gitextract_4r95syc5/ ├── .gitignore ├── Arguments.py ├── LICENSE.md ├── README.md ├── benchmark_layers.py ├── benchmark_models.py ├── benchmark_scripts/ │ ├── DGCNN_site.sh │ ├── Pointnet_site.sh │ ├── dMaSIF_search.sh │ └── dMaSIF_site.sh ├── data.py ├── data_analysis/ │ ├── analyse_atomnet.ipynb │ ├── analyse_descriptors.py │ ├── analyse_descriptors_para.py │ ├── analyse_output.ipynb │ ├── analyse_site_outputs.py │ ├── analyse_site_outputs_graph.ipynb │ ├── plot_search.ipynb │ └── profiling_surface.ipynb ├── data_iteration.py ├── data_preprocessing/ │ ├── convert_pdb2npy.py │ ├── convert_ply2npy.py │ └── download_pdb.py ├── geometry_processing.py ├── helper.py ├── lists/ │ ├── testing.txt │ ├── testing_ppi.txt │ ├── training.txt │ └── training_ppi.txt ├── main_inference.py ├── main_training.py ├── model.py ├── models/ │ └── dMaSIF_search_3layer_12A_16dim └── requirements.txt