gitextract_hj0kftnn/

├── .gitattributes
├── .gitignore
├── AnnotationLambda/
│   ├── AnnotationLambda.cs
│   ├── AnnotationLambda.csproj
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   └── S3Utilities.cs
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── CacheUtils/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── BuildCache.sh
│   ├── CacheUtils.cs
│   ├── CacheUtils.csproj
│   ├── CacheUtils.dll.gene.json
│   ├── Commands/
│   │   ├── CombineCacheDirectories/
│   │   │   └── CombineCacheDirectoriesMain.cs
│   │   ├── CreateCache/
│   │   │   └── CreateNirvanaDatabaseMain.cs
│   │   ├── Download/
│   │   │   ├── DownloadMain.cs
│   │   │   ├── ExternalFiles.cs
│   │   │   └── GenbankFile.cs
│   │   ├── ExtractTranscripts/
│   │   │   └── ExtractTranscriptsMain.cs
│   │   ├── GFF/
│   │   │   ├── CreateGffMain.cs
│   │   │   └── InternalGenes.cs
│   │   ├── Header/
│   │   │   └── HeaderMain.cs
│   │   ├── ParseVepCacheDirectory/
│   │   │   ├── ParseVepCacheDirectoryMain.cs
│   │   │   ├── RegulatoryRegionMerger.cs
│   │   │   ├── TranscriptFilter.cs
│   │   │   ├── TranscriptIdFilter.cs
│   │   │   ├── TranscriptMerger.cs
│   │   │   ├── TranscriptMergerLogger.cs
│   │   │   ├── VepCacheParser.cs
│   │   │   └── VepRootDirectory.cs
│   │   ├── RegulatoryGFF/
│   │   │   └── CreateRegulatoryGffMain.cs
│   │   └── UniversalGeneArchive/
│   │       ├── FilePaths.cs
│   │       └── UniversalGeneArchiveMain.cs
│   ├── DataDumperImport/
│   │   ├── DataStructures/
│   │   │   ├── GenomeSymbolSource.cs
│   │   │   ├── Import/
│   │   │   │   ├── IImportNode.cs
│   │   │   │   ├── ImportNodeExtensions.cs
│   │   │   │   ├── ListObjectKeyValueNode.cs
│   │   │   │   ├── ObjectKeyValueNode.cs
│   │   │   │   ├── ObjectValueNode.cs
│   │   │   │   ├── StringKeyValueNode.cs
│   │   │   │   └── StringValueNode.cs
│   │   │   └── Mutable/
│   │   │       ├── MutableExon.cs
│   │   │       ├── MutableGene.cs
│   │   │       ├── MutableTranscript.cs
│   │   │       └── MutableTranscriptRegion.cs
│   │   ├── FauxRegex/
│   │   │   └── RegexDecisionTree.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   ├── DataDumperReader.cs
│   │   │   └── EntryType.cs
│   │   ├── Import/
│   │   │   ├── Attribute.cs
│   │   │   ├── ImportExon.cs
│   │   │   ├── ImportGene.cs
│   │   │   ├── ImportIntron.cs
│   │   │   ├── ImportKeys.cs
│   │   │   ├── ImportMapper.cs
│   │   │   ├── ImportMapperPair.cs
│   │   │   ├── ImportMapperUnit.cs
│   │   │   ├── ImportPairGenomic.cs
│   │   │   ├── ImportPrediction.cs
│   │   │   ├── ImportProteinFunctionPredictions.cs
│   │   │   ├── ImportRegulatoryFeature.cs
│   │   │   ├── ImportSeqEdits.cs
│   │   │   ├── ImportTranscript.cs
│   │   │   ├── ImportTranscriptMapper.cs
│   │   │   ├── ImportTranslation.cs
│   │   │   └── ImportVariantEffectFeatureCache.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── ImportUtilities.cs
│   │       ├── MutableTranscriptComparer.cs
│   │       └── TranscriptUtilities.cs
│   ├── GFF/
│   │   ├── GeneralAttributes.cs
│   │   ├── GffCreator.cs
│   │   ├── GffGene.cs
│   │   ├── GffUtilities.cs
│   │   ├── GffWriter.cs
│   │   ├── IGeneralAttributes.cs
│   │   ├── IGffGene.cs
│   │   ├── IRequiredFields.cs
│   │   └── RequiredFields.cs
│   ├── Genbank/
│   │   ├── GenbankEntry.cs
│   │   ├── GenbankReader.cs
│   │   └── GenbankState.cs
│   ├── Genes/
│   │   ├── Combiners/
│   │   │   ├── CombinerUtils.cs
│   │   │   ├── HgncIdCombiner.cs
│   │   │   ├── ICombiner.cs
│   │   │   └── PartitionCombiner.cs
│   │   ├── DataStores/
│   │   │   ├── AssemblyDataStore.cs
│   │   │   ├── EnsemblGtf.cs
│   │   │   ├── GeneInfoData.cs
│   │   │   ├── GlobalCache.cs
│   │   │   ├── Hgnc.cs
│   │   │   ├── IUpdateHgncData.cs
│   │   │   ├── RefSeqGff.cs
│   │   │   └── UpdateHgncData.cs
│   │   ├── DataStructures/
│   │   │   ├── EnsemblGene.cs
│   │   │   ├── GeneInfo.cs
│   │   │   ├── HgncGene.cs
│   │   │   ├── IFlatGene.cs
│   │   │   ├── RefSeqGene.cs
│   │   │   └── UgaGene.cs
│   │   ├── GeneFlattener.cs
│   │   ├── GeneMerger.cs
│   │   ├── GeneSymbolUpdater.cs
│   │   ├── HgncIdConsolidator.cs
│   │   ├── HgncIdUpdater.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   ├── EnsemblGtfReader.cs
│   │   │   ├── GeneInfoReader.cs
│   │   │   ├── HgncReader.cs
│   │   │   ├── RefSeqGffReader.cs
│   │   │   ├── UgaGeneReader.cs
│   │   │   └── UgaGeneWriter.cs
│   │   ├── UgaAssemblyCombiner.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       └── DictionaryUtilities.cs
│   ├── Helpers/
│   │   ├── BioTypeHelper.cs
│   │   ├── GeneSymbolSourceHelper.cs
│   │   ├── RegulatoryRegionTypeHelper.cs
│   │   └── TranscriptCacheHelper.cs
│   ├── IntermediateIO/
│   │   ├── CcdsReader.cs
│   │   ├── GenbankReader.cs
│   │   ├── GenbankWriter.cs
│   │   ├── IntermediateIoCommon.cs
│   │   ├── IntermediateIoHeader.cs
│   │   ├── LrgReader.cs
│   │   ├── MutableTranscriptReader.cs
│   │   ├── MutableTranscriptWriter.cs
│   │   ├── PredictionReader.cs
│   │   ├── PredictionWriter.cs
│   │   ├── RegulatoryRegionReader.cs
│   │   └── RegulatoryRegionWriter.cs
│   ├── MiniCache/
│   │   ├── DataBundle.cs
│   │   └── IStaging.cs
│   ├── PredictionCache/
│   │   ├── PredictionCacheBuilder.cs
│   │   ├── PredictionCacheStaging.cs
│   │   ├── PredictionCacheWriter.cs
│   │   ├── PredictionExtensions.cs
│   │   ├── PredictionUtilities.cs
│   │   ├── RoundedEntry.cs
│   │   └── RoundedEntryPrediction.cs
│   ├── TranscriptCache/
│   │   ├── CanonicalTranscriptMarker.cs
│   │   ├── Comparers/
│   │   │   ├── GeneComparer.cs
│   │   │   ├── IntervalComparer.cs
│   │   │   ├── RegulatoryRegionComparer.cs
│   │   │   ├── TranscriptRegionComparer.cs
│   │   │   └── UgaGeneComparer.cs
│   │   ├── NSequence.cs
│   │   ├── SortExtensions.cs
│   │   ├── TranscriptCacheBuilder.cs
│   │   ├── TranscriptCacheStaging.cs
│   │   ├── TranscriptCacheUtilities.cs
│   │   ├── TranscriptCacheWriter.cs
│   │   ├── TranscriptConversionExtensions.cs
│   │   ├── TranscriptRegionMerger.cs
│   │   └── TranscriptRegionValidater.cs
│   └── Utilities/
│       ├── AccessionUtilities.cs
│       ├── HeaderUtilities.cs
