gitextract_f87ovany/

├── .gitattributes
├── Makefile
├── README.md
├── coding_wheel.txt
├── codon_usage_freq_table_human.csv
├── codon_usage_freq_table_yeast.csv
├── gflags.py
├── license.txt
├── lineardesign
├── src/
│   ├── Utils/
│   │   ├── base.h
│   │   ├── codon.h
│   │   ├── common.h
│   │   ├── constants.h
│   │   ├── flat.h
│   │   ├── network.h
│   │   ├── reader.h
│   │   └── utility_v.h
│   ├── backtrace_iter.cc
│   ├── beam_cky_parser.cc
│   ├── beam_cky_parser.h
│   └── linear_design.cpp
└── testseq