gitextract_irimushr/

├── .gitmodules
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── Trained_models/
│   ├── DeepDock_pdbbindv2019_13K_loss.csv
│   └── DeepDock_pdbbindv2019_13K_minTestLoss.chk
├── Validation_CASF2016/
│   ├── CASF2016_DockingPower_DeepDock.ipynb
│   ├── CASF2016_ScoringPower_DeepDock.ipynb
│   ├── CASF2016_ScreeningPower_DeepDock.ipynb
│   ├── DockingPower_DeepDock_10A/
│   │   └── DockingPower_DeepDock_10A.out
│   ├── DockingPower_DeepDock_3A/
│   │   └── DockingPower_DeepDock_3A.out
│   ├── DockingPower_DeepDock_5A/
│   │   └── DockingPower_DeepDock_5A.out
│   ├── DockingPower_DeepDock_7A/
│   │   └── DockingPower_DeepDock_7A.out
│   ├── DockingPower_DeepDock_all/
│   │   └── DockingPower_DeepDock_all.out
│   ├── Score_CoreSet_docking_CASF2016.csv
│   ├── Score_decoys_docking_CASF2016.csv
│   ├── ScoringPower_Deepdock/
│   │   ├── RankingPower_Deepdock_10A.out
│   │   ├── RankingPower_Deepdock_3A.out
│   │   ├── RankingPower_Deepdock_5A.out
│   │   ├── RankingPower_Deepdock_7A.out
│   │   ├── RankingPower_Deepdock_all.out
│   │   ├── ScoringPower_Deepdock_10A.out
│   │   ├── ScoringPower_Deepdock_3A.out
│   │   ├── ScoringPower_Deepdock_5A.out
│   │   ├── ScoringPower_Deepdock_7A.out
│   │   └── ScoringPower_Deepdock_all.out
│   ├── ScreeningPower_DeepDock_10A/
│   │   ├── ForwardScreeningPower_DeepDock_10A.out
│   │   └── ReverseScreeningPower_DeepDock_10A.out
│   ├── ScreeningPower_DeepDock_3A/
│   │   ├── ForwardScreeningPower_DeepDock_3A.out
│   │   └── ReverseScreeningPower_DeepDock_3A.out
│   ├── ScreeningPower_DeepDock_5A/
│   │   ├── ForwardScreeningPower_DeepDock_5A.out
│   │   └── ReverseScreeningPower_DeepDock_5A.out
│   ├── ScreeningPower_DeepDock_7A/
│   │   ├── ForwardScreeningPower_DeepDock_7A.out
│   │   └── ReverseScreeningPower_DeepDock_7A.out
│   └── ScreeningPower_DeepDock_all/
│       ├── ForwardScreeningPower_DeepDock_all.out
│       └── ReverseScreeningPower_DeepDock_all.out
├── Validation_Docking/
│   ├── DockingResults_CASF2016_CoreSet.chk
│   ├── DockingResults_CASF2016_CoreSet.csv
│   ├── DockingResults_TestSet.chk
│   ├── DockingResults_TestSet.csv
│   ├── Docking_CASF2016_CoreSet.ipynb
│   └── Docking_TestSet.ipynb
├── data/
│   ├── 1z6e_ligand.mol2
│   ├── 1z6e_protein.pdb
│   ├── 1z6e_protein.ply
│   ├── 2br1_ligand.mol2
│   ├── 2br1_protein.pdb
│   ├── 2br1_protein.ply
│   ├── 2wtv_ligand.mol2
│   ├── 2wtv_protein.pdb
│   ├── 2wtv_protein.ply
│   ├── 2yge_ligand.mol2
│   ├── 2yge_protein.pdb
│   ├── 2yge_protein.ply
│   ├── 4f2w_ligand.mol2
│   ├── 4f2w_protein.pdb
│   ├── 4f2w_protein.ply
│   ├── 4ivd_ligand.mol2
│   ├── 4ivd_protein.pdb
│   ├── 4ivd_protein.ply
│   ├── 4twp_ligand.mol2
│   ├── 4twp_protein.pdb
│   ├── get_CASF_2016.sh
│   └── get_deepdock_data.sh
├── deepdock/
│   ├── DockingFunction.py
│   ├── __init__.py
│   ├── models.py
│   ├── prepare_target/
│   │   ├── __init_.py
│   │   ├── computeAPBS.py
│   │   ├── computeCharges.py
│   │   ├── computeHydrophobicity.py
│   │   ├── computeMSMS.py
│   │   ├── computeTargetMesh.py
│   │   ├── compute_normal.py
│   │   ├── fixmesh.py
│   │   └── save_ply.py
│   └── utils/
│       ├── __init__.py
│       ├── data.py
│       ├── distributions.py
│       └── mol2graph.py
├── examples/
│   ├── Docking_example.ipynb
│   ├── Score_example.ipynb
│   └── Train_DeepDock.ipynb
├── images/
│   └── Fig1.tiff
├── requirements.txt
└── setup.py