubmodule.cmake
│   ├── AddMod2cSubmodule.cmake
│   ├── AddNmodlSubmodule.cmake
│   ├── AddRandom123Submodule.cmake
│   ├── CrayPortability.cmake
│   ├── GitRevision.cmake
│   ├── MakefileBuildOptions.cmake
│   ├── OpenAccHelper.cmake
│   ├── TestScriptUtils.cmake
│   ├── config/
│   │   ├── CompilerFlagsHelpers.cmake
│   │   ├── ReleaseDebugAutoFlags.cmake
│   │   ├── SetRpath.cmake
│   │   └── TestHelpers.cmake
│   ├── coreneuron-config.cmake.in
│   └── packages/
│       ├── FindSphinx.cmake
│       ├── Findlikwid.cmake
│       ├── Findnmodl.cmake
│       └── Findreportinglib.cmake
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE.txt
├── README.md
├── coreneuron/
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── apps/
│   │   ├── coreneuron.cpp
│   │   ├── corenrn_parameters.cpp
│   │   ├── corenrn_parameters.hpp
│   │   └── main1.cpp
│   ├── config/
│   │   ├── config.cpp.in
│   │   ├── config.h
│   │   ├── neuron_version.hpp.in
│   │   └── version_macros.hpp
│   ├── coreneuron.hpp
│   ├── engine.h.in
│   ├── gpu/
│   │   ├── nrn_acc_manager.cpp
│   │   └── nrn_acc_manager.hpp
│   ├── io/
│   │   ├── core2nrn_data_return.cpp
│   │   ├── core2nrn_data_return.hpp
│   │   ├── file_utils.cpp
│   │   ├── file_utils.hpp
│   │   ├── global_vars.cpp
│   │   ├── lfp.cpp
│   │   ├── lfp.hpp
│   │   ├── mech_report.cpp
│   │   ├── mech_report.h
│   │   ├── mem_layout_util.cpp
│   │   ├── mem_layout_util.hpp
│   │   ├── mk_mech.cpp
│   │   ├── nrn2core_data_init.cpp
│   │   ├── nrn2core_direct.h
│   │   ├── nrn_checkpoint.cpp
│   │   ├── nrn_checkpoint.hpp
│   │   ├── nrn_filehandler.cpp
│   │   ├── nrn_filehandler.hpp
│   │   ├── nrn_setup.cpp
│   │   ├── nrn_setup.hpp
│   │   ├── nrnsection_mapping.hpp
│   │   ├── output_spikes.cpp
│   │   ├── output_spikes.hpp
│   │   ├── phase1.cpp
│   │   ├── phase1.hpp
│   │   ├── phase2.cpp
│   │   ├── phase2.hpp
│   │   ├── prcellstate.cpp
│   │   ├── prcellstate.hpp
│   │   ├── reports/
│   │   │   ├── binary_report_handler.cpp
│   │   │   ├── binary_report_handler.hpp
│   │   │   ├── nrnreport.cpp
│   │   │   ├── nrnreport.hpp
│   │   │   ├── report_configuration_parser.cpp
│   │   │   ├── report_event.cpp
│   │   │   ├── report_event.hpp
│   │   │   ├── report_handler.cpp
│   │   │   ├── report_handler.hpp
│   │   │   ├── sonata_report_handler.cpp
│   │   │   └── sonata_report_handler.hpp
│   │   ├── setup_fornetcon.cpp
│   │   ├── setup_fornetcon.hpp
│   │   └── user_params.hpp
│   ├── mechanism/
│   │   ├── capac.cpp
│   │   ├── eion.cpp
│   │   ├── eion.hpp
│   │   ├── mech/
│   │   │   ├── cfile/
│   │   │   │   └── cabvars.h
│   │   │   ├── enginemech.cpp
│   │   │   ├── mod2c_core_thread.hpp
│   │   │   ├── mod_func.c.pl
│   │   │   └── modfile/
│   │   │       ├── exp2syn.mod
│   │   │       ├── expsyn.mod
│   │   │       ├── hh.mod
│   │   │       ├── netstim.mod
│   │   │       ├── passive.mod
│   │   │       ├── pattern.mod
│   │   │       ├── stim.mod
│   │   │       └── svclmp.mod
│   │   ├── mech_mapping.cpp
│   │   ├── mech_mapping.hpp
│   │   ├── mechanism.hpp
│   │   ├── membfunc.hpp
│   │   ├── patternstim.cpp
│   │   ├── register_mech.cpp
│   │   └── register_mech.hpp
│   ├── membrane_definitions.h
│   ├── mpi/
│   │   ├── core/
│   │   │   ├── nrnmpi.hpp
│   │   │   ├── nrnmpi_def_cinc.cpp
│   │   │   ├── nrnmpidec.cpp
│   │   │   └── resolve.cpp
│   │   ├── lib/
│   │   │   ├── mpispike.cpp
│   │   │   ├── nrnmpi.cpp
│   │   │   └── nrnmpi.hpp
│   │   ├── nrnmpi.h
│   │   ├── nrnmpidec.h
│   │   └── nrnmpiuse.h
│   ├── network/
│   │   ├── cvodestb.cpp
│   │   ├── have2want.h
│   │   ├── multisend.cpp