│       ├── RemoteFile.cs
│       └── TaskExtensions.cs
├── Cloud/
│   ├── AmazonS3ClientWrapper.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Cloud.appsettings.json
│   ├── Cloud.csproj
│   ├── Configuration.cs
│   ├── LambdaUrlHelper.cs
│   ├── Messages/
│   │   ├── Annotation/
│   │   │   ├── AnnotationConfig.cs
│   │   │   ├── AnnotationPosition.cs
│   │   │   ├── AnnotationRange.cs
│   │   │   └── AnnotationResult.cs
│   │   ├── Custom/
│   │   │   ├── CustomConfig.cs
│   │   │   └── CustomResult.cs
│   │   ├── FileList.cs
│   │   ├── Gene/
│   │   │   └── GeneConfig.cs
│   │   ├── JwtFields.cs
│   │   ├── Nirvana/
│   │   │   ├── NirvanaConfig.cs
│   │   │   └── NirvanaResult.cs
│   │   ├── S3Path.cs
│   │   ├── SaUrls.cs
│   │   ├── Single/
│   │   │   ├── SingleConfig.cs
│   │   │   └── SingleVariant.cs
│   │   └── StrValidation/
│   │       ├── ValidationConfig.cs
│   │       └── ValidationResult.cs
│   ├── Notifications/
│   │   └── SNS.cs
│   ├── RedactionUtilities.cs
│   └── Utilities/
│       ├── AwsExceptionUtilities.cs
│       ├── JsonUtilities.cs
│       ├── LambdaUtilities.cs
│       ├── LogUtilities.cs
│       └── UploadUtilities.cs
├── CommandLine/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Builders/
│   │   ├── ConsoleAppBuilder.cs
│   │   ├── IConsoleAppBuilder.cs
│   │   ├── ITopLevelAppBuilder.cs
│   │   ├── TopLevelAppBuilder.cs
│   │   ├── TopLevelOption.cs
│   │   └── ValidationExtensions.cs
│   ├── CommandLine.csproj
│   ├── NDesk.Options/
│   │   └── Options.cs
│   ├── Utilities/
│   │   ├── Benchmark.cs
│   │   ├── CommandLineUtilities.cs
│   │   ├── Help.cs
│   │   ├── MemoryUtilities.cs
│   │   └── OutputHelper.cs
│   └── VersionProviders/
│       ├── DefaultVersionProvider.cs
│       └── IVersionProvider.cs
├── CommonAssemblyInfo.props
├── Compression/
│   ├── Algorithms/
│   │   ├── ICompressionAlgorithm.cs
│   │   ├── Zlib.cs
│   │   └── Zstandard.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Compression.csproj
│   ├── DataStructures/
│   │   └── Block.cs
│   ├── FileHandling/
│   │   ├── BgzBlockReader.cs
│   │   ├── BgzfBlock.cs
│   │   ├── BgzipTextReader.cs
│   │   ├── BgzipTextWriter.cs
│   │   ├── BlockGZipStream.cs
│   │   ├── BlockHeader.cs
│   │   └── BlockStream.cs
│   └── Utilities/
│       ├── BlockExtensions.cs
│       ├── GZipUtilities.cs
│       └── LibraryUtilities.cs
├── CreateLambdaZips.sh
├── CustomAnnotationLambda/
│   ├── CustomAnnotationLambda.cs
│   ├── CustomAnnotationLambda.csproj
│   ├── CustomConfigExtensions.cs
│   ├── GeneAnnotationCreator.cs
│   └── VariantAnnotationCreator.cs
├── CustomStrValidationLambda/
│   ├── CustomStrValidationLambda.cs
│   └── CustomStrValidationLambda.csproj
├── Downloader/
│   ├── AnnotationRepository.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Client.cs
│   ├── Configuration.cs
│   ├── Downloader.appsettings.json
│   ├── Downloader.csproj
│   ├── DownloaderMain.cs
│   ├── FileExtensions/
│   │   ├── CacheFileExtensions.cs
│   │   ├── ReferencesFileExtensions.cs
│   │   └── SupplementaryAnnotationFileExtensions.cs
│   ├── IClient.cs
│   ├── Manifest.cs
│   ├── OutputDirectory.cs
│   ├── RemoteFile.cs
│   └── Utilities/
│       ├── ConsoleEmbellishments.cs
│       ├── DiskSpaceUtilities.cs
│       ├── GenomeAssemblyHelper.cs
│       ├── ParallelUtilities.cs
│       └── SyncUtilities.cs
├── ErrorHandling/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── ErrorCategory.cs
│   ├── ErrorHandling.csproj
│   ├── ExceptionUtilities.cs
│   ├── Exceptions/
│   │   ├── CompressionException.cs
│   │   ├── DeploymentErrorException.cs
│   │   ├── FileNotSortedException.cs
│   │   ├── InvalidFileFormatException.cs
│   │   ├── MissingCompressionLibraryException.cs
│   │   ├── ProcessLockedFileException.cs
│   │   └── UserErrorException.cs
│   ├── ExitCodeUtilities.cs
│   └── ExitCodes.cs
├── GeneAnnotationLambda/
│   ├── GeneAnnotationLambda.cs
│   ├── GeneAnnotationLambda.csproj
│   └── GeneResult.cs
├── Genome/
│   ├── Band.cs
│   ├── Chromosome.cs
│   ├── ChromosomeInterval.cs
│   ├── ContigInfo.cs
│   ├── CytogeneticBands.cs
│   ├── Genome.csproj
│   ├── GenomeAssembly.cs
│   ├── GenomeAssemblyHelper.cs
│   ├── GenomicPosition.cs
│   ├── GenomicRange.cs
│   ├── GenomicRangeChecker.cs
│   ├── IChromosomeInterval.cs
│   ├── ISequence.cs
│   ├── ReferenceNameUtilities.cs
│   └── SequenceUtilities.cs
├── IO/
│   ├── BufferedBinaryReader.cs
│   ├── CacheConstants.cs
│   ├── ExtendedBinaryReader.cs
│   ├── ExtendedBinaryWriter.cs
│   ├── FilePathUtilities.cs
│   ├── FileUtilities.cs
│   ├── HttpUtilities.cs
│   ├── IBufferedBinaryReader.cs
│   ├── IConnect.cs
│   ├── IExtendedBinaryWriter.cs
│   ├── IO.csproj
│   ├── IS3Client.cs
│   ├── ISerializable.cs
│   ├── LengthStream.cs
│   ├── Logger.cs
│   ├── MD5Stream.cs
│   ├── PersistentConnect.cs
│   ├── PersistentStream.cs
│   ├── PersistentStreamUtils.cs
│   ├── SpanBufferBinaryReader.cs
│   ├── UrlUtilities.cs
│   └── v2/
│       ├── FileType.cs
│       └── Header.cs
├── Intervals/
│   ├── Extensions.cs
│   ├── IInterval.cs
│   ├── IIntervalForest.cs
│   ├── IIntervalSearch.cs
│   ├── Interval.cs
│   ├── IntervalArray.cs
│   ├── IntervalForest.cs
│   ├── Intervals.csproj
│   ├── NullIntervalSearch.cs
│   ├── OverlapType.cs
│   └── Utilities.cs
├── Jasix/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── DataStructures/
│   │   ├── JasixChrIndex.cs
│   │   ├── JasixCommons.cs
│   │   ├── JasixIndex.cs
│   │   ├── JasixNode.cs
│   │   ├── JsonSchema.cs
│   │   └── Utilities.cs
│   ├── IndexCreator.cs
│   ├── Jasix.csproj
│   ├── JasixMain.cs
│   ├── OnTheFlyIndexCreator.cs
│   └── QueryProcessor.cs
├── Jist/
│   ├── Jist.csproj
│   ├── JistMain.cs
│   ├── JistUtilities.cs
│   └── JsonStitcher.cs
├── LICENSE
├── MitoHeteroplasmy/
│   ├── MitoHeteroplasmy.csproj
│   ├── MitoHeteroplasmyProvider.cs
│   └── MitoHeteroplasmyReader.cs
├── Nirvana/
│   ├── AnnotationFiles.cs
│   ├── AnnotationResources.cs
│   ├── Nirvana.cs
│   ├── Nirvana.csproj
│   ├── PreLoadUtilities.cs
│   ├── ProviderUtilities.cs
│   └── StreamAnnotation.cs
├── Nirvana.sln
├── Nirvana.sln.DotSettings
