gitextract_o126_axo/

├── .github/
│   ├── CODEOWNERS
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│   │   ├── scikit_mol.descriptors.md
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│   │   ├── scikit_mol.parallel.md
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│   │   ├── scikit_mol.safeinference.md
│   │   └── scikit_mol.standardizer.md
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│   ├── contributing.md
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│   ├── notebooks/
│   │   ├── 01_basic_usage.ipynb
│   │   ├── 02_descriptor_transformer.ipynb
│   │   ├── 03_example_pipeline.ipynb
│   │   ├── 04_standardizer.ipynb
│   │   ├── 05_smiles_sanitization.ipynb
│   │   ├── 06_hyperparameter_tuning.ipynb
│   │   ├── 07_parallel_transforms.ipynb
│   │   ├── 08_external_library_skopt.ipynb
│   │   ├── 09_Combinatorial_Method_Usage_with_FingerPrint_Transformers.ipynb
│   │   ├── 10_pipeline_pandas_output.ipynb
│   │   ├── 11_safe_inference.ipynb
│   │   ├── 12_custom_fingerprint_transformer.ipynb
│   │   ├── 13_applicability_domain.ipynb
│   │   ├── README.md
│   │   ├── pair_notebook.sh
│   │   ├── run_notebooks.sh
│   │   ├── scripts/
│   │   │   ├── 01_basic_usage.py
│   │   │   ├── 02_descriptor_transformer.py
│   │   │   ├── 03_example_pipeline.py
│   │   │   ├── 04_standardizer.py
│   │   │   ├── 05_smiles_sanitization.py
│   │   │   ├── 06_hyperparameter_tuning.py
│   │   │   ├── 07_parallel_transforms.py
│   │   │   ├── 08_external_library_skopt.py
│   │   │   ├── 09_Combinatorial_Method_Usage_with_FingerPrint_Transformers.py
│   │   │   ├── 10_pipeline_pandas_output.py
│   │   │   ├── 11_safe_inference.py
│   │   │   ├── 12_custom_fingerprint_transformer.py
│   │   │   └── 13_applicability_domain.py
│   │   └── sync_notebooks.sh
│   └── overrides/
│       └── main.html
├── mkdocs.yml
├── pyproject.toml
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│       ├── ScikitMol_Logo.ai
│       └── ScikitMol_Logo_Hybrid.ai
├── ruff.toml
├── scikit_mol/
│   ├── __init__.py
│   ├── _constants.py
│   ├── applicability/
│   │   ├── LICENSE.MIT
│   │   ├── README.md
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── base.py
│   │   ├── bounding_box.py
│   │   ├── convex_hull.py
│   │   ├── hotelling.py
│   │   ├── isolation_forest.py
│   │   ├── kernel_density.py
│   │   ├── knn.py
│   │   ├── leverage.py
│   │   ├── local_outlier.py
│   │   ├── mahalanobis.py
│   │   ├── standardization.py
│   │   └── topkat.py
│   ├── conversions.py
│   ├── core.py
│   ├── descriptors.py
│   ├── fingerprints/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── atompair.py
│   │   ├── avalon.py
│   │   ├── baseclasses.py
│   │   ├── maccs.py
│   │   ├── minhash.py
│   │   ├── morgan.py
│   │   ├── rdkitfp.py
│   │   └── topologicaltorsion.py
│   ├── parallel.py
│   ├── plotting.py
│   ├── safeinference.py
│   ├── standardizer.py
│   └── utilities.py
├── setup.cfg
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── applicability/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── conftest.py
│   │   ├── test_base.py
│   │   ├── test_bounding_box.py
│   │   ├── test_convex_hull.py
│   │   ├── test_hotelling.py
│   │   ├── test_isolation_forest.py
│   │   ├── test_kernel_density.py
│   │   ├── test_knn.py
│   │   ├── test_leverage.py
│   │   ├── test_local_outlier.py
│   │   ├── test_mahalanobis.py
│   │   ├── test_standardization.py
│   │   └── test_topkat.py
│   ├── conftest.py
│   ├── fixtures.py
│   ├── test_desctransformer.py
│   ├── test_fptransformers.py
│   ├── test_fptransformersgenerator.py
│   ├── test_parameter_types.py
│   ├── test_safeinferencemode.py
│   ├── test_sanitizer.py
│   ├── test_scikit_mol.py
│   ├── test_smilestomol.py
│   └── test_transformers.py
└── uv.toml