gitextract_mgec5cpq/

├── .binder/
│   ├── postBuild
│   └── requirements.txt
├── .clang-format
├── .gitattributes
├── .github/
│   └── workflows/
│       ├── build-test-package.yml
│       ├── clang-format-linter.yml
│       └── wasm.yml
├── .gitignore
├── .jupyter/
│   └── jupyter_notebook_config.py
├── CMakeLists.txt
├── CTestConfig.cmake
├── LICENSE
├── README.md
├── environment.yml
├── examples/
│   ├── 1_NumPyArray.ipynb
│   ├── ITK_Example01_SimpleRegistration.ipynb
│   ├── ITK_Example02_CustomOrMultipleParameterMaps.ipynb
│   ├── ITK_Example03_Masked_3D_Registration.ipynb
│   ├── ITK_Example04_InitialTransformAndMultiThreading.ipynb
│   ├── ITK_Example05_PointRegistration.ipynb
│   ├── ITK_Example06_GroupwiseRegistration.ipynb
│   ├── ITK_Example07_MultimetricMultiImageRegistration.ipynb
│   ├── ITK_Example08_SimpleTransformix.ipynb
│   ├── ITK_Example09_PointSetAndMaskTransformation.ipynb
│   ├── ITK_Example10_Transformix_Jacobian.ipynb
│   ├── ITK_Example11_Transformix_DeformationField.ipynb
│   ├── ITK_Example12_DifferentSizeTransformation.ipynb
│   ├── ITK_Example13_ITKResampling.ipynb
│   ├── ITK_Example14_WorldCoordinatesExplanation_Napari.ipynb
│   ├── ITK_Example15_Transformix_image_TranslationTransform.ipynb
│   ├── ITK_Example16_Transformix_mesh_TranslationTransform.ipynb
│   ├── ITK_Example17_MONAIWithPreregistration.ipynb
│   ├── ITK_Example18_MONAI_affine_Elastix_nonlinear.ipynb
│   ├── ITK_Example20_PixelTypes.ipynb
│   ├── ITK_Example21_ConstrainedRegistration.ipynb
│   ├── ITK_Example22_ConvertToITKTransform.ipynb
│   ├── ITK_Example_RegistrationWithCorrespondingPointsInMemory.ipynb
│   ├── ITK_Example_TomlFileFormatForParameterFiles.ipynb
│   ├── ITK_Registration_App.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample1_RigidRegistration.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample2_AffineRegistration.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample3_BsplineRegistration.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample4_MaskedRegistration.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample5_GroupwiseRegistration.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample6_PointSetTransformation.ipynb
│   ├── ITK_UnitTestExample7_SizeTransformation.ipynb
│   ├── data/
│   │   ├── CT_2D_head_fixed.mha
│   │   ├── CT_2D_head_fixed_mask.mha
│   │   ├── CT_2D_head_moving.mha
│   │   ├── CT_2D_head_moving_mask.mha
│   │   ├── CT_2D_plus_time.nii
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed.mha
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed_mask.mha
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed_point_set.txt
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed_point_set_corrected.txt
│   │   ├── CT_3D_lung_moving.mha
│   │   ├── CT_3D_lung_moving_mask.mha
│   │   ├── CT_3D_lung_moving_point_set.txt
│   │   ├── CT_3D_lung_moving_point_set_corrected.txt
│   │   ├── TransformParameters.0.txt
│   │   ├── TransformParameters.1.txt
│   │   ├── fixed_point_set_test.txt
│   │   ├── lung_sem/
│   │   │   └── ParameterFile.txt
│   │   ├── parameters.3D.NC.affine.ASGD.001.txt
│   │   ├── parameters_Affine.txt
│   │   ├── parameters_BSpline.txt
│   │   ├── parameters_Bspline_Multimetric.txt
│   │   └── parameters_Rigid.txt
│   ├── exampleoutput/
│   │   ├── Parameters.0.txt
│   │   ├── Parameters.1.txt
│   │   ├── Parameters.2.txt
│   │   ├── Parameters.3.txt
│   │   ├── TransformParameters.0.txt
│   │   ├── TransformParameters.1.txt
│   │   ├── fullSpatialJacobian.nii
│   │   ├── itk_composite_transform.h5
│   │   ├── outputpoints.txt
│   │   ├── parameters_custom.txt
│   │   ├── result_image.mha
│   │   └── spatialJacobian.nii