├── NirvanaLambda/
│   ├── AnnotationJob.cs
│   ├── AnnotationResultSummary.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── NirvanaLambda.cs
│   ├── NirvanaLambda.csproj
│   └── PartitionUtilities.cs
├── OptimizedCore/
│   ├── ExpandableArray.cs
│   ├── NullSequenceEqual.cs
│   ├── OptimizedCore.csproj
│   ├── StringBuilderPool.cs
│   └── StringExtensions.cs
├── Phantom/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   └── Phantom.csproj
├── README.md
├── ReferenceSequence/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Commands/
│   │   ├── CreateReferenceMain.cs
│   │   ├── CreateSubstringMain.cs
│   │   └── CreateTestSeqMain.cs
│   ├── Common/
│   │   ├── IndexEntry.cs
│   │   ├── MaskedEntry.cs
│   │   └── Sequence.cs
│   ├── Compression/
│   │   └── TwoBitCompressor.cs
│   ├── Creation/
│   │   ├── FastaSequence.cs
│   │   ├── ReferenceBuffer.cs
│   │   ├── ReferenceDictionaryUtils.cs
│   │   └── ReferenceSequence.cs
│   ├── IO/
│   │   ├── AssemblyReader.cs
│   │   ├── CytogeneticBandsReader.cs
│   │   ├── FastaReader.cs
│   │   ├── ReferenceNamesReader.cs
│   │   ├── ReferenceSequenceReader.cs
│   │   └── ReferenceSequenceWriter.cs
│   ├── ReferenceSequence.csproj
│   ├── ReferenceSequenceCommon.cs
│   ├── ReferenceUtilsMain.cs
│   └── Utilities/
│       └── SequenceHelper.cs
├── RepeatExpansions/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── IO/
│   │   └── RepeatExpansionReader.cs
│   ├── IRepeatExpansionProvider.cs
│   ├── Matcher.cs
│   ├── PercentileUtilities.cs
│   ├── RepeatExpansionPhenotype.cs
│   ├── RepeatExpansionProvider.cs
│   ├── RepeatExpansionSupplementaryAnnotation.cs
│   ├── RepeatExpansions.csproj
│   └── Resources/
│       ├── RepeatExpansions.GRCh37.tsv
│       └── RepeatExpansions.GRCh38.tsv
├── SAUtils/
│   ├── AAConservation/
│   │   ├── AaConservationMain.cs
│   │   ├── AaConservationUtilities.cs
│   │   ├── ProteinConservationParser.cs
│   │   └── ProteinConservationWriter.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── ClinGen/
│   │   ├── DosageMapRegionItem.cs
│   │   ├── DosageMapRegionParser.cs
│   │   ├── DosageMapRegions.cs
│   │   ├── DosageSensitivity.cs
│   │   ├── DosageSensitivityItem.cs
│   │   ├── DosageSensitivityParser.cs
│   │   ├── GeneDiseaseValidity.cs
│   │   ├── GeneDiseaseValidityItem.cs
│   │   ├── GeneDiseaseValidityParser.cs
│   │   └── ScoreToDescription.cs
│   ├── CosmicGeneFusions/
│   │   ├── Cache/
│   │   │   ├── ReferenceLoader.cs
│   │   │   └── TranscriptCache.cs
│   │   ├── Conversion/
│   │   │   ├── CosmicConverter.cs
│   │   │   ├── CosmicGeneFusion.cs
│   │   │   ├── HgvsRnaFixer.cs
│   │   │   ├── HgvsRnaParser.cs
│   │   │   ├── Histology.cs
│   │   │   ├── RawCosmicGeneFusion.cs
│   │   │   └── Site.cs
│   │   ├── CreateCosmicGeneFusions.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   ├── CosmicGeneFusionParser.cs
│   │   │   └── GeneFusionJsonWriter.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       └── CosmicCountUtilities.cs
│   ├── CreateClinvarDb/
│   │   ├── ClinVarMain.cs
│   │   └── ClinVarStats.cs
│   ├── CreateCosmicDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateDbsnpDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateDecipherDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateGlobalAllelesDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateGmeDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateOneKgDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── CreateTopMedDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── Custom/
│   │   ├── AllowedValues.cs
│   │   ├── CaUtilities.cs
│   │   ├── CustomGene.cs
│   │   ├── GeneAnnotationsParser.cs
│   │   ├── GeneMain.cs
│   │   ├── ParserUtilities.cs
│   │   ├── VariantAnnotationsParser.cs
│   │   └── VariantMain.cs
│   ├── Dann/
│   │   └── Create.cs
│   ├── DataStructures/
│   │   ├── AlleleFrequencyItem.cs
│   │   ├── AncestralAlleleItem.cs
│   │   ├── ClinGenItem.cs
│   │   ├── ClinVarItem.cs
│   │   ├── ComputingUtilities.cs
│   │   ├── ConservationItem.cs
│   │   ├── CosmicItem.cs
│   │   ├── CounterDictionary.cs
│   │   ├── CustomInterval.cs
│   │   ├── CustomItem.cs
│   │   ├── DbSnpItem.cs
│   │   ├── DecipherItem.cs
│   │   ├── DgvItem.cs
│   │   ├── GlobalMinorItem.cs
│   │   ├── GmeItem.cs
│   │   ├── GnomadItem.cs
│   │   ├── GnomadSvItem.cs
│   │   ├── KeyCounts.cs
│   │   ├── MinHeap.cs
│   │   ├── OmimItem.cs
│   │   ├── OneKGenItem.cs
│   │   ├── OnekGenSvItem.cs
│   │   ├── RefMinorItem.cs
│   │   ├── SuppDataUtilities.cs
│   │   └── TopMedItem.cs
│   ├── DbSnpRemapper/
│   │   ├── ChromMapper.cs
│   │   ├── DbSnpRemapperMain.cs
│   │   ├── GenomicLocation.cs
│   │   ├── LeftoverMapper.cs
│   │   └── Utilities.cs
│   ├── DegenerateBaseUtilities.cs
│   ├── ExtractCosmicSvs/
│   │   ├── CosmicCnvItem.cs
│   │   ├── CosmicCnvReader.cs
│   │   ├── CosmicSvReader.cs
│   │   └── ExtractCosmicSvsMain.cs
│   ├── ExtractMiniSa/
│   │   ├── ExtractMiniSaMain.cs
│   │   └── MiniSaExtractor.cs
│   ├── ExtractMiniXml/
│   │   ├── ExtractMiniXmlMain.cs
│   │   ├── RcvXmlExtractor.cs
│   │   └── VcvXmlExtractor.cs
│   ├── FusionCatcher/
│   │   ├── CollectionType.cs
│   │   ├── CreateFusionCatcher.cs
│   │   ├── FusionCatcherDataSource.cs
│   │   ├── FusionCatcherOncogenes.cs
│   │   ├── GeneFusionSourceBuilder.cs
│   │   ├── GeneFusionSourceWriter.cs
│   │   └── IndexBuilder.cs
│   ├── GERP/
│   │   └── GerpMain.cs
│   ├── GeneIdentifiers/
│   │   ├── GeneSymbolUpdater.cs
│   │   └── GeneUtilities.cs
│   ├── GenericScore/
│   │   ├── GenericScoreParser/
│   │   │   ├── GenericScoreItem.cs
│   │   │   ├── GenericScoreParser.cs
│   │   │   └── SaItemValidator.cs
│   │   ├── ParserSettings.cs
│   │   ├── ScoreFileWriter.cs
│   │   └── WriterSettings.cs
│   ├── GnomadGeneScores/
│   │   ├── GnomadGeneItem.cs
│   │   ├── GnomadGeneParser.cs
│   │   └── GnomadGenesMain.cs
│   ├── InputFileParsers/
│   │   ├── AncestralAlleleReader.cs
│   │   ├── ClinGen/
│   │   │   └── ClinGenReader.cs
│   │   ├── ClinVar/
│   │   │   ├── ClinVarCommon.cs
│   │   │   ├── ClinVarParser.cs
│   │   │   ├── ClinVarSchema.cs
│   │   │   ├── ClinVarVariationReader.cs
│   │   │   ├── ClinvarVariant.cs
│   │   │   ├── IClinVarSaItem.cs
│   │   │   ├── VariantAligner.cs
│   │   │   ├── VcvItem.cs
│   │   │   └── VcvSaItem.cs
│   │   ├── Cosmic/
│   │   │   └── MergedCosmicReader.cs
│   │   ├── DGV/
│   │   │   └── DgvReader.cs
│   │   ├── DataSourceVersionReader.cs
│   │   ├── DbSnp/
│   │   │   ├── DbSnpReader.cs
│   │   │   └── GlobalMinorReader.cs
│   │   ├── Decipher/
│   │   │   └── DecipherParser.cs
│   │   ├── Gme/
│   │   │   └── GmeParser.cs
│   │   ├── OneKGen/
│   │   │   ├── OneKGenReader.cs
│   │   │   ├── RefMinorReader.cs
│   │   │   └── oneKGenSvReader.cs
│   │   ├── SequenceExtensions.cs
│   │   └── TOPMed/
│   │       └── TopMedReader.cs
│   ├── MakeAaDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── MakeClinGenDb/
│   │   └── Main.cs
│   ├── MitoHeteroplasmy/
│   │   ├── MitoHeteroplasmyDb.cs
│   │   ├── MitoHeteroplasmyParser.cs
│   │   └── StatClasses.cs
│   ├── MitoMap/
│   │   ├── CircularGenomeModel.cs
│   │   ├── MitoMapDatabaseUtilities.cs
│   │   ├── MitoMapInputDb.cs
│   │   ├── MitoMapItem.cs
│   │   ├── MitoMapSvItem.cs
│   │   ├── MitoMapSvReader.cs
│   │   ├── MitoMapVariantReader.cs
│   │   ├── ParsingUtilities.cs
│   │   ├── SmallVarDb.cs
│   │   └── StructVarDb.cs
│   ├── NgaWriter.cs
│   ├── NsaConcatenator/
│   │   ├── ConcatUtilities.cs
│   │   └── NsaConcatenator.cs
│   ├── NsaIndexUpdater/
│   │   └── UpdateIndex.cs
│   ├── NsaWriter.cs
│   ├── Omim/
│   │   ├── Downloader.cs
│   │   ├── EntryApiResponse/
│   │   │   ├── EntryResponse.cs
│   │   │   └── GeneMap.cs
│   │   ├── Main.cs
│   │   ├── OmimParser.cs
│   │   ├── OmimPhenotypeSchema.cs
│   │   ├── OmimQuery.cs
│   │   ├── OmimSchema.cs
│   │   ├── OmimStatistics.cs
│   │   ├── OmimUtilities.cs
│   │   └── OmimVersion.cs
│   ├── OneKGenSvDb/
│   │   ├── Create.cs
│   │   └── VcfToBed.cs
│   ├── ParseUtils/
│   │   ├── SAParseUtilities.cs
│   │   ├── SplitLine.cs
│   │   └── TsvIndices.cs
│   ├── PhyloP/
│   │   ├── Main.cs
│   │   ├── NpdWriter.cs
│   │   └── PhylopParser.cs
│   ├── PrimateAi/
│   │   ├── PrimateAiDb.cs
│   │   ├── PrimateAiItem.cs
│   │   ├── PrimateAiParser.cs
│   │   └── PrimateAiUtilities.cs
│   ├── ProcessSpliceNetTsv/
│   │   ├── PredictionFilter.cs
│   │   └── SpliceNetPredictionFilterMain.cs
│   ├── RefMinorDb/
│   │   ├── Main.cs
│   │   └── RefMinorDbWriter.cs
│   ├── RegionUtilities.cs
│   ├── Revel/
│   │   └── Create.cs
│   ├── SAUtils.cs
│   ├── SAUtils.csproj
│   ├── SaUtilsCommon.cs
│   ├── Schema/
│   │   ├── SaJsonKeyAnnotation.cs
│   │   ├── SaJsonKeyProperties.cs
│   │   ├── SaJsonSchema.cs
│   │   └── SaJsonValueType.cs
│   ├── SpliceAi/
│   │   ├── SpliceAiDb.cs
│   │   ├── SpliceAiItem.cs
│   │   ├── SpliceAiParser.cs
│   │   └── SpliceUtilities.cs
│   ├── gnomAD/
│   │   ├── GnomadSnvMain.cs
│   │   ├── GnomadSnvReader.cs
│   │   ├── GnomadSvBedParser.cs
│   │   ├── GnomadSvMain.cs
│   │   ├── GnomadSvParser.cs
│   │   ├── GnomadSvTsvParser.cs
│   │   ├── GnomadUtilities.cs
│   │   ├── LcrInterval.cs
│   │   ├── LcrRegionParser.cs
│   │   └── LcrRegionsMain.cs
│   └── makeDgvDb/
│       └── Main.cs
├── Sandbox/
│   ├── AminoAcidAligner/
│   │   ├── AlignmentBuilder.cs
│   │   ├── AminoAcidAligner.csproj
│   │   ├── ExonToTranscript.cs
│   │   └── Utilities.cs
│   ├── GenerateMustGenotypeVcf/
│   │   ├── ConfigurationSettings.cs
│   │   ├── GenerateMustGenotypeVcf.csproj
│   │   ├── GenerateMustGenotypeVcfsMain.cs
│   │   └── MustGenotypeExtractor.cs
│   ├── Piano/
│   │   ├── ConfigurationSettings.cs
│   │   ├── Piano.cs
│   │   ├── Piano.csproj
│   │   ├── PianoAnnotatedTranscript.cs
│   │   ├── PianoAnnotationProvider.cs
│   │   ├── PianoAnnotationUtils.cs
│   │   ├── PianoAnnotator.cs
│   │   ├── PianoTranscriptAnnotator.cs
│   │   └── ProviderUtilities.cs
│   ├── Sandbox.sln
│   ├── Sandbox.sln.DotSettings
│   ├── Scripts/
│   │   ├── ConvertCacheMatrix.pl
│   │   ├── StressTestUnitTests.ps1
│   │   ├── UpdateCacheFiles.ps1
│   │   ├── UpdateMiniSaFiles.ps1
│   │   └── updateSA.ps1
│   └── UnitTests/
│       ├── Piano/
│       │   ├── PianoAnnotatedTranscriptTests.cs
│       │   ├── PianoTests.cs
│       │   └── SimpleSequence.cs
│       ├── Resources/
│       │   ├── ConflicitingEntries1000G.vcf
│       │   ├── RefMinorAllele.vcf
│       │   ├── Test1000GFile.vcf
│       │   ├── TestCosmicParser.Coding.vcf
│       │   ├── TestCosmicParser.NonCoding.vcf
│       │   ├── TestCosmicParser.tsv
│       │   ├── TestWigParser.wig
│       │   ├── chr1.npd
│       │   ├── chr1_10918_150000.npd
│       │   ├── mini.WigFix
│       │   ├── missingLastVariantHgmd.vcf
│       │   ├── testClinGenUnifier.txt
│       │   ├── tmpPopInfo.txt
│       │   └── tmpSampleInfo.txt
│       ├── UnitTests.csproj
│       └── Utilities/
│           ├── ResourceUtilities.cs
│           └── Resources.cs
├── SingleAnnotationLambda/
│   ├── CacheConfiguration.cs
│   ├── CacheUtilities.cs
│   ├── ExceptionHandler.cs
│   ├── SingleAnnotationLambda.cs
│   ├── SingleAnnotationLambda.csproj
│   ├── SingleConfigExtensions.cs
│   ├── SingleResult.cs
│   └── SupplementaryAnnotationUtilities.cs
├── Tabix/
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── BgzfBlockVcfReader.cs
│   ├── BinUtilities.cs
│   ├── Constants.cs
│   ├── Index.cs
│   ├── Interval.cs
│   ├── Reader.cs
│   ├── ReferenceIndex.cs
│   ├── Search.cs
│   ├── SearchUtilities.cs
│   ├── Tabix.csproj
│   └── VirtualPosition.cs
├── UnitTests/
│   ├── AnnotationLambda/
│   │   ├── AnnotationLambdaTests.cs
│   │   └── S3UtilitiesTests.cs
│   ├── CacheUtils/
│   │   ├── DataDumperImport/
│   │   │   ├── DataStructures/
│   │   │   │   └── Import/
│   │   │   │       └── ImportNodeExtensionsTests.cs
│   │   │   ├── FauxRegex/
│   │   │   │   └── RegexDecisionTreeTests.cs
│   │   │   ├── FileHandling/
│   │   │   │   └── DataDumperReaderTests.cs
│   │   │   └── Import/
│   │   │       ├── ImportRegulatoryFeatureTests.cs
│   │   │       └── ImportTranscriptTests.cs
│   │   ├── Genes/
│   │   │   ├── Combiners/
│   │   │   │   ├── CombinerUtilsTests.cs
│   │   │   │   ├── HgncIdCombinerTests.cs
