gitextract_tn4psl0z/ ├── .github/ │ ├── ISSUE_TEMPLATE/ │ │ ├── bug_report.md │ │ ├── feature_request.md │ │ └── question.md │ └── workflows/ │ └── n2p2-ci.yaml ├── .gitignore ├── AUTHORS.rst ├── CHANGELOG.rst ├── LICENSE ├── README.md ├── bin/ │ └── .gitignore ├── doc/ │ ├── .gitignore │ └── doxygen/ │ └── .gitignore ├── examples/ │ ├── coarse-graining/ │ │ ├── README.md │ │ ├── step-0_cg-data-set/ │ │ │ ├── input.data │ │ │ ├── makefile │ │ │ └── nnp-cgdata.cpp │ │ ├── step-1_scaling-data/ │ │ │ ├── input.data │ │ │ └── input.nn │ │ ├── step-2_atomic-env/ │ │ │ └── scaling.data │ │ └── step-3_cluster-analysis/ │ │ ├── analyze-descriptors.ipynb │ │ └── atomic-env.dGdx │ ├── configuration-sets/ │ │ ├── input.data.Anisole │ │ ├── input.data.Cu2S_PBE │ │ ├── input.data.DMABN │ │ ├── input.data.Ethylbenzene │ │ ├── input.data.H2O_RPBE-D3 │ │ └── input.data.LJ │ ├── configuration-single/ │ │ ├── input.data.Anisole │ │ ├── input.data.Cu2S_144_low-chalcocite │ │ ├── input.data.DMABN │ │ ├── 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input.data │ │ ├── input.nn │ │ ├── scaling.data │ │ ├── weights.001.data │ │ └── weights.008.data │ ├── nnp-dist/ │ │ ├── Cu2S_PBE/ │ │ │ └── input.data │ │ └── H2O_RPBE-D3/ │ │ └── input.data │ ├── nnp-norm/ │ │ ├── Cu2S_PBE/ │ │ │ ├── input.data │ │ │ └── input.nn │ │ └── H2O_RPBE-D3/ │ │ ├── input.data │ │ └── input.nn │ ├── nnp-norm2/ │ │ ├── Cu2S_PBE/ │ │ │ ├── input.data │ │ │ ├── input.nn │ │ │ └── scaling.data │ │ └── H2O_RPBE-D3/ │ │ ├── input.data │ │ ├── input.nn │ │ └── scaling.data │ ├── nnp-predict/ │ │ ├── AlAuMgO_4G/ │ │ │ ├── hardness.008.data │ │ │ ├── hardness.012.data │ │ │ ├── hardness.013.data │ │ │ ├── hardness.079.data │ │ │ ├── input.data │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.008.data │ │ │ ├── weights.012.data │ │ │ ├── weights.013.data │ │ │ ├── weights.079.data │ │ │ ├── weightse.008.data │ │ │ ├── weightse.012.data │ │ │ ├── weightse.013.data │ │ │ └── weightse.079.data │ │ ├── Anisole_SCAN/ │ │ │ ├── input.data │ │ │ ├── input.nn │ │ 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│ └── weights.008.data │ │ ├── Cu2S_PBE/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── nnp-train.log.0000 │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.016.data │ │ │ └── weights.029.data │ │ ├── DMABN_SCAN/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.001.data │ │ │ ├── weights.006.data │ │ │ └── weights.007.data │ │ ├── Ethylbenzene_SCAN/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.001.data │ │ │ └── weights.006.data │ │ ├── H2O_BLYP/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── nnp-train.log.0000 │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.001.data │ │ │ └── weights.008.data │ │ ├── H2O_BLYP-D3/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── nnp-train.log.0000 │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.001.data │ │ │ └── weights.008.data │ │ ├── H2O_RPBE/ │ │ │ ├── input.nn │ │ │ ├── nnp-train.log.0000 │ │ │ ├── scaling.data │ │ │ ├── weights.001.data │ │ │ └── weights.008.data │ │ └── H2O_RPBE-D3/ │ │ ├── input.nn │ │ ├── nnp-train.log.0000 │ │ ├── scaling.data │ │ ├── weights.001.data │ │ └── weights.008.data 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how_to_cite.rst │ │ │ └── license.rst │ │ ├── api/ │ │ │ ├── cutoff_functions.rst │ │ │ ├── memory_layout.rst │ │ │ ├── neural_network.rst │ │ │ ├── symmetry_function_scaling.rst │ │ │ └── symmetry_function_types.rst │ │ ├── conf.py │ │ ├── helper.rst │ │ ├── index.rst │ │ ├── interfaces/ │ │ │ ├── if_cabanamd.rst │ │ │ └── if_lammps.rst │ │ ├── misc/ │ │ │ ├── cabanamd_build_example.rst │ │ │ └── cg_descriptor_analysis.rst │ │ ├── old/ │ │ │ └── pair_nnp.rst │ │ ├── tools/ │ │ │ ├── libnnp.rst │ │ │ ├── nnp-atomenv.rst │ │ │ ├── nnp-checkf.rst │ │ │ ├── nnp-convert.rst │ │ │ ├── nnp-norm.rst │ │ │ ├── nnp-predict.rst │ │ │ ├── nnp-prune.rst │ │ │ ├── nnp-scaling.rst │ │ │ ├── nnp-select.rst │ │ │ └── nnp-train.rst │ │ └── topics/ │ │ ├── build.rst │ │ ├── cfg_file.rst │ │ ├── descriptors.rst │ │ ├── keywords.rst │ │ ├── training.rst │ │ └── units.rst │ ├── interface/ │ │ ├── LAMMPS/ │ │ │ └── src/ │ │ │ └── ML-HDNNP/ │ │ │ ├── Install.sh │ │ │ ├── README │ │ │ ├── fix_hdnnp.cpp │ │ │ ├── fix_hdnnp.h │ │ │ ├── kspace_hdnnp.cpp │ │ │ ├── kspace_hdnnp.h │ │ │ ├── pair_hdnnp.cpp │ │ │ ├── pair_hdnnp.h │ │ │ ├── pair_hdnnp_4g.cpp │ │ │ ├── pair_hdnnp_4g.h │ │ │ ├── pair_hdnnp_develop.cpp │ │ │ ├── pair_hdnnp_develop.h │ │ │ ├── pair_hdnnp_external.cpp │ │ │ └── pair_hdnnp_external.h │ │ └── makefile │ ├── libnnp/ │ │ ├── Atom.cpp │ │ ├── Atom.h │ │ ├── CompactFunction.cpp │ │ ├── CompactFunction.h │ │ ├── CoreFunction.cpp │ │ ├── CoreFunction.h │ │ ├── CutoffFunction.cpp │ │ ├── CutoffFunction.h │ │ ├── Element.cpp │ │ ├── Element.h │ │ ├── ElementMap.cpp │ │ ├── ElementMap.h │ │ ├── ErfcBuf.cpp │ │ ├── ErfcBuf.h │ │ ├── EwaldSetup.cpp │ │ ├── EwaldSetup.h │ │ ├── EwaldTruncJackson.cpp │ │ ├── EwaldTruncJackson.h │ │ ├── EwaldTruncKolafaFixR.cpp │ │ ├── EwaldTruncKolafaFixR.h │ │ ├── EwaldTruncKolafaOptEta.cpp │ │ ├── EwaldTruncKolafaOptEta.h │ │ ├── IEwaldTrunc.h │ │ ├── ISettings.h │ │ ├── Key.h │ │ ├── Kspace.cpp │ │ ├── Kspace.h │ │ ├── Log.cpp │ │ ├── Log.h │ │ ├── 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