gitextract_hdjmozgy/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   └── workflows/
│       └── check-bioc.yml
├── .gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── NEWS
├── R/
│   ├── RcppExports.R
│   ├── SPOTlight.R
│   ├── data.R
│   ├── plotCorrelationMatrix.R
│   ├── plotImage.R
│   ├── plotInteractions.R
│   ├── plotSpatialScatterpie.R
│   ├── plotTopicProfiles.R
│   ├── runDeconvolution.R
│   ├── trainNMF.R
│   └── utils.R
├── README.md
├── man/
│   ├── SPOTlight.Rd
│   ├── data.Rd
│   ├── dot-filter.Rd
│   ├── plotCorrelationMatrix.Rd
│   ├── plotImage.Rd
│   ├── plotInteractions.Rd
│   ├── plotSpatialScatterpie.Rd
│   ├── plotTopicProfiles.Rd
│   ├── runDeconvolution.Rd
│   └── trainNMF.Rd
├── src/
│   ├── Makevars
│   ├── Makevars.win
│   ├── RcppExports.cpp
│   └── nmf.cpp
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── test-SPOTlight-steps.R
│   │   ├── test-SPOTlight.R
│   │   ├── test-plotCorrelationMatrix.R
│   │   ├── test-plotImage.R
│   │   ├── test-plotInteractions.R
│   │   ├── test-plotSpatialScatterpie.R
│   │   ├── test-plotTopicProfiles.R
│   │   ├── test-runDeconvolution.R
│   │   ├── test-trainNMF.R
│   │   └── test-utils.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    └── SPOTlight_kidney.Rmd