gitextract_jf5fqbmn/

├── .gitignore
├── Chapter01/
│   ├── Interfacing_R.py
│   ├── R_magic.py
│   ├── base_setup.sh
│   └── bioinformatics_base.txt
├── Chapter02/
│   ├── .gitignore
│   ├── Arrow.py
│   ├── Matplotlib.py
│   ├── NumPy.py
│   ├── Pandas_Basic.py
│   ├── Pandas_Join.py
│   └── Pandas_Memory.py
├── Chapter03/
│   ├── Accessing_Databases.py
│   ├── Basic_Sequence_Processing.py
│   ├── Filtering_SNPs.py
│   ├── LCT.bed
│   ├── Processing_BED_with_HTSeq.py
│   ├── Working_with_BAM.py
│   ├── Working_with_FASTQ.py
│   └── Working_with_VCF.py
├── Chapter04/
│   ├── 2L.py
│   ├── Exploration.py
│   ├── Mendel.py
│   ├── Preparation.py
│   ├── QIIME2_Metagenomics.py
│   └── samples.tsv
├── Chapter05/
│   ├── .gitignore
│   ├── Annotations.py
│   ├── Gene_Ontology.py
│   ├── Getting_Gene.py
│   ├── Low_Quality.py
│   ├── Orthology.py
│   └── Reference_Genome.py
├── Chapter06/
│   ├── .gitignore
│   ├── Admixture.py
│   ├── Data_Formats.py
│   ├── Exploratory_Analysis.py
│   ├── PCA.py
│   ├── Pop_Stats.py
│   └── Sgkit.py
├── Chapter07/
│   ├── .gitignore
│   ├── Alignment.py
│   ├── Comparison.py
│   ├── Exploration.py
│   ├── Reconstruction.py
│   ├── Selection.py
│   ├── Trees.py
│   └── Visualization.py
├── Chapter08/
│   ├── .gitignore
│   ├── Distance.py
│   ├── Intro.py
│   ├── Mass.py
│   ├── PDB.py
│   ├── Parser.py
│   ├── PyMol_Intro.py
│   ├── PyMol_Movie.py
│   ├── Stats.py
│   └── mmCIF.py
├── Chapter09/
│   ├── galaxy/
│   │   ├── .gitignore
│   │   ├── LCT.bed
│   │   ├── api.py
│   │   ├── encrypt.py
│   │   └── galaxy.yaml
│   ├── nextflow/
│   │   ├── .gitignore
│   │   └── pipeline.nf
│   └── snakemake/
│       ├── .gitignore
│       ├── Snakefile
│       └── plot_pca.py
├── Chapter10/
│   ├── Clustering.py
│   ├── Decision_Tree.py
│   ├── PCA.py
│   └── Random_Forest.py
├── Chapter11/
│   ├── .gitignore
│   ├── Dask_Distributed.py
│   ├── Dask_Intro.py
│   ├── MP_intro.py
│   └── Zarr_Intro.py
├── Chapter12/
│   ├── Builtin.py
│   ├── Lazy.py
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│   ├── Persistence1.py
│   ├── Persistence2.py
│   ├── Pure.py
│   ├── Recursion.py
│   ├── Tools.py
│   ├── my_genes.csv
│   └── my_genes.csv.base
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    │   └── Dockerfile
    └── main/
        └── Dockerfile