gitextract_fm43qu58/ ├── .gitignore ├── .travis.yml ├── IOHMM/ │ ├── IOHMM.py │ ├── __init__.py │ ├── forward_backward.py │ └── linear_models.py ├── LICENCE ├── README.md ├── examples/ │ ├── data/ │ │ └── speed.csv │ ├── models/ │ │ ├── SemiSupervisedIOHMM/ │ │ │ ├── config.json │ │ │ ├── model.json │ │ │ ├── model_emissions/ │ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ │ ├── state_1/ │ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ │ ├── state_2/ │ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ │ └── state_3/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── model_initial/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── model_transition/ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── state_1/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── state_2/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── state_3/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── SupervisedIOHMM/ │ │ │ ├── config.json │ │ │ ├── model.json │ │ │ ├── model_emissions/ │ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ │ └── state_1/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── model_initial/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── model_transition/ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── state_1/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── UnSupervisedIOHMM/ │ │ ├── config.json │ │ ├── model.json │ │ ├── model_emissions/ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ ├── emission_0/ │ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ │ └── emission_1/ │ │ │ │ ├── classes.npy │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── state_1/ │ │ │ ├── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── emission_1/ │ │ │ ├── classes.npy │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── model_initial/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── model_transition/ │ │ ├── state_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── state_1/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ └── notebooks/ │ ├── SemiSupervisedIOHMM.ipynb │ ├── SupervisedIOHMM.ipynb │ └── UnSupervisedIOHMM.ipynb ├── requirements.txt ├── setup.cfg ├── setup.py └── tests/ ├── IOHMM_models/ │ ├── SemiSupervisedIOHMM/ │ │ ├── model.json │ │ ├── model_emissions/ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── state_1/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ ├── state_2/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── state_3/ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── model_initial/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── model_transition/ │ │ ├── state_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── state_1/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── state_2/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── state_3/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ ├── SupervisedIOHMM/ │ │ ├── model.json │ │ ├── model_emissions/ │ │ │ ├── state_0/ │ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── state_1/ │ │ │ └── emission_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── model_initial/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── model_transition/ │ │ ├── state_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── state_1/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ └── UnSupervisedIOHMM/ │ ├── model.json │ ├── model_emissions/ │ │ ├── state_0/ │ │ │ ├── emission_0/ │ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ │ └── stderr.npy │ │ │ └── emission_1/ │ │ │ ├── classes.npy │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── state_1/ │ │ ├── emission_0/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── emission_1/ │ │ ├── classes.npy │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ ├── model_initial/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ └── model_transition/ │ ├── state_0/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ └── state_1/ │ ├── coef.npy │ └── stderr.npy ├── __init__.py ├── linear_models/ │ ├── CrossentropyMNL/ │ │ ├── Binary/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── Multinomial/ │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ ├── DiscreteMNL/ │ │ ├── Binary/ │ │ │ ├── classes.npy │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── Multinomial/ │ │ ├── classes.npy │ │ ├── coef.npy │ │ └── stderr.npy │ ├── GLM/ │ │ ├── Binomial/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ ├── family.p │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── Gamma/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ ├── family.p │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── Gaussian/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ ├── family.p │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── InverseGaussian/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ ├── family.p │ │ │ ├── inv_gaussian.csv │ │ │ └── stderr.npy │ │ ├── NegativeBinomial/ │ │ │ ├── coef.npy │ │ │ ├── dispersion.npy │ │ │ ├── family.p │ │ │ └── stderr.npy │ │ └── Poisson/ │ │ ├── coef.npy │ │ ├── dispersion.npy │ │ ├── family.p │ │ └── stderr.npy │ └── OLS/ │ ├── MultivariateOLS/ │ │ ├── coef.npy │ │ ├── dispersion.npy │ │ └── stderr.npy │ └── UnivariateOLS/ │ ├── coef.npy │ ├── dispersion.npy │ └── stderr.npy ├── test_CrossentropyMNL.py ├── test_DiscreteMNL.py ├── test_GLM.py ├── test_HMM_utils.py ├── test_OLS.py ├── test_SemiSupervisedIOHMM.py ├── test_SupervisedIOHMM.py └── test_UnSupervisedIOHMM.py