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CHANGES │ │ ├── FAQ │ │ └── ReleaseNotes │ ├── scripts/ │ │ └── run_mcip.csh │ └── src/ │ ├── Makefile │ ├── alloc_ctm.f90 │ ├── alloc_met.f90 │ ├── alloc_x.f90 │ ├── bcldprc_ak.f90 │ ├── blddesc.f90 │ ├── chkwpshdr.f90 │ ├── chkwrfhdr.f90 │ ├── close_files.f90 │ ├── comheader.f90 │ ├── comheader_lufrac.f90 │ ├── comheader_mos.f90 │ ├── comheader_soi.f90 │ ├── const_mod.f90 │ ├── const_pbl_mod.f90 │ ├── coord_mod.f90 │ ├── ctmout.f90 │ ├── ctmproc.f90 │ ├── ctmvars_mod.f90 │ ├── date_pack_mod.f90 │ ├── date_time_mod.f90 │ ├── dealloc_ctm.f90 │ ├── dealloc_met.f90 │ ├── dealloc_x.f90 │ ├── detangle_soil_px.f90 │ ├── dynflds.f90 │ ├── e_aerk.f90 │ ├── files_mod.f90 │ ├── getluse.f90 │ ├── getmet.f90 │ ├── getpblht.f90 │ ├── getpsih.f90 │ ├── getsdt.f90 │ ├── graceful_stop.f90 │ ├── gridout.f90 │ ├── gridproc.f90 │ ├── init_ctm.f90 │ ├── init_io.f90 │ ├── init_met.f90 │ ├── init_x.f90 │ ├── julian.f90 │ ├── layht.f90 │ ├── ll2xy_lam.f90 │ ├── ll2xy_lam_sec.f90 │ ├── ll2xy_lam_tan.f90 │ 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requirements.txt │ ├── install/ │ │ ├── README.md │ │ ├── environment.yml │ │ ├── requirements.txt │ │ └── show_versions.py │ └── shp2cmaq/ │ ├── README.md │ ├── requirements.txt │ ├── shapefile2cmaq.ipynb │ └── shp2cmaq.py ├── README.md ├── UTIL/ │ ├── README.md │ ├── bldmake/ │ │ ├── README.md │ │ ├── scripts/ │ │ │ └── bldit_bldmake.csh │ │ └── src/ │ │ ├── Makefile │ │ ├── bldmake.f │ │ ├── cfg_module.f │ │ ├── parser.f │ │ └── utils.f │ ├── chemmech/ │ │ ├── README.md │ │ ├── docs/ │ │ │ └── readme.txt │ │ ├── scripts/ │ │ │ ├── bldit_chemmech.csh │ │ │ └── run_chemmech.csh │ │ └── src/ │ │ ├── BASIC_WRITE_ROUTINES.f │ │ ├── GET_MECHDEF_DATA.f │ │ ├── MECHANISM_DATA.f │ │ ├── MECHANISM_DOCS.f │ │ ├── MECHANISM_PARMS.f │ │ ├── Makefile │ │ ├── SPECIES_ATOMS_DATA.f │ │ ├── TEXT_UTILITIES.f │ │ ├── cctm_species.f │ │ ├── chemmech.f │ │ ├── index1.f │ │ ├── junit.f │ │ ├── map_chemistry_spc.F90 │ │ ├── module_envvar.f │ │ ├── module_functions_evaluator.f │ │ ├── wrexts.f │ │ ├── wrexts_fortran90.f │ │ ├── wrextsb.f │ │ ├── wrspecial_ext.f │ │ ├── wrspecial_ext_fortran90.f │ │ ├── wrss_ext.f │ │ ├── wrss_ext_fortran90.f │ │ ├── wrt_kpp_inputs.f │ │ ├── wrt_rates.f │ │ ├── wrt_reactions_module.f │ │ └── wrt_reactions_module_CRI_fix.f │ ├── create_ebi/ │ │ ├── README.md │ │ ├── docs/ │ │ │ └── README.txt │ │ ├── scripts/ │ │ │ └── bldrun_create_ebi.csh │ │ ├── src/ │ │ │ ├── ATDSC3.EXT │ │ │ ├── CONST3.EXT │ │ │ ├── FDESC3.EXT │ │ │ ├── IODECL3.EXT │ │ │ ├── Makefile │ │ │ ├── NETCDF.EXT │ │ │ ├── NOTICE.EXT │ │ │ ├── PARMS3.EXT │ │ │ ├── STATE3.EXT │ │ │ ├── driver.F │ │ │ ├── err_check.F │ │ │ ├── fake_ioapi.f │ │ │ ├── junit.F │ │ │ ├── module_env_functions.F │ │ │ ├── module_envvar.F │ │ │ ├── module_envvar_new.F │ │ │ ├── module_envvar_test.F │ │ │ ├── module_glbldata.F │ │ │ ├── set_glbldata.F │ │ │ ├── util_subs.F │ │ │ ├── wr_calcks.F │ │ │ ├── wr_copyrt.F │ │ │ ├── wr_cvshdr.F │ │ │ ├── wr_data.F │ │ │ ├── wr_driver.F │ │ │ ├── wr_driver.F.original │ │ │ 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ACROLEIN_SAPRC99 │ │ │ ├── ACRO_09 │ │ │ ├── ACRO_10 │ │ │ ├── AFG1 │ │ │ ├── ALD2_R_IUPAC10 │ │ │ ├── ALD2_R_IUPAC13 │ │ │ ├── ALDX_R_IUPAC10 │ │ │ ├── ALDX_R_IUPAC13 │ │ │ ├── ALD_CBIV88 │ │ │ ├── ALD_JPL19 │ │ │ ├── ALD_RACM2 │ │ │ ├── ALD_RADM88 │ │ │ ├── BACL-07 │ │ │ ├── BACL_07 │ │ │ ├── BACL_ADJ_SAPRC99 │ │ │ ├── BALD-06 │ │ │ ├── BALD_06 │ │ │ ├── BALD_RACM2 │ │ │ ├── BIACET_MCMv32 │ │ │ ├── BR2 │ │ │ ├── BR2_IUPAC10 │ │ │ ├── BR2_IUPAC2014 │ │ │ ├── BRCL │ │ │ ├── BRCL_IUPAC10 │ │ │ ├── BRCL_IUPAC2014 │ │ │ ├── BRNO2 │ │ │ ├── BRNO2_IUPAC10 │ │ │ ├── BRNO2_IUPAC2014 │ │ │ ├── BRO │ │ │ ├── BRONO2_M │ │ │ ├── BRONO2_M_IUPAC10 │ │ │ ├── BRONO2_M_IUPAC2014 │ │ │ ├── BRONO2_R │ │ │ ├── BRONO2_R_IUPAC10 │ │ │ ├── BRONO2_R_IUPAC2014 │ │ │ ├── BRO_IUPAC10 │ │ │ ├── BRO_IUPAC14 │ │ │ ├── BRO_IUPAC2014 │ │ │ ├── BZCHO_SAPRC99 │ │ │ ├── