gitextract_2xvj2bh0/

├── .gitpod.yml
├── CITATION.cff
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── Docker/
│   ├── Dockerfile
│   ├── README.md
│   ├── configInstructions.txt
│   └── getFiles.sh
├── LICENSE
├── README.md
├── Singularity/
│   └── README.md
├── conda/
│   ├── build.sh
│   ├── developmentNotes.md
│   └── meta.yaml
├── earlGrey
├── earlGreyAnnotationOnly
├── earlGreyLibConstruct
├── legacyDocs.md
├── modules/
│   └── trf409.linux64
└── scripts/
    ├── LTR_FINDER_parallel
    ├── TEstrainer/
    │   ├── README.md
    │   ├── TEstrainer
    │   ├── TEstrainer.Rproj
    │   ├── TEstrainer_for_earlGrey.sh
    │   ├── data/
    │   │   ├── acceptable_domains.tsv
    │   │   ├── additional_domains.tsv
    │   │   ├── exceptional_domains.tsv
    │   │   ├── old_acceptable_domains.tsv
    │   │   └── unacceptable_domains.tsv
    │   └── scripts/
    │       ├── Dfam_extractor.py
    │       ├── TEtrim.py
    │       ├── domain_plotter.R
    │       ├── final_sorter.R
    │       ├── indexer.py
    │       ├── initial_domain_finder.R
    │       ├── initial_mafft_setup.py
    │       ├── mreps_parser.sh
    │       ├── simple_repeat_filter_trim.R
    │       ├── splitter.py
    │       ├── strainer.R
    │       └── trf_parser.py
    ├── autoLand.R
    ├── autoPie.R
    ├── autoPie.sh
    ├── backSwap.py
    ├── backSwapGFF.py
    ├── bin/
    │   ├── LTR_FINDER.x86_64-1.0.7/
    │   │   ├── ltr_finder
    │   │   └── tRNA.list.txt
    │   └── cut.pl
    ├── divergenceCalc/
    │   ├── divergence_calc.py
    │   └── divergence_plot.R
    ├── extract_align.py
    ├── faswap.py
    ├── filteringOverlappingRepeats.R
    ├── headSwap.sh
    ├── install_r_packages.R
    ├── makeGff.R
    ├── mergeRepeats.R
    ├── rcMergeRepeats
    ├── rcMergeRepeatsLoose
    ├── repeatCraft/
    │   ├── Dockerfile
    │   ├── LICENSE
    │   ├── README.md
    │   ├── example/
    │   │   ├── example.rclabel.gff
    │   │   ├── example.rmerge.gff
    │   │   ├── example.summary.txt
    │   │   ├── example_input.gff
    │   │   ├── example_input.out
    │   │   ├── example_ltrfinder.gff
    │   │   ├── mapfile.tsv
    │   │   ├── repeatcraft.cfg
    │   │   └── repeatcraft_strict.cfg
    │   ├── helper/
    │   │   ├── combineGFFoverlapm.py
    │   │   ├── extraFuseTEm.py
    │   │   ├── extraTrueMergeTEm.py
    │   │   ├── filtershortm.py
    │   │   ├── fuseltr.py
    │   │   ├── fusetem.py
    │   │   ├── rcStatm.py
    │   │   ├── reformatm.py
    │   │   ├── repeatcraftHelper.py
    │   │   ├── truemergeltrm.py
    │   │   ├── truemergeltrmErrorManagement.py
    │   │   └── truemergetem.py
    │   ├── repeatcraft.py
    │   ├── repeatcraftErrorManagement.py
    │   └── test/
    │       ├── ci.sh
    │       └── requirements.txt
    ├── repeatcraft.py
    └── repeatcraftErrorManagement.py