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├── .gitignore
├── LICENSE
├── Readme.md
├── __init__.py
├── configs/
│   ├── Config_unet.py
│   ├── Config_unet_spleen.py
│   └── __init__.py
├── datasets/
│   ├── __init__.py
│   ├── data_loader.py
│   ├── example_dataset/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── create_splits.py
│   │   └── preprocessing.py
│   ├── spleen/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── create_splits.py
│   │   └── preprocessing.py
│   ├── three_dim/
│   │   ├── NumpyDataLoader.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── data_augmentation.py
│   ├── two_dim/
│   │   ├── NumpyDataLoader.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── data_augmentation.py
│   └── utils.py
├── evaluation/
│   ├── __init__.py
│   ├── evaluator.py
│   ├── metrics.py
│   └── readme.md
├── experiments/
│   ├── UNetExperiment.py
│   ├── UNetExperiment3D.py
│   └── __init__.py
├── loss_functions/
│   ├── ND_Crossentropy.py
│   ├── __init__.py
│   ├── dice_loss.py
│   └── topk_loss.py
├── networks/
│   ├── RecursiveUNet.py
│   ├── RecursiveUNet3D.py
│   └── UNET.py
├── requirements.txt
├── run_preprocessing.py
├── run_train_pipeline.py
├── runner.py
├── segment_a_spleen.py
├── train.py
├── train3D.py
└── utilities/
    ├── __init__.py
    └── file_and_folder_operations.py