gitextract_28rx66s0/

├── .gitignore
├── LICENSE.md
├── README.md
└── src/
    ├── create_input.m
    ├── estimate_precision.m
    ├── least_squares_fitting/
    │   ├── form_rotation_matrices.m
    │   ├── func_grad_axis.m
    │   ├── func_grad_circle.m
    │   ├── func_grad_circle_centre.m
    │   ├── func_grad_cylinder.m
    │   ├── least_squares_axis.m
    │   ├── least_squares_circle.m
    │   ├── least_squares_circle_centre.m
    │   ├── least_squares_cylinder.m
    │   ├── nlssolver.m
    │   └── rotate_to_z_axis.m
    ├── main_steps/
    │   ├── branches.m
    │   ├── correct_segments.m
    │   ├── cover_sets.m
    │   ├── cylinders.m
    │   ├── filtering.m
    │   ├── point_model_distance.m
    │   ├── relative_size.m
    │   ├── segments.m
    │   ├── tree_data.m
    │   └── tree_sets.m
    ├── make_models.m
    ├── make_models_parallel.m
    ├── plotting/
    │   ├── plot2d.m
    │   ├── plot_branch_segmentation.m
    │   ├── plot_branches.m
    │   ├── plot_comparison.m
    │   ├── plot_cone_model.m
    │   ├── plot_cylinder_model.m
    │   ├── plot_cylinder_model2.m
    │   ├── plot_distribution.m
    │   ├── plot_large_point_cloud.m
    │   ├── plot_models_segmentations.m
    │   ├── plot_point_cloud.m
    │   ├── plot_scatter.m
    │   ├── plot_segments.m
    │   ├── plot_segs.m
    │   ├── plot_spreads.m
    │   ├── plot_tree_structure.m
    │   ├── plot_tree_structure2.m
    │   ├── plot_triangulation.m
    │   └── point_cloud_plotting.m
    ├── results/
    │   └── qsm.mat
    ├── select_optimum.m
    ├── tools/
    │   ├── average.m
    │   ├── change_precision.m
    │   ├── connected_components.m
    │   ├── cross_product.m
    │   ├── cubical_averaging.m
    │   ├── cubical_downsampling.m
    │   ├── cubical_partition.m
    │   ├── define_input.m
    │   ├── dimensions.m
    │   ├── display_time.m
    │   ├── distances_between_lines.m
    │   ├── distances_to_line.m
    │   ├── dot_product.m
    │   ├── expand.m
    │   ├── growth_volume_correction.m
    │   ├── intersect_elements.m
    │   ├── mat_vec_subtraction.m
    │   ├── median2.m
    │   ├── normalize.m
    │   ├── optimal_parallel_vector.m
    │   ├── orthonormal_vectors.m
    │   ├── rotation_matrix.m
    │   ├── save_model_text.m
    │   ├── sec2min.m
    │   ├── select_cylinders.m
    │   ├── set_difference.m
    │   ├── simplify_qsm.m
    │   ├── surface_coverage.m
    │   ├── surface_coverage2.m
    │   ├── surface_coverage_filtering.m
    │   ├── unique2.m
    │   ├── unique_elements.m
    │   ├── update_tree_data.m
    │   └── verticalcat.m
    ├── treeqsm.m
    └── triangulation/
        ├── boundary_curve.m
        ├── boundary_curve2.m
        ├── check_self_intersection.m
        ├── curve_based_triangulation.m
        └── initial_boundary_curve.m