gitextract_xl1gyk4u/

├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── clasp/
│   ├── __init__.py
│   ├── clasp.py
│   ├── data/
│   │   └── bpe_simple_vocab_16e6.txt
│   ├── positional.py
│   ├── reversible.py
│   ├── simple_tokenizer.py
│   ├── transformer.py
│   └── utils.py
├── data/
│   ├── progen_ood_families.csv
│   ├── progen_ood_families_uniprot_acc.csv
│   ├── uniprot_100.csv
│   └── uniprot_100_reduced.csv
├── install_deepspeed.sh
├── notebooks/
│   ├── RankSplitDataset.ipynb
│   ├── Utils_CLASPDataset.ipynb
│   ├── inference.ipynb
│   └── inference_introduction.ipynb
├── preproc/
│   ├── create_offset_dict.py
│   ├── ood_id_split.md
│   ├── preprocess_data.py
│   └── preprocess_data_reduced.py
├── resources.md
├── setup.py
├── tokenizers/
│   ├── byte_level_BPE.py
│   ├── char_level_bpe.py
│   ├── sentencepiece.py
│   └── wordpiece.py
└── train/
    ├── example_inference_multigpu.py
    ├── inference_multigpu_ecpred_test.py
    ├── inference_multigpu_loss_test.py
    ├── inference_multigpu_simple_query_test.py
    ├── train.py
    ├── train_multigpusim.py
    └── train_multigpusim_wandb.py