gitextract_t_svwp8g/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   ├── .gitignore
│   └── workflows/
│       └── R-CMD-check.yaml
├── .gitignore
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── R/
│   ├── AdjustAlphaScale.R
│   ├── CircosFruits.R
│   ├── CombatNormal.R
│   ├── CombatTumor.R
│   ├── CompareMerge.R
│   ├── Contrast_Venn.R
│   ├── DESeq2Analyze.R
│   ├── EdgeRAnalyze.R
│   ├── EnrichCirclize.R
│   ├── EnrichCircoBar.R
│   ├── EnrichPolarBubble.R
│   ├── EnrichmentSpiralize.R
│   ├── FacetDensityFoldchange.R
│   ├── FilterDiffGenes.R
│   ├── FourDegsVenn.R
│   ├── GatherGraphEdge.R
│   ├── GatherGraphNode.R
│   ├── GeneColor.R
│   ├── GeneHighlights.R
│   ├── GeneMapPathway.R
│   ├── GetGtexExp.R
│   ├── GetTcgaExp.R
│   ├── HighlightByNode.R
│   ├── HighlightGenes.R
│   ├── LimmaAnalyze.R
│   ├── LogTransform.R
│   ├── MergeDensityFoldchange.R
│   ├── MergeGtexTcga.R
│   ├── MergeIDPosition.R
│   ├── MergeMethodColor.R
│   ├── NewGgraph.R
│   ├── PathwayCount.R
│   ├── PathwayDescription.R
│   ├── PrepDeseq2.R
│   ├── PrepEdgeR.R
│   ├── PrepLimma.R
│   ├── PrepWilcoxon.R
│   ├── ProcessHeatdata.R
│   ├── SeekGtexOrgan.R
│   ├── WilcoxonAnalyze.R
│   ├── data.R
│   ├── utils-pipe.R
│   └── zzz.R
├── README.md
├── TransProR.Rproj
├── data/
│   ├── all_degs_venn.rda
│   └── gtree.rda
├── data-raw/
│   └── MAKEDATA.R
├── dev/
│   ├── build.R
│   └── dev.R
├── inst/
│   └── extdata/
│       ├── DEG_deseq2.rds
│       ├── DEG_deseq2_test.rds
│       ├── DEG_edgeR_test.rds
│       ├── DEG_limma_voom_test.rds
│       ├── Diff_deseq2.rds
│       ├── GTEX_phenotype_test
│       ├── SKCM_Skin_TCGA_exp_normal_test.rds
│       ├── SKCM_Skin_TCGA_exp_tumor_test.rds
│       ├── Skin_SKCM_Gtex_test.rds
│       ├── TCGA-SKCM.GDC_phenotype_test.tsv
│       ├── TCGA-SKCM.htseq_counts_test.tsv
│       ├── TCGA_gencode.v22.annotation.gene.probeMap_test
│       ├── Wilcoxon_rank_sum_testoutRst_test.rds
│       ├── all_count_exp_test.csv
│       ├── ascii_art.txt
│       ├── combined_df.rds
│       ├── gtex_gene_expected_count_test
│       ├── gtex_probeMap_gencode.v23.annotation.gene.probemap_test
│       ├── p_tree_test.rds
│       ├── removebatch_SKCM_Skin_Normal_TCGA_GTEX_count_test.rds
│       ├── removebatch_SKCM_Skin_TCGA_exp_tumor_test.rds
│       ├── selected_genes_deseq2.rds
│       └── tree_plot.rds
├── man/
│   ├── Combat_Normal.Rd
│   ├── Contrast_Venn.Rd
│   ├── DESeq2_analyze.Rd
│   ├── Wilcoxon_analyze.Rd
│   ├── add_boxplot.Rd
│   ├── add_new_tile_layer.Rd
│   ├── adjust_alpha_scale.Rd
│   ├── adjust_color_tone.Rd
│   ├── adjust_export_pathway.Rd
│   ├── all_degs_venn.Rd
│   ├── circos_fruits.Rd
│   ├── combat_tumor.Rd
│   ├── compare_merge.Rd
│   ├── create_base_plot.Rd
│   ├── deg_filter.Rd
│   ├── drawLegends.Rd
│   ├── edgeR_analyze.Rd
│   ├── enrich_circo_bar.Rd
│   ├── enrich_polar_bubble.Rd
│   ├── enrichment_circlize.Rd
│   ├── enrichment_spiral_plots.Rd
│   ├── extract_descriptions_counts.Rd
│   ├── extract_ntop_pathways.Rd
│   ├── extract_positive_pathways.Rd
│   ├── facet_density_foldchange.Rd
│   ├── filter_diff_genes.Rd
│   ├── four_degs_venn.Rd
│   ├── gather_graph_edge.Rd
│   ├── gather_graph_node.Rd
│   ├── gene_color.Rd
│   ├── gene_highlights.Rd
│   ├── gene_map_pathway.Rd
│   ├── get_gtex_exp.Rd
│   ├── get_tcga_exp.Rd
│   ├── gtree.Rd
│   ├── highlight_by_node.Rd
│   ├── highlight_genes.Rd
│   ├── limma_analyze.Rd
│   ├── log_transform.Rd
│   ├── merge_density_foldchange.Rd
│   ├── merge_gtex_tcga.Rd
│   ├── merge_id_position.Rd
│   ├── merge_method_color.Rd
│   ├── new_ggraph.Rd
│   ├── pathway_count.Rd
│   ├── pathway_description.Rd
│   ├── pipe.Rd
│   ├── prep_deseq2.Rd
│   ├── prep_edgeR.Rd
│   ├── prep_limma.Rd
│   ├── prep_wilcoxon.Rd
│   ├── process_heatdata.Rd
│   ├── seek_gtex_organ.Rd
│   ├── selectPathways.Rd
│   └── spiral_newrle.Rd
└── vignettes/
    └── TransProR.Rmd