│   │   │   │   └── PartitionCombinerTests.cs
│   │   │   ├── GeneFlattenerTests.cs
│   │   │   └── Utilities/
│   │   │       └── DictionaryUtilitiesTests.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   └── Caches/
│   │   │       └── TranscriptCacheWriterTests.cs
│   │   ├── TranscriptCache/
│   │   │   └── TranscriptRegionMergerTests.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── AccessionUtilitiesTests.cs
│   │       └── RemoteFileTests.cs
│   ├── Cloud/
│   │   ├── ConsistencyTests.cs
│   │   ├── JsonUtilitiesTests.cs
│   │   ├── LambdaUrlHelperTests.cs
│   │   ├── RedactionUtilitiesTests.cs
│   │   ├── S3PathTests.cs
│   │   ├── SaUrlsTests.cs
│   │   └── UploadUtilitiesTests.cs
│   ├── CommandLine/
│   │   ├── Builders/
│   │   │   ├── ConsoleAppBuilderDataTests.cs
│   │   │   ├── ConsoleAppBuilderTests.cs
│   │   │   ├── TopLevelAppBuilderTests.cs
│   │   │   └── ValidationExtensionsTests.cs
│   │   ├── NDesk.Options/
│   │   │   ├── OptionContextTests.cs
│   │   │   ├── OptionSetTests.cs
│   │   │   └── OptionsTests.cs
│   │   ├── Utilities/
│   │   │   ├── BenchmarkTests.cs
│   │   │   └── MemoryUtilitiesTests.cs
│   │   └── VersionProviders/
│   │       └── DefaultVersionProviderTests.cs
│   ├── Compression/
│   │   ├── CompressionAlgorithmTests.cs
│   │   ├── DataStructures/
│   │   │   └── BlockTests.cs
│   │   ├── FileHandling/
│   │   │   ├── BgzipTextWriterTests.cs
│   │   │   ├── BlockGZipStreamTests.cs
│   │   │   ├── BlockHeaderTests.cs
│   │   │   └── BlockStreamTests.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── GZipUtilitiesTests.cs
│   │       └── LibraryUtilitiesTests.cs
│   ├── CustomAnnotationLambda/
│   │   └── CustomAnnotationConfigTests.cs
│   ├── Downloader/
│   │   ├── AnnotationRepositoryTests.cs
│   │   ├── ConfigurationTests.cs
│   │   ├── FileExtensions/
│   │   │   ├── CacheFileExtensionsTests.cs
│   │   │   ├── ReferencesFileExtensionTests.cs
│   │   │   └── SupplementaryAnnotationFileExtensionsTests.cs
│   │   ├── GenomeAssemblyHelperTests.cs
│   │   ├── ManifestTests.cs
│   │   └── RemoteFileComparer.cs
│   ├── EndToEndTests.cs
│   ├── ErrorHandling/
│   │   ├── ExceptionUtilitiesTests.cs
│   │   ├── Exceptions/
│   │   │   └── ExceptionsTests.cs
│   │   ├── ExitCodeUtilitiesTests.cs
│   │   └── ExitCodesTests.cs
│   ├── GeneAnnotationLambda/
│   │   ├── GeneAnnotationLambdaTests.cs
│   │   └── GeneConfigTests.cs
│   ├── Genome/
│   │   ├── ChromosomeIntervalTests.cs
│   │   ├── CytogeneticBandTests.cs
│   │   ├── EmptyChromosomeTests.cs
│   │   ├── GenomeAssemblyHelperTests.cs
│   │   ├── ReferenceNameUtilitiesTests.cs
│   │   └── SequenceUtilitiesTests.cs
│   ├── IO/
│   │   ├── BufferedBinaryReaderTests.cs
│   │   ├── ExtendedBinaryReaderTests.cs
│   │   ├── FilePathUtilitiesTests.cs
│   │   ├── FileUtilitiesTests.cs
│   │   ├── HttpUtilitiesTests.cs
│   │   ├── LengthStreamTests.cs
│   │   ├── MD5StreamTests.cs
│   │   ├── PersistentStreamTests.cs
│   │   └── UrlUtilitiesTests.cs
│   ├── Intervals/
│   │   ├── IntervalArrayTests.cs
│   │   ├── IntervalExtensionsTests.cs
│   │   ├── IntervalForestTests.cs
│   │   ├── IntervalOperationsTests.cs
│   │   ├── NullIntervalSearchTests.cs
│   │   └── OverlapTypeTests.cs
│   ├── Jasix/
│   │   ├── IndexTests.cs
│   │   ├── JasixFunctionalityTests.cs
│   │   ├── JasixQueryProcessingTests.cs
│   │   └── OtfIndexCreatorTests.cs
│   ├── Jist/
│   │   └── JiSTtests.cs
│   ├── MitoHeteroplasmy/
│   │   └── MitoHeteroplasmyProviderTests.cs
│   ├── MockedData/
│   │   ├── Genes.cs
│   │   ├── TranscriptRegions.cs
│   │   ├── Transcripts.cs
│   │   └── Translations.cs
│   ├── Nirvana/
│   │   ├── AnnotationFilesTests.cs
│   │   ├── PreLoadUtilitiesTests.cs
│   │   └── ProviderUtilitiesTests.cs
│   ├── NirvanaLambda/
│   │   ├── AnnotationJobTests.cs
│   │   ├── NirvanaConfigTests.cs
│   │   ├── NirvanaLambdaTests.cs
│   │   └── PartitionUtilitiesTests.cs
│   ├── OptimizedCore/
│   │   ├── StringBuilderCacheTests.cs
│   │   └── StringExtensionsTests.cs
│   ├── RepeatExpansions/
│   │   ├── MatcherTests.cs
│   │   ├── PercentileUtilitiesTests.cs
│   │   └── RepeatExpansionProviderTests.cs
│   ├── Resources/
│   │   ├── COSM18152.tsv
│   │   ├── COSM18152.vcf
│   │   ├── COSM983708.tsv
│   │   ├── COSM983708.vcf
│   │   ├── ClinGen_Dosage_Sensitivity_Map_20190507.nga
│   │   ├── ClinVarXmlFiles/
│   │   │   ├── RCV000000101.xml
│   │   │   ├── RCV000000734.xml
│   │   │   ├── RCV000001054.xml
│   │   │   ├── RCV000001373.xml
│   │   │   ├── RCV000001752.xml
│   │   │   ├── RCV000003254.xml
│   │   │   ├── RCV000005426.xml
│   │   │   ├── RCV000007484.xml
│   │   │   ├── RCV000010551.xml
│   │   │   ├── RCV000016673.xml
│   │   │   ├── RCV000017510.xml
│   │   │   ├── RCV000021819.xml
│   │   │   ├── RCV000030349.xml
│   │   │   ├── RCV000032548.xml
│   │   │   ├── RCV000032707.xml
│   │   │   ├── RCV000038438.xml
│   │   │   ├── RCV000050055.xml
│   │   │   ├── RCV000073701.xml
│   │   │   ├── RCV000077146.xml
│   │   │   ├── RCV000080071.xml
│   │   │   ├── RCV000083638.xml
│   │   │   ├── RCV000087262.xml
│   │   │   ├── RCV000112977.xml
│   │   │   ├── RCV000113363.xml
│   │   │   ├── RCV000120902.xml
│   │   │   ├── RCV000124712.xml
│   │   │   ├── RCV000144179.xml
│   │   │   ├── RCV000152657.xml
│   │   │   ├── RCV000153339.xml
│   │   │   ├── RCV000167792.xml
│   │   │   ├── RCV000169296.xml
│   │   │   ├── RCV000170338.xml
│   │   │   ├── RCV000171474.xml
│   │   │   ├── RCV000179026.xml
│   │   │   ├── RCV000194003.xml
│   │   │   ├── RCV000203290.xml
│   │   │   ├── RCV000205418.xml
│   │   │   ├── RCV000207071.xml
│   │   │   ├── RCV000207504.xml
│   │   │   ├── RCV000235027.xml
│   │   │   ├── RCV000267121.xml
│   │   │   ├── RCV000342164.xml
│   │   │   ├── RCV000373191.xml
│   │   │   ├── RCV000401212.xml
│   │   │   ├── RCV000406351.xml
│   │   │   ├── RCV000435546.xml
│   │   │   ├── RCV000485802.xml
│   │   │   ├── RCV000537563.xml
│   │   │   ├── RCV000724338.xml
│   │   │   ├── Two_RCVs.xml
│   │   │   └── VCVs/
│   │   │       ├── TwoRecords.xml
│   │   │       ├── VCV000000081.xml
│   │   │       ├── VCV000137106.xml