│   ├── exampleoutput_unittests/
│   │   └── outputpoints.txt
│   └── requirements.txt
├── itk-module.cmake
├── itk_wasm_env.bash
├── package.json
├── pixi.toml
├── pnpm-workspace.yaml
├── pyproject.toml
├── test/
│   ├── Baseline/
│   │   ├── CT_2D_head_test.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_test.mha.sha512
│   │   └── itkElastixRegistrationMethodTestOutput.mha.sha512
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── Input/
│   │   ├── CT_2D_head_fixed.mha.sha512
│   │   ├── CT_2D_head_fixed_mask.mha.sha512
│   │   ├── CT_2D_head_moving.mha.sha512
│   │   ├── CT_2D_head_moving_mask.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed_mask.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_fixed_small.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_moving.mha.sha512
│   │   ├── CT_3D_lung_moving_mask.mha.sha512
│   │   ├── parameters.3D.NC.bspline.ASGD.001.txt
│   │   ├── parameters_BSpline.txt
│   │   ├── parameters_Rigid.txt
│   │   └── transformparameters.3DCT_lung.affine.txt
│   └── itkElastixRegistrationMethodTest.cxx
├── wasm/
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── default-parameter-map.cxx
│   ├── elastix-wasm.cxx
│   ├── python/
│   │   ├── itkwasm-elastix/
│   │   │   ├── .gitattributes
│   │   │   ├── .gitignore
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   ├── docs/
│   │   │   │   ├── Makefile
│   │   │   │   ├── conf.py
│   │   │   │   ├── index.md
│   │   │   │   ├── make.bat
│   │   │   │   └── requirements.txt
│   │   │   ├── itkwasm_elastix/
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _version.py
│   │   │   │   ├── default_parameter_map.py
│   │   │   │   ├── default_parameter_map_async.py
│   │   │   │   ├── elastix.py
│   │   │   │   ├── elastix_async.py
│   │   │   │   ├── read_parameter_files.py
│   │   │   │   ├── read_parameter_files_async.py
│   │   │   │   ├── write_parameter_files.py
│   │   │   │   └── write_parameter_files_async.py
│   │   │   ├── pyproject.toml
│   │   │   └── tests/
│   │   │       ├── __init__.py
│   │   │       ├── fixtures.py
│   │   │       ├── test_default_parameter_map.py
│   │   │       ├── test_elastix.py
│   │   │       ├── test_itkwasm_elastix.py
│   │   │       ├── test_read_parameter_files.py
│   │   │       ├── test_write_parameter_files.py
│   │   │       └── test_write_parameter_files_async.py
│   │   ├── itkwasm-elastix-emscripten/
│   │   │   ├── .gitattributes
│   │   │   ├── .gitignore
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   ├── itkwasm_elastix_emscripten/
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── _version.py
│   │   │   │   ├── default_parameter_map_async.py
│   │   │   │   ├── elastix_async.py
│   │   │   │   ├── js_package.py
│   │   │   │   ├── read_parameter_files_async.py
│   │   │   │   └── write_parameter_files_async.py
│   │   │   ├── pyproject.toml
│   │   │   ├── test/
│   │   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   │   ├── fixtures.py
│   │   │   │   ├── test_itkwasm_elastix.py
│   │   │   │   └── test_write_parameter_files_async.py
│   │   │   └── tests/
│   │   │       ├── __init__.py
│   │   │       ├── fixtures.py
│   │   │       ├── test_default_parameter_map_async.py
│   │   │       ├── test_elastix_async.py
│   │   │       ├── test_read_parameter_files_async.py
│   │   │       └── test_write_parameter_files_async.py
│   │   └── itkwasm-elastix-wasi/
│   │       ├── .gitattributes
│   │       ├── .gitignore
│   │       ├── README.md
│   │       ├── itkwasm_elastix_wasi/
│   │       │   ├── __init__.py
│   │       │   ├── _version.py
│   │       │   ├── default_parameter_map.py
│   │       │   ├── elastix.py
