gitextract_p42u6yxa/

├── LICENSE
├── README.md
├── __init__.py
├── build/
│   └── lib/
│       └── wgdi/
│           ├── __init__.py
│           ├── align_dotplot.py
│           ├── ancestral_karyotype.py
│           ├── ancestral_karyotype_repertoire.py
│           ├── base.py
│           ├── block_correspondence.py
│           ├── block_info.py
│           ├── block_ks.py
│           ├── circos.py
│           ├── collinearity.py
│           ├── dotplot.py
│           ├── example/
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── align.conf
│           │   ├── alignmenttrees.conf
│           │   ├── ancestral_karyotype.conf
│           │   ├── ancestral_karyotype_repertoire.conf
│           │   ├── blockinfo.conf
│           │   ├── blockks.conf
│           │   ├── circos.conf
│           │   ├── collinearity.conf
│           │   ├── conf.ini
│           │   ├── corr.conf
│           │   ├── dotplot.conf
│           │   ├── fusion_positions_database.conf
│           │   ├── fusions_detection.conf
│           │   ├── karyotype.conf
│           │   ├── karyotype_mapping.conf
│           │   ├── ks.conf
│           │   ├── ks_fit_result.csv
│           │   ├── ksfigure.conf
│           │   ├── kspeaks.conf
│           │   ├── peaksfit.conf
│           │   ├── pindex.conf
│           │   ├── polyploidy_classification.conf
│           │   ├── retain.conf
│           │   └── shared_fusion.conf
│           ├── fusion_positions_database.py
│           ├── fusions_detection.py
│           ├── karyotype.py
│           ├── karyotype_mapping.py
│           ├── ks.py
│           ├── ks_peaks.py
│           ├── ksfigure.py
│           ├── peaksfit.py
│           ├── pindex.py
│           ├── polyploidy_classification.py
│           ├── retain.py
│           ├── run.py
│           ├── run_colliearity.py
│           ├── shared_fusion.py
│           └── trees.py
├── command.txt
├── dist/
│   └── wgdi-0.75-py3-none-any.whl
├── setup.py
├── wgdi/
│   ├── __init__.py
│   ├── align_dotplot.py
│   ├── ancestral_karyotype.py
│   ├── ancestral_karyotype_repertoire.py
│   ├── base.py
│   ├── block_correspondence.py
│   ├── block_info.py
│   ├── block_ks.py
│   ├── circos.py
│   ├── collinearity.py
│   ├── dotplot.py
│   ├── example/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── align.conf
│   │   ├── alignmenttrees.conf
│   │   ├── ancestral_karyotype.conf
│   │   ├── ancestral_karyotype_repertoire.conf
│   │   ├── blockinfo.conf
│   │   ├── blockks.conf
│   │   ├── circos.conf
│   │   ├── collinearity.conf
│   │   ├── conf.ini
│   │   ├── corr.conf
│   │   ├── dotplot.conf
│   │   ├── fusion_positions_database.conf
│   │   ├── fusions_detection.conf
│   │   ├── karyotype.conf
│   │   ├── karyotype_mapping.conf
│   │   ├── ks.conf
│   │   ├── ks_fit_result.csv
│   │   ├── ksfigure.conf
│   │   ├── kspeaks.conf
│   │   ├── peaksfit.conf
│   │   ├── pindex.conf
│   │   ├── polyploidy_classification.conf
│   │   ├── retain.conf
│   │   └── shared_fusion.conf
│   ├── fusion_positions_database.py
│   ├── fusions_detection.py
│   ├── karyotype.py
│   ├── karyotype_mapping.py
│   ├── ks.py
│   ├── ks_peaks.py
│   ├── ksfigure.py
│   ├── peaksfit.py
│   ├── pindex.py
│   ├── polyploidy_classification.py
│   ├── retain.py
│   ├── run.py
│   ├── run_colliearity.py
│   ├── shared_fusion.py
│   └── trees.py
└── wgdi.egg-info/
    ├── PKG-INFO
    ├── SOURCES.txt
    ├── dependency_links.txt
    ├── entry_points.txt
    ├── requires.txt
    ├── top_level.txt
    └── zip-safe