│   │   │       ├── VCV000431749.xml
│   │   │       ├── VCV000476472.xml
│   │   │       └── VCV000618791.xml
│   │   ├── Clinvar20150901.json.gz.jsi
│   │   ├── EndToEnd/
│   │   │   └── GRCh37/
│   │   │       ├── chr12_7018490_7086889_Both.bases
│   │   │       ├── chr12_7018490_7086889_Both.polyphen.ndb
│   │   │       ├── chr12_7018490_7086889_Both.sift.ndb
│   │   │       └── chr12_7018490_7086889_Both.transcripts.ndb
│   │   ├── JasixTest.json.gz.jsi
│   │   ├── Mother_chr22.genome.vcf.gz.tbi
│   │   ├── OMIM_20190812.nga
│   │   ├── SA/
│   │   │   ├── CosmicCNV.tsv
│   │   │   └── MockSaFiles/
│   │   │       ├── not_sa.txt
│   │   │       ├── sa1.nsa
│   │   │       ├── sa1.nsa.idx
│   │   │       ├── sa2.nsa
│   │   │       ├── sa2.nsa.idx
│   │   │       ├── sa3.nsi
│   │   │       ├── sa4.nsi
│   │   │       ├── sa5.npd
│   │   │       ├── sa5.npd.idx
│   │   │       ├── sa6.nga
│   │   │       ├── sa7.nga
│   │   │       ├── sa8.rma
│   │   │       └── sa8.rma.idx
│   │   ├── TinyAnnotated.json
│   │   ├── clinvar.dict
│   │   ├── cosm5428243.tsv
│   │   ├── cosm5428243.vcf
│   │   ├── cosmicv72.indels.json.gz.jsi
│   │   ├── custom_gene.nga
│   │   ├── dbSNP.version
│   │   ├── gnomAD_gene_scores_2.1.nga
│   │   ├── manifest.txt
│   │   ├── mini.WigFix
│   │   ├── miniHEXA_minimal.vcf.gz.tbi
│   │   └── testDgvParser.txt
│   ├── SAUtils/
│   │   ├── AnnotationItems/
│   │   │   └── CosmicCnvItemTests.cs
│   │   ├── ClinGen/
│   │   │   └── GeneDiseaseValidityTests.cs
│   │   ├── CosmicGeneFusions/
│   │   │   ├── Cache/
│   │   │   │   └── TranscriptCacheTests.cs
│   │   │   ├── Conversion/
│   │   │   │   ├── CosmicConverterTests.cs
│   │   │   │   ├── HgvsRnaFixerTests.cs
│   │   │   │   ├── HgvsRnaParserTests.cs
│   │   │   │   ├── HistologyTests.cs
│   │   │   │   └── SiteTests.cs
│   │   │   ├── CreateCosmicGeneFusionsTests.cs
│   │   │   └── IO/
│   │   │       ├── CosmicGeneFusionParserTests.cs
│   │   │       └── GeneFusionJsonWriterTests.cs
│   │   ├── CustomAnnotations/
│   │   │   ├── AllowedValuesTests.cs
│   │   │   ├── GeneAnnotationParserTests.cs
│   │   │   ├── ParserUtilitiesTests.cs
│   │   │   └── VariantAnnotationsParserTests.cs
│   │   ├── Dann/
│   │   │   └── DannParserTests.cs
│   │   ├── DataStructures/
│   │   │   └── CounterDictionaryTests.cs
│   │   ├── DbVar/
│   │   │   ├── DosageMapRegionParserTests.cs
│   │   │   └── DosageSensitivityParserTests.cs
│   │   ├── FusionCatcher/
│   │   │   ├── FusionCatcherDataSourceTests.cs
│   │   │   ├── GeneFusionSourceWriterTests.cs
│   │   │   └── IndexBuilderTests.cs
│   │   ├── GERP/
│   │   │   ├── GerpParserTests.cs
│   │   │   └── GerpReaderTests.cs
│   │   ├── GeneAnnotationsTest.cs
│   │   ├── GenericScoreParserTests/
│   │   │   └── GenericScoreParserTests.cs
│   │   ├── InputFileParsers/
│   │   │   ├── AlleleReaderTests.cs
│   │   │   ├── ClinGenTests.cs
│   │   │   ├── ClinVarXmlReaderTests.cs
│   │   │   ├── ClinvarVariationParserTests.cs
│   │   │   ├── CosmicCnvReaderTests.cs
│   │   │   ├── CosmicItemTests.cs
│   │   │   ├── DataSourceVersionTests.cs
│   │   │   ├── DbSnpReaderTests.cs
│   │   │   ├── DecipherReaderTest.cs
│   │   │   ├── DgvReaderTests.cs
│   │   │   ├── DgvTests.cs
│   │   │   ├── GlobalMinorReaderTests.cs
│   │   │   ├── GmeReaderTests.cs
│   │   │   ├── MergedCosmicReaderTests.cs
│   │   │   ├── OneKGenTests.cs
│   │   │   ├── ParserTestUtils.cs
│   │   │   ├── RefMinorTests.cs
│   │   │   └── TopMedReaderTests.cs
│   │   ├── MitoHeteroplasmy/
│   │   │   └── MitoHeteroplasmyTests.cs
│   │   ├── MitoMap/
│   │   │   ├── MitoMapSvReaderTests.cs
│   │   │   ├── MitoMapVariantReaderTests.cs
│   │   │   └── ParsingUtilitiesTests.cs
│   │   ├── NsaWriters/
│   │   │   ├── IntervalWriterReaderTests.cs
│   │   │   ├── NsaUtilitiesTests.cs
│   │   │   └── WriterReaderTests.cs
│   │   ├── Omim/
│   │   │   └── OmimUtilitiesTests.cs
│   │   ├── ParseUtils/
│   │   │   ├── SplitLineTests.cs
│   │   │   └── TsvIndicesTests.cs
│   │   ├── PhylopTests.cs
│   │   ├── PrimateAi/
│   │   │   └── PrimateAiTests.cs
│   │   ├── ProteinConservation/
│   │   │   └── ParserTests.cs
│   │   ├── Revel/
│   │   │   └── RevelParserTests.cs
│   │   ├── SaJsonSchemaTests.cs
│   │   ├── SpliceAi/
│   │   │   └── SpliceAiTests.cs
│   │   └── gnomAD/
│   │       ├── GnomadGeneScoreTests.cs
│   │       ├── GnomadReaderTests.cs
│   │       ├── GnomadSvBedParserTests.cs
│   │       ├── GnomadSvItemTests.cs
│   │       ├── GnomadSvTsvParserTests.cs
│   │       └── LcrParserTests.cs
│   ├── SingleAnnotationLambda/
│   │   ├── SingleConfigTests.cs
│   │   └── SingleVariantTests.cs
│   ├── Tabix/
│   │   ├── BgzfBlockVcfReaderTests.cs
│   │   ├── BinUtilitiesTests.cs
│   │   ├── ReaderTests.cs
│   │   ├── SearchTests.cs
│   │   ├── SearchTestsLocalMother.cs
│   │   ├── SearchTestsRemoteMother.cs
│   │   ├── SearchUtilitiesTests.cs
│   │   └── VirtualPositionTests.cs
│   ├── TestDataStructures/
│   │   └── SimpleSequence.cs
│   ├── TestUtilities/
│   │   ├── AnnotationUtilities.cs
│   │   ├── ByteUtilities.cs
│   │   ├── ChromosomeUtilities.cs
│   │   ├── RandomPath.cs
│   │   ├── ResourceUtilities.cs
│   │   ├── Resources.cs
│   │   └── TestDataGenerator.cs
│   ├── UnitTests.csproj
│   ├── VariantAnnotation/
│   │   ├── Algorithms/
│   │   │   └── SwapTests.cs
│   │   ├── AnnotatedPositions/
│   │   │   ├── AnnotatedPositionTests.cs
│   │   │   ├── AnnotatedVariantTests.cs
│   │   │   ├── ConsequenceTests.cs
│   │   │   ├── HgvsCodingNomenclatureTests.cs
│   │   │   ├── HgvsProteinNomenclatureTests.cs
│   │   │   ├── HgvsUtilitiesTests.cs
│   │   │   ├── HgvscNotationTests.cs
│   │   │   ├── HgvsgNotationTests.cs
│   │   │   ├── HgvspNotationTests.cs
│   │   │   ├── ProteinChangeTests.cs
│   │   │   ├── RegulatoryRegionAnnotatorTests.cs
│   │   │   └── Transcript/
│   │   │       ├── AminoAcidTests.cs
│   │   │       ├── AnnotatedTranscriptTests.cs
│   │   │       ├── CdnaSequenceTests.cs
│   │   │       ├── CodingSequenceTests.cs
│   │   │       ├── CodonsTests.cs
│   │   │       ├── CompactIdTests.cs
│   │   │       ├── FeatureVariantEffectsTests.cs