│   │   ├── multisend.hpp
│   │   ├── multisend_setup.cpp
│   │   ├── netcon.hpp
│   │   ├── netcvode.cpp
│   │   ├── netcvode.hpp
│   │   ├── netpar.cpp
│   │   ├── netpar.hpp
│   │   ├── partrans.cpp
│   │   ├── partrans.hpp
│   │   ├── partrans_setup.cpp
│   │   ├── tnode.hpp
│   │   ├── tqueue.cpp
│   │   ├── tqueue.hpp
│   │   └── tqueue.ipp
│   ├── nrnconf.h
│   ├── nrniv/
│   │   └── nrniv_decl.h
│   ├── nrnoc/
│   │   ├── md1redef.h
│   │   └── md2redef.h
│   ├── permute/
│   │   ├── balance.cpp
│   │   ├── cellorder.cpp
│   │   ├── cellorder.cu
│   │   ├── cellorder.hpp
│   │   ├── cellorder1.cpp
│   │   ├── cellorder2.cpp
│   │   ├── data_layout.cpp
│   │   ├── data_layout.hpp
│   │   ├── node_permute.cpp
│   │   └── node_permute.h
│   ├── sim/
│   │   ├── fadvance_core.cpp
│   │   ├── fast_imem.cpp
│   │   ├── fast_imem.hpp
│   │   ├── finitialize.cpp
│   │   ├── multicore.cpp
│   │   ├── multicore.hpp
│   │   ├── scopmath/
│   │   │   ├── abort.cpp
│   │   │   ├── crout_thread.hpp
│   │   │   ├── errcodes.h
│   │   │   ├── newton_struct.h
│   │   │   ├── newton_thread.cpp
│   │   │   ├── newton_thread.hpp
│   │   │   ├── sparse_thread.hpp
│   │   │   └── ssimplic_thread.hpp
│   │   ├── solve_core.cpp
│   │   └── treeset_core.cpp
│   └── utils/
│       ├── ivocvect.cpp
│       ├── ivocvect.hpp
│       ├── lpt.cpp
│       ├── lpt.hpp
│       ├── memory.cpp
│       ├── memory.h
│       ├── memory_utils.cpp
│       ├── memory_utils.h
│       ├── nrn_assert.h
│       ├── nrn_stats.cpp
│       ├── nrn_stats.h
│       ├── nrnmutdec.hpp
│       ├── nrnoc_aux.cpp
│       ├── nrnoc_aux.hpp
│       ├── nrntimeout.cpp
│       ├── offload.hpp
│       ├── profile/
│       │   └── profiler_interface.h
│       ├── progressbar/
│       │   ├── progressbar.cpp
│       │   └── progressbar.hpp
│       ├── randoms/
│       │   ├── nrnran123.cpp
│       │   └── nrnran123.h
│       ├── string_utils.cpp
│       ├── string_utils.h
│       ├── units.hpp
│       ├── utils.cpp
│       ├── utils.hpp
│       ├── utils_cuda.h
│       ├── vrecitem.h
│       └── vrecord.cpp
├── docs/
│   ├── Doxyfile.in
│   ├── DoxygenLayout.xml
│   ├── README.md
│   ├── _static/
│   │   └── custom.css
│   ├── conda_environment.yml
│   ├── conf.py
│   ├── docs_requirements.txt
│   ├── doxygen.rst
│   ├── footer.html
│   ├── index.rst
│   └── userdoc/
│       ├── BinaryFormat/
│       │   └── BinaryFormat.md
│       └── MemoryManagement/
│           └── bbcorepointer.md
├── extra/
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── instrumentation.tau
│   ├── nrnivmodl-core.in
│   └── nrnivmodl_core_makefile.in
└── tests/
    ├── CMakeLists.txt
    ├── integration/
    │   ├── CMakeLists.txt
    │   ├── README.md
    │   ├── integration_test.sh.in
    │   ├── reportinglib/
    │   │   ├── 1.check.in
    │   │   ├── 1.conf.in
    │   │   ├── 1.report
    │   │   ├── reporting_test.sh.in
    │   │   └── test_ref.out
    │   ├── ring/
    │   │   └── out.dat.ref
    │   └── ring_gap/
    │       ├── mod files/
    │       │   └── halfgap.mod
    │       └── out.dat.ref
    └── unit/
        ├── alignment/
        │   ├── CMakeLists.txt
        │   └── alignment.cpp
        ├── cmdline_interface/
        │   ├── CMakeLists.txt
        │   └── test_cmdline_interface.cpp
        ├── interleave_info/
        │   ├── CMakeLists.txt
        │   └── check_constructors.cpp
        ├── lfp/
        │   ├── CMakeLists.txt
        │   └── lfp.cpp
        ├── queueing/
        │   ├── CMakeLists.txt
        │   └── test_queueing.cpp
        └── solver/
            ├── CMakeLists.txt
            └── test_solver.cpp