gitextract_fz6ux05f/

├── .gitignore
├── CITATION.cff
├── HISTORY.md
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.md
├── data/
│   ├── annotation/
│   │   ├── kaggle_bird/
│   │   │   └── metadata.csv
│   │   ├── meta-album/
│   │   │   ├── FNG_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── INS_2_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── INS_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── MED_LF_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── PLK_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── PLT_DOC_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   ├── PLT_NET_Mini/
│   │   │   │   └── metadata.csv
│   │   │   └── PLT_VIL_Mini/
│   │   │       └── metadata.csv
│   │   └── rare_species/
│   │       └── metadata.csv
│   ├── eol/
│   │   └── scraped_page_ids.csv
│   ├── inat/
│   │   └── common-names-mapping.json
│   └── rarespecies/
│       ├── seen_in_training.json
│       └── unseen_in_training.json
├── docs/
│   ├── imageomics/
│   │   ├── BioCLIP_ModelCard.md
│   │   ├── RareSpecies_DatasetCard.md
│   │   ├── ToL-10M_DatasetCard.md
│   │   ├── evaluation.md
│   │   ├── figure-creation.md
│   │   ├── training-data-osc.md
│   │   ├── training-data-sources.md
│   │   ├── training.md
│   │   └── treeoflife10m.md
│   └── open_clip/
│       ├── Interacting_with_open_clip.ipynb
│       ├── Interacting_with_open_coca.ipynb
│       └── clip_conceptual_captions.md
├── eval_few_shot.sh
├── eval_zero_shot.sh
├── justfile
├── pyproject.toml
├── requirements-training.txt
├── requirements-training.yml
├── requirements-viz.txt
├── requirements.txt
├── requirements.yml
├── scripts/
│   ├── README.md
│   ├── download_data.sh
│   ├── evobio10m/
│   │   ├── check_taxa.py
│   │   ├── check_wds.py
│   │   ├── get_data_stats.py
│   │   ├── make_catalog.py
│   │   ├── make_catalog_reproduce.py
│   │   ├── make_license_files.py
│   │   ├── make_mapping.py
│   │   ├── make_metadata.py
│   │   ├── make_splits.py
│   │   ├── make_wds.py
│   │   ├── make_wds_reproduce.py
│   │   └── taxa_viz.py
│   ├── get_media_manifest.py
│   ├── get_missing_page_ids.py
│   ├── global_names_resolver.py
│   ├── inat21_to_wds.py
│   ├── inat_common_names.py
│   ├── reproduce_tree-of-life-10m.sh
│   ├── setup_download_tol-10m_components.bash
│   └── submit_download_tol-10m_components.bash
├── setup.py
├── slurm/
│   ├── check-wds.slurm
│   ├── download_bioscan.slurm
│   ├── download_eol.slurm
│   ├── download_inat21.slurm
│   ├── download_metadata.slurm
│   ├── make-catalog_reproduce.slurm
│   ├── make-dataset-mapping.sh
│   ├── make-dataset-wds.sh
│   ├── make-dataset-wds_reproduce.sh
│   └── train.sh
├── src/
│   ├── evaluation/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── create_final_figure.py
│   │   ├── create_zoom_figure.py
│   │   ├── data.py
│   │   ├── extract_features.py
│   │   ├── few_shot.py
│   │   ├── hierarchy_tree_image.py
│   │   ├── params.py
│   │   ├── utils.py
│   │   └── zero_shot_iid.py
│   ├── imageomics/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── disk.py
│   │   ├── disk_reproduce.py