│   │   │       ├── MappedPositionUtilitiesTests.cs
│   │   │       ├── StringExtensionsTests.cs
│   │   │       ├── TranscriptPositionalEffectTests.cs
│   │   │       ├── TranscriptUtilitiesTests.cs
│   │   │       └── VariantEffectTests.cs
│   │   ├── AnnotatorTests.cs
│   │   ├── Caches/
│   │   │   ├── DataStructures/
│   │   │   │   ├── EncodedTranscriptDataTests.cs
│   │   │   │   ├── GeneTests.cs
│   │   │   │   ├── RegulatoryRegionTests.cs
│   │   │   │   ├── TranscriptRegionExtensionsTests.cs
│   │   │   │   ├── TranscriptRegionTests.cs
│   │   │   │   ├── TranscriptTests.cs
│   │   │   │   └── TranslationTests.cs
│   │   │   ├── TranscriptCacheTests.cs
│   │   │   └── Utilities/
│   │   │       ├── RnaEditUtilitiesTests.cs
│   │   │       └── TranscriptUtilitiesTests.cs
│   │   ├── GeneFusions/
│   │   │   ├── Calling/
│   │   │   │   └── GeneFusionCallerTests.cs
│   │   │   ├── IO/
│   │   │   │   ├── GeneFusionIndexEntryTests.cs
│   │   │   │   └── GeneFusionSourceReaderTests.cs
│   │   │   ├── SA/
│   │   │   │   ├── GeneFusionPairTests.cs
│   │   │   │   ├── GeneFusionSourceCollectionTests.cs
│   │   │   │   └── GeneFusionSourceUtilitiesTests.cs
│   │   │   └── Utilities/
│   │   │       ├── GeneFusionKeyTests.cs
│   │   │       └── IndexEntryExtensionsTests.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   ├── Caches/
│   │   │   │   ├── CacheConstantsTests.cs
│   │   │   │   ├── CacheHeaderTests.cs
│   │   │   │   └── TranscriptCacheReaderTests.cs
│   │   │   ├── JsonObjectTests.cs
│   │   │   ├── JsonWriterTests.cs
│   │   │   └── SampleExtensionsTests.cs
│   │   ├── NSA/
│   │   │   ├── NsaIndexTests.cs
│   │   │   ├── RefMinorIndexTests.cs
│   │   │   ├── SuppAnnotationsOutputTests.cs
│   │   │   └── SuppIntervalUtilitiesTests.cs
│   │   ├── ProviderTests/
│   │   │   ├── GsaProviderTests.cs
│   │   │   ├── LcrProviderTests.cs
│   │   │   └── NsaProviderTests.cs
│   │   ├── ScoreFile/
│   │   │   ├── GenericScoreEncoderTests.cs
│   │   │   ├── GenericScoreEndToEndTests.cs
│   │   │   ├── GenericScoreTests.cs
│   │   │   ├── HeaderTests.cs
│   │   │   ├── ReaderSettingsTests.cs
│   │   │   ├── SaItemValidatorTests.cs
│   │   │   ├── ScoreEncoderTests.cs
│   │   │   ├── ScoreIndexTests.cs
│   │   │   └── ScoreJsonEncoderTests.cs
│   │   ├── Sequence/
│   │   │   ├── CompressedSequenceReaderTests.cs
│   │   │   └── CompressedSequenceTests.cs
│   │   ├── TranscriptAnnotation/
│   │   │   ├── BreakEndUtilitiesTests.cs
│   │   │   ├── FullTranscriptAnnotatorTests.cs
│   │   │   └── TranscriptAnnotationFactoryTests.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── DateTests.cs
│   │       ├── FormatUtilitiesTests.cs
│   │       └── GeneComparerTests.cs
│   ├── Variants/
│   │   ├── BiDirectionalTrimmerTests.cs
│   │   ├── SimpleVariantTests.cs
│   │   ├── VariantRotatorTests.cs
│   │   └── VariantTests.cs
│   └── Vcf/
│       ├── Samples/
│       │   ├── BooleanExtensionsTests.cs
│       │   ├── FormatIndicesTests.cs
│       │   ├── Legacy/
│       │   │   └── LegacySampleFieldExtractorTests.cs
│       │   ├── SampleFieldExtractorTests.cs
│       │   ├── SampleParsingExtensionsTests.cs
│       │   ├── SampleTests.cs
│       │   ├── TestUtilities.cs
│       │   └── VariantFrequencyTests.cs
│       ├── StringExtensionsTests.cs
│       ├── VariantCreator/
│       │   ├── CnvCreatorTests.cs
│       │   ├── LegacyVariantIdTests.cs
│       │   ├── ReferenceVariantCreatorTests.cs
│       │   ├── SmallVariantCreatorTests.cs
│       │   ├── VariantFactoryTests.cs
│       │   ├── VariantFactoryTestsWithLegacyVids.cs
│       │   └── VariantIdTests.cs
│       ├── VcfFilterTests.cs
│       ├── VcfInfoParserTests.cs
│       ├── VcfReaderTests.cs
│       └── VcfReaderUtilsTests.cs
├── VariantAnnotation/
│   ├── Algorithms/
│   │   └── Swap.cs
│   ├── AnnotatedPositions/
│   │   ├── AnnotatedPosition.cs
│   │   ├── AnnotatedRegulatoryRegion.cs
│   │   ├── AnnotatedVariant.cs
│   │   ├── Consequence/
│   │   │   └── Consequences.cs
│   │   ├── HgvsCodingNomenclature.cs
│   │   ├── HgvsProteinNomenclature.cs
│   │   ├── HgvsUtilities.cs
│   │   ├── HgvscNotation.cs
│   │   ├── HgvsgNotation.cs
│   │   ├── HgvspNotation.cs
│   │   ├── PositionOffset.cs
│   │   ├── RegulatoryRegionAnnotator.cs
│   │   └── Transcript/
│   │       ├── AminoAcids.cs
│   │       ├── AnnotatedConservationScore.cs
│   │       ├── AnnotatedGeneFusion.cs
│   │       ├── AnnotatedTranscript.cs
│   │       ├── CdnaSequence.cs
│   │       ├── CodingSequence.cs
│   │       ├── Codons.cs
│   │       ├── CompactId.cs
│   │       ├── FeatureVariantEffects.cs
│   │       ├── MappedPosition.cs
│   │       ├── MappedPositionUtilities.cs
│   │       ├── StringExtensions.cs
│   │       ├── TranscriptPositionalEffect.cs
│   │       ├── TranscriptUtilities.cs
│   │       ├── VariantEffect.cs
│   │       └── VariantEffectCache.cs
│   ├── Annotator.cs
│   ├── AssemblyInfo.cs
│   ├── Caches/
│   │   ├── DataStructures/
│   │   │   ├── CodingRegion.cs
│   │   │   ├── EncodedTranscriptData.cs
│   │   │   ├── Gene.cs
│   │   │   ├── IndexEntry.cs
│   │   │   ├── Prediction.cs
│   │   │   ├── RegulatoryRegion.cs
│   │   │   ├── RnaEdit.cs
│   │   │   ├── Transcript.cs
│   │   │   ├── TranscriptRegion.cs
│   │   │   ├── TranscriptRegionExtensions.cs
│   │   │   └── Translation.cs
│   │   ├── PredictionCache.cs
│   │   ├── TranscriptCache.cs
│   │   ├── TranscriptCacheData.cs
│   │   ├── TranscriptIntervalForestExtensions.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── ExonUtilities.cs
│   │       ├── GeneForestGenerator.cs
│   │       └── RnaEditUtilities.cs
│   ├── GeneAnnotation/
│   │   └── GeneAnnotationProvider.cs
│   ├── GeneFusions/
│   │   ├── Calling/
│   │   │   ├── BreakEndAdjacency.cs
│   │   │   ├── BreakEndAdjacencyFactory.cs
│   │   │   ├── BreakPoint.cs
│   │   │   ├── BreakPointTranscript.cs
│   │   │   └── GeneFusionCaller.cs
│   │   ├── HGVS/
│   │   │   └── HgvsRnaNomenclature.cs
│   │   ├── IO/
│   │   │   ├── GeneFusionIndexEntry.cs
│   │   │   ├── GeneFusionJsonReader.cs
│   │   │   ├── GeneFusionSourceReader.cs
│   │   │   └── IGeneFusionSaReader.cs
