SYMBOL INDEX (23 symbols across 2 files)

FILE: src/RcppExports.cpp
  function RcppExport (line 16) | RcppExport SEXP _SPOTlight_predict_nmf(SEXP A_SEXP, SEXP wSEXP, SEXP L1S...
  function RcppExport (line 30) | RcppExport SEXP _SPOTlight_run_nmf(SEXP A_SEXP, SEXP At_SEXP, SEXP tolSE...
  function RcppExport (line 53) | RcppExport void R_init_SPOTlight(DllInfo *dll) {

FILE: src/nmf.cpp
  class spmat (line 25) | class spmat {
    method spmat (line 32) | spmat(Rcpp::NumericVector x, Rcpp::IntegerVector i, Rcpp::IntegerVecto...
    method spmat (line 33) | spmat(const Rcpp::S4& s) {
    method spmat (line 42) | spmat() {}
    method rows (line 44) | size_t rows() { return Dim[0]; }
    method cols (line 45) | size_t cols() { return Dim[1]; }
    class InnerIterator (line 48) | class InnerIterator {
      method InnerIterator (line 50) | InnerIterator(spmat& ptr, int col) : ptr(ptr), col_(col), index(ptr....
      method InnerIterator (line 52) | InnerIterator& operator++() {
      method row (line 57) | int row() const { return ptr.i[index]; }
  function cor (line 67) | inline double cor(Eigen::MatrixXd& x, Eigen::MatrixXd& y) {
  function AAt (line 83) | Eigen::MatrixXd AAt(const Eigen::MatrixXd& A) {
  function scale (line 92) | void scale(Eigen::MatrixXd& w, Eigen::VectorXd& d) {
  function sort_index (line 101) | inline std::vector<int> sort_index(const Eigen::VectorXd& d) {
  function reorder_rows (line 109) | inline Eigen::MatrixXd reorder_rows(const Eigen::MatrixXd& x, const std:...
  function reorder (line 117) | inline Eigen::VectorXd reorder(const Eigen::VectorXd& x, const std::vect...
  function nnls (line 126) | inline void nnls(Eigen::MatrixXd& a, Eigen::VectorXd& b, Eigen::MatrixXd...
  function c_predict (line 148) | void c_predict(spmat A, const Eigen::MatrixXd& w, Eigen::MatrixXd& h, co...
  function predict_nmf (line 165) | Eigen::MatrixXd predict_nmf(Rcpp::S4& A_, Eigen::MatrixXd& w, const doub...
  function run_nmf (line 177) | Rcpp::List run_nmf(const Rcpp::S4& A_, const Rcpp::S4& At_, const double...