gitextract_zc9ere_s/

├── .gitignore
├── .gitmodules
├── .travis.yml
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── bamboo_build.sh
├── bamboo_wheel.sh
├── doc/
│   └── README
├── examples/
│   ├── build_env.sh
│   ├── build_env2.sh
│   ├── ecoli_asm_graph_exploration.ipynb
│   ├── fc_run_LG.cfg
│   ├── fc_run_arab.cfg
│   ├── fc_run_dmel.cfg
│   ├── fc_run_ecoli.cfg
│   ├── fc_run_ecoli_2.cfg
│   ├── logging.json
│   └── run_ecoli_test.sh
├── falcon.snake
├── falcon_kit/
│   ├── FastaReader.py
│   ├── __init__.py
│   ├── bash.py
│   ├── falcon_kit.py
│   ├── fc_asm_graph.py
│   ├── functional.py
│   ├── gfa_graph.py
│   ├── io.py
│   ├── mains/
│   │   ├── LAmerge.py
│   │   ├── LAsort.py
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── actg_coordinate.py
│   │   ├── build_pdb.py
│   │   ├── build_rdb.py
│   │   ├── calc_cutoff.py
│   │   ├── collect_contig_gfa.py
│   │   ├── collect_pread_gfa.py
│   │   ├── consensus.py
│   │   ├── consensus_gather_fasta_fofn.py
│   │   ├── consensus_scatter.py
│   │   ├── consensus_split.py
│   │   ├── consensus_task.py
│   │   ├── contig_annotate.py
│   │   ├── copy_fofn.py
│   │   ├── copy_mapped.py
│   │   ├── ctg_link_analysis.py
│   │   ├── daligner.py
│   │   ├── daligner_gather_las_list.py
│   │   ├── daligner_scatter.py
│   │   ├── daligner_split.py
│   │   ├── dazzler.py
│   │   ├── dedup_a_tigs.py
│   │   ├── fasta2fasta.py
│   │   ├── fetch_reads.py
│   │   ├── gen_gfa_v1.py
│   │   ├── gen_gfa_v2.py
│   │   ├── generate_read_to_ctg_map.py
│   │   ├── generic_gather.py
│   │   ├── generic_run_units_of_work.py
│   │   ├── generic_scatter_one_uow.py
│   │   ├── generic_unsplit.py
│   │   ├── get_read_ctg_map.py
│   │   ├── graph_to_contig.py
│   │   ├── graph_to_utgs.py
│   │   ├── hgap4_adapt.py
│   │   ├── las_merge.py
│   │   ├── las_merge_gather.py
│   │   ├── las_merge_scatter.py
│   │   ├── las_merge_split.py
│   │   ├── ovlp_filter.py
│   │   ├── ovlp_stats.py
│   │   ├── ovlp_to_graph.py
│   │   ├── pr_ctg_track.py
│   │   ├── report_pre_assembly.py
│   │   ├── rr_ctg_track.py
│   │   ├── run1.py
│   │   ├── symlink_mapped.py
│   │   ├── task_report_pre_assembly.py
│   │   └── tasks.py
│   ├── multiproc.py
│   ├── pype.py
│   ├── pype_tasks.py
│   ├── run_support.py
│   ├── snakemake.py
│   ├── stats_preassembly.py
│   ├── tiling_path.py
│   └── util/
│       ├── __init__.py
│       ├── io.py
│       └── system.py
├── makefile
├── setup.cfg
├── setup.py
├── src/
│   ├── c/
│   │   ├── DW_banded.c
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── Makefile.osx
│   │   ├── common.h
│   │   ├── ext_falcon.c
│   │   ├── falcon.c
│   │   └── kmer_lookup.c
│   ├── py_scripts/
│   │   ├── fc_actg_coordinate.py
│   │   ├── fc_consensus.py
│   │   ├── fc_contig_annotate.py
│   │   ├── fc_ctg_link_analysis.py
│   │   ├── fc_dedup_a_tigs.py
│   │   ├── fc_graph_to_contig.py
│   │   ├── fc_graph_to_utgs.py
│   │   ├── fc_ovlp_filter.py
│   │   ├── fc_ovlp_stats.py
│   │   ├── fc_ovlp_to_graph.py
│   │   └── fc_run.py
│   └── utils/
│       └── fetch_preads.py
├── test/
│   ├── HPCdaligner_synth0.sh
│   ├── HPCdaligner_synth0_new.sh
│   ├── HPCdaligner_synth0_preads.sh
│   ├── helpers.py
│   ├── se161.sh
│   ├── test_actg_coordinate.py
│   ├── test_calc_cutoff.py
│   ├── test_collect_contig_gfa.py
│   ├── test_collect_pread_gfa.py
│   ├── test_consensus.py
│   ├── test_contig_annotate.py
│   ├── test_ctg_link_analysis.py
│   ├── test_functional.py
│   ├── test_gen_gfa_v1.py
│   ├── test_gen_gfa_v2.py
│   ├── test_gfa_graph.py
│   ├── test_graph_to_contig.py
│   ├── test_graph_to_utgs.py
│   ├── test_ovlp_filter.py
│   ├── test_ovlp_stats.py
│   ├── test_ovlp_to_graph.py
│   ├── test_run.py
│   ├── test_run_LG.py
│   ├── test_run_support.py
│   ├── test_stats_preassembly.py
│   ├── test_tiling_path.py
│   ├── test_util_io.py
│   └── test_util_system.py
├── test_data/
│   ├── calc_cutoff/
│   │   └── partial_capture.txt
│   ├── gfa-1/
│   │   ├── a_ctg.fa
│   │   ├── a_ctg_tiling_path
│   │   ├── ctg_paths
│   │   ├── expected-1-sg-r-c.gfa
│   │   ├── expected-2-tiling-r-c.gfa
│   │   ├── expected-3-tiling-no_r-c.gfa
│   │   ├── expected-4-tiling-no_r-no_c.gfa
│   │   ├── expected-5-sg-no_r-no_c.gfa
│   │   ├── expected-6-tiling-no_r-no_c-minlen.gfa
│   │   ├── expected-7-nx-no_r-no_c.gfa
│   │   ├── expected-8-nx-tiling-no_r-no_c.gfa
│   │   ├── expected-9-nx-tiling-r-c.gfa
│   │   ├── p_ctg.fa
│   │   ├── p_ctg_tiling_path
│   │   ├── preads4falcon.fasta
│   │   ├── sg.gexf
│   │   ├── sg_edges_list
│   │   └── utg_data
│   ├── p_ctg_tiling_path_1
│   ├── p_ctg_tiling_path_2
│   ├── t1.fa
│   ├── t1.fofn
│   ├── t2.fa
│   └── t2.fofn
└── travis.sh