│   │   ├── SA/
│   │   │   ├── GeneFusionPair.cs
│   │   │   ├── GeneFusionSource.cs
│   │   │   ├── GeneFusionSourceCollection.cs
│   │   │   └── GeneFusionSourceUtilities.cs
│   │   └── Utilities/
│   │       ├── GeneFusionKey.cs
│   │       └── IndexEntryExtensions.cs
│   ├── GenericScore/
│   │   ├── ChromosomeBlock.cs
│   │   ├── EncoderType.cs
│   │   ├── GenericScoreEncoder.cs
│   │   ├── IScoreEncoder.cs
│   │   ├── MetaData.cs
│   │   ├── ReaderSettings.cs
│   │   ├── ScoreBlock.cs
│   │   ├── ScoreIndex.cs
│   │   ├── ScoreIndexBlock.cs
│   │   ├── ScoreJsonEncoder.cs
│   │   ├── ScoreReader.cs
│   │   └── ZeroToOneScoreEncoder.cs
│   ├── IO/
│   │   ├── Caches/
│   │   │   ├── CacheHeader.cs
│   │   │   ├── Header.cs
│   │   │   ├── PredictionCacheCustomHeader.cs
│   │   │   ├── PredictionCacheReader.cs
│   │   │   ├── PredictionHeader.cs
│   │   │   ├── TranscriptCacheCustomHeader.cs
│   │   │   └── TranscriptCacheReader.cs
│   │   ├── IntervalExtensions.cs
│   │   ├── JsonCommon.cs
│   │   ├── JsonObject.cs
│   │   ├── JsonWriter.cs
│   │   └── SampleExtensions.cs
│   ├── NSA/
│   │   ├── NgaReader.cs
│   │   ├── NsaBlock.cs
│   │   ├── NsaIndex.cs
│   │   ├── NsaIndexBlock.cs
│   │   ├── NsaReader.cs
│   │   ├── NsiReader.cs
│   │   ├── NsiWriter.cs
│   │   ├── RefMinorDbReader.cs
│   │   ├── RefMinorIndex.cs
│   │   ├── SuppInterval.cs
│   │   ├── SuppIntervalUtilities.cs
│   │   └── SupplementaryAnnotation.cs
│   ├── PerformanceMetrics.cs
│   ├── PhyloP/
│   │   ├── NpdIndex.cs
│   │   └── NpdReader.cs
│   ├── Pools/
│   │   ├── AnnotatedPositionPool.cs
│   │   ├── AnnotatedTranscriptPool.cs
│   │   ├── AnnotatedVariantPool.cs
│   │   └── VariantPool.cs
│   ├── ProteinConservation/
│   │   ├── ProteinConservationCommon.cs
│   │   ├── ProteinConservationItem.cs
│   │   ├── ProteinConservationReader.cs
│   │   └── TranscriptConservationScores.cs
│   ├── Providers/
│   │   ├── ConservationScoreProvider.cs
│   │   ├── DataSourceVersion.cs
│   │   ├── LcrProvider.cs
│   │   ├── NsaProvider.cs
│   │   ├── ProteinConservationProvider.cs
│   │   ├── RefMinorProvider.cs
│   │   ├── ReferenceSequenceProvider.cs
│   │   ├── ScoreProvider.cs
│   │   ├── TranscriptAnnotationProvider.cs
│   │   └── VersionProvider.cs
│   ├── SA/
│   │   ├── CustomAnnotationCategories.cs
│   │   ├── JsonDataType.cs
│   │   └── SaCommon.cs
│   ├── TranscriptAnnotation/
│   │   ├── FlankingTranscriptAnnotator.cs
│   │   ├── FullTranscriptAnnotator.cs
│   │   ├── ReducedTranscriptAnnotator.cs
│   │   ├── RohTranscriptAnnotator.cs
│   │   ├── SequenceChange.cs
│   │   └── TranscriptAnnotationFactory.cs
│   ├── Utilities/
│   │   ├── BaseFormatting.cs
│   │   ├── Date.cs
│   │   ├── FormatUtilities.cs
│   │   └── GeneComparer.cs
│   └── VariantAnnotation.csproj
├── VariantAnnotation.Interface/
│   ├── AnnotatedPositions/
│   │   ├── BioType.cs
│   │   ├── ConsequenceTag.cs
│   │   ├── IAnnotatedGeneFusion.cs
│   │   ├── IAnnotatedPosition.cs
│   │   ├── IAnnotatedRegulatoryRegion.cs
│   │   ├── IAnnotatedTranscript.cs
│   │   ├── IAnnotatedVariant.cs
│   │   ├── ICodingRegion.cs
│   │   ├── ICompactId.cs
│   │   ├── IFeatureVariantEffects.cs
│   │   ├── IGene.cs
│   │   ├── IGeneFusion.cs
│   │   ├── IGeneFusionPair.cs
│   │   ├── IMappedPosition.cs
│   │   ├── IRegulatoryRegion.cs
│   │   ├── IRnaEdit.cs
│   │   ├── ITranscript.cs
│   │   ├── ITranscriptRegion.cs
│   │   ├── ITranslation.cs
│   │   ├── IVariantEffect.cs
│   │   └── PredictionScore.cs
│   ├── Caches/
│   │   ├── IPredictionCache.cs
│   │   ├── ITranscriptCache.cs
│   │   └── RegulatoryRegionType.cs
│   ├── Constants.cs
│   ├── GeneAnnotation/
│   │   └── IGeneAnnotationProvider.cs
│   ├── IAnnotationResources.cs
│   ├── IAnnotator.cs
│   ├── IO/
│   │   ├── IJsonSerializer.cs
│   │   ├── IJsonWriter.cs
│   │   ├── IVcfReader.cs
│   │   └── VcfCommon.cs
│   ├── IVariantIdCreator.cs
│   ├── Positions/
│   │   ├── ICustomFields.cs
│   │   ├── IInfoData.cs
│   │   ├── IPosition.cs
│   │   ├── ISample.cs
│   │   └── ISimplePosition.cs
│   ├── Providers/
│   │   ├── IAnnotationProvider.cs
│   │   ├── IDataSourceVersion.cs
│   │   ├── IMitoHeteroplasmyProvider.cs
│   │   ├── IProvider.cs
│   │   ├── IRefMinorProvider.cs
│   │   ├── ISequenceProvider.cs
│   │   └── ITranscriptAnnotationProvider.cs
│   ├── SA/
│   │   ├── INsaReader.cs
│   │   ├── INsiReader.cs
│   │   ├── ISaMetadata.cs
│   │   ├── ISupplementaryAnnotation.cs
│   │   ├── ISupplementaryDataItem.cs
│   │   ├── ISupplementaryInterval.cs
│   │   ├── IsuppGeneItem.cs
│   │   └── IsuppIntervalItem.cs
│   ├── VariantAnnotation.Interface.csproj
│   └── VariantCategory.cs
├── Variants/
│   ├── AnnotationBehavior.cs
│   ├── BiDirectionalTrimmer.cs
│   ├── ISimpleVariant.cs
│   ├── IVariant.cs
│   ├── RepeatExpansion.cs
│   ├── SimpleVariant.cs
│   ├── Variant.cs
│   ├── VariantRotator.cs
│   ├── VariantType.cs
│   ├── VariantUtils.cs
│   └── Variants.csproj
└── Vcf/
    ├── AssemblyInfo.cs
    ├── IVcfFilter.cs
    ├── Info/
    │   ├── CustomFields.cs
    │   ├── InfoData.cs
    │   └── VcfInfoParser.cs
    ├── NullVcfFilter.cs
    ├── Position.cs
    ├── PositionPool.cs
    ├── Sample/
    │   ├── BooleanExtensions.cs
    │   ├── FormatIndices.cs
    │   ├── Legacy/
    │   │   ├── AlleleDepths.cs
    │   │   ├── FailedFilter.cs
    │   │   ├── Genotype.cs
    │   │   ├── GenotypeQuality.cs
    │   │   ├── IntermediateSampleFields.cs
    │   │   ├── LegacySampleFieldExtractor.cs
    │   │   ├── LegacyVariantFrequency.cs
    │   │   ├── ReadCounts.cs
    │   │   └── TotalDepth.cs
    │   ├── Sample.cs
    │   ├── SampleFieldExtractor.cs
    │   ├── SampleParsingExtensions.cs
    │   └── VariantFrequency.cs
    ├── SimplePosition.cs
    ├── StringExtensions.cs
    ├── VariantCreator/
    │   ├── CnvCreator.cs
    │   ├── LegacyVariantId.cs
    │   ├── ReferenceVariantCreator.cs
    │   ├── RepeatExpansionCreator.cs
    │   ├── RohVariantCreator.cs
    │   ├── SmallVariantCreator.cs
    │   ├── StructuralVariantCreator.cs
    │   ├── VariantFactory.cs
    │   └── VariantId.cs
    ├── Vcf.csproj
    ├── VcfFilter.cs
    └── VcfReader.cs