│   │       │   ├── read_parameter_files.py
│   │       │   ├── wasm_modules/
│   │       │   │   ├── default-parameter-map.wasi.wasm
│   │       │   │   ├── elastix.wasi.wasm
│   │       │   │   ├── read-parameter-file.wasi.wasm
│   │       │   │   ├── read-parameter-files.wasi.wasm
│   │       │   │   └── write-parameter-files.wasi.wasm
│   │       │   └── write_parameter_files.py
│   │       ├── pyproject.toml
│   │       └── tests/
│   │           ├── __init__.py
│   │           ├── common.py
│   │           ├── test_default_parameter_map.py
│   │           ├── test_elastix.py
│   │           ├── test_elastix_wasm.py
│   │           ├── test_read_parameter_files.py
│   │           └── test_write_parameter_files.py
│   ├── read-parameter-files.cxx
│   ├── typescript/
│   │   ├── .gitignore
│   │   ├── .nojekll
│   │   ├── .npmignore
│   │   ├── README.md
│   │   ├── build/
│   │   │   ├── rollup.browser.config.js
│   │   │   └── rollup.node.config.js
│   │   ├── index.html
│   │   ├── package.json
│   │   ├── playwright.config.ts
│   │   ├── src/
│   │   │   ├── default-parameter-map-node-options.ts
│   │   │   ├── default-parameter-map-node-result.ts
│   │   │   ├── default-parameter-map-node.ts
│   │   │   ├── default-parameter-map-options.ts
│   │   │   ├── default-parameter-map-result.ts
│   │   │   ├── default-parameter-map.ts
│   │   │   ├── default-web-worker.ts
│   │   │   ├── elastix-node-options.ts
│   │   │   ├── elastix-node-result.ts
│   │   │   ├── elastix-node.ts
│   │   │   ├── elastix-options.ts
│   │   │   ├── elastix-result.ts
│   │   │   ├── elastix.ts
│   │   │   ├── index-all.ts
│   │   │   ├── index-common.ts
│   │   │   ├── index-node-only.ts
│   │   │   ├── index-node.ts
│   │   │   ├── index-only.ts
│   │   │   ├── index-worker-embedded.min.ts
│   │   │   ├── index-worker-embedded.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── itkConfig.js
│   │   │   ├── pipeline-worker-url.ts
│   │   │   ├── pipelines-base-url.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files-node-options.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files-node-result.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files-node.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files-options.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files-result.ts
│   │   │   ├── read-parameter-files.ts
│   │   │   ├── version.ts
│   │   │   ├── write-parameter-files-node-result.ts
│   │   │   ├── write-parameter-files-node.ts
│   │   │   ├── write-parameter-files-options.ts
│   │   │   ├── write-parameter-files-result.ts
│   │   │   └── write-parameter-files.ts
│   │   ├── test/
│   │   │   ├── browser/
│   │   │   │   ├── common.ts
│   │   │   │   ├── default-parameter-map.spec.ts
│   │   │   │   ├── read-parameter-files.spec.ts
│   │   │   │   └── write-parameter-files.spec.ts
│   │   │   └── node/
│   │   │       ├── default-parameter-map-test.js
│   │   │       ├── elastix-test.js
│   │   │       ├── read-parameter-files-test.js
│   │   │       └── write-parameter-files-test.js
│   │   ├── tsconfig.json
│   │   └── vite.config.js
│   └── write-parameter-files.cxx
└── wrapping/
    ├── CMakeLists.txt
    ├── dockcross-manylinux-build-module-wheels-opencl.sh
    ├── dockcross-manylinux-download-cache.sh
    ├── elxParameterObject.wrap
    ├── itkElastixRegistrationMethod.wrap
    ├── itkTransformixFilter.wrap
    ├── stdParameterMap.i
    ├── test/
    │   ├── CMakeLists.txt
    │   ├── test_elx_parameter_object_dict.py
    │   ├── test_itk_elastix_registration_method.py
    │   ├── test_itk_elastix_registration_method_dict.py
    │   └── test_itk_transformix_filter.py
    └── transformix_extras.py