│   │   ├── eol.py
│   │   ├── eol_reproduce.py
│   │   ├── evobio10m.py
│   │   ├── evobio10m_reproduce.py
│   │   ├── helpers.py
│   │   ├── naming.py
│   │   ├── naming_eval.py
│   │   ├── naming_reproduce.py
│   │   ├── test_naming.py
│   │   ├── test_wds.py
│   │   └── wds.py
│   ├── open_clip/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── coca_model.py
│   │   ├── constants.py
│   │   ├── factory.py
│   │   ├── generation_utils.py
│   │   ├── hf_configs.py
│   │   ├── hf_model.py
│   │   ├── loss.py
│   │   ├── model.py
│   │   ├── model_configs/
│   │   │   ├── RN101-quickgelu.json
│   │   │   ├── RN101.json
│   │   │   ├── RN50-quickgelu.json
│   │   │   ├── RN50.json
│   │   │   ├── RN50x16.json
│   │   │   ├── RN50x4.json
│   │   │   ├── RN50x64.json
│   │   │   ├── ViT-B-16-plus-240.json
│   │   │   ├── ViT-B-16-plus.json
│   │   │   ├── ViT-B-16.json
│   │   │   ├── ViT-B-32-plus-256.json
│   │   │   ├── ViT-B-32-quickgelu.json
│   │   │   ├── ViT-B-32.json
│   │   │   ├── ViT-H-14.json
│   │   │   ├── ViT-H-16.json
│   │   │   ├── ViT-L-14-280.json
│   │   │   ├── ViT-L-14-336.json
│   │   │   ├── ViT-L-14.json
│   │   │   ├── ViT-L-16-320.json
│   │   │   ├── ViT-L-16.json
│   │   │   ├── ViT-M-16-alt.json
│   │   │   ├── ViT-M-16.json
│   │   │   ├── ViT-M-32-alt.json
│   │   │   ├── ViT-M-32.json
│   │   │   ├── ViT-S-16-alt.json
│   │   │   ├── ViT-S-16.json
│   │   │   ├── ViT-S-32-alt.json
│   │   │   ├── ViT-S-32.json
│   │   │   ├── ViT-bigG-14.json
│   │   │   ├── ViT-e-14.json
│   │   │   ├── ViT-g-14.json
│   │   │   ├── coca_ViT-B-32.json
│   │   │   ├── coca_ViT-L-14.json
│   │   │   ├── coca_base.json
│   │   │   ├── coca_roberta-ViT-B-32.json
│   │   │   ├── convnext_base.json
│   │   │   ├── convnext_base_w.json
│   │   │   ├── convnext_base_w_320.json
│   │   │   ├── convnext_large.json
│   │   │   ├── convnext_large_d.json
│   │   │   ├── convnext_large_d_320.json
│   │   │   ├── convnext_small.json
│   │   │   ├── convnext_tiny.json
│   │   │   ├── convnext_xlarge.json
│   │   │   ├── convnext_xxlarge.json
│   │   │   ├── convnext_xxlarge_320.json
│   │   │   ├── mt5-base-ViT-B-32.json
│   │   │   ├── mt5-xl-ViT-H-14.json
│   │   │   ├── roberta-ViT-B-32.json
│   │   │   ├── swin_base_patch4_window7_224.json
│   │   │   ├── vit_medium_patch16_gap_256.json
│   │   │   ├── vit_relpos_medium_patch16_cls_224.json
│   │   │   ├── xlm-roberta-base-ViT-B-32.json
│   │   │   └── xlm-roberta-large-ViT-H-14.json
│   │   ├── modified_resnet.py
│   │   ├── openai.py
│   │   ├── pretrained.py
│   │   ├── push_to_hf_hub.py
│   │   ├── timm_model.py
│   │   ├── tokenizer.py
│   │   ├── transform.py
│   │   ├── transformer.py
│   │   ├── utils.py
│   │   └── version.py
│   └── training/
│       ├── .gitignore
│       ├── __init__.py
│       ├── data.py
│       ├── distributed.py
│       ├── file_utils.py
│       ├── imagenet_zeroshot_data.py
│       ├── logger.py
│       ├── main.py
│       ├── params.py
│       ├── precision.py
│       ├── profile.py
│       ├── scheduler.py
│       ├── train.py
│       └── zero_shot.py
└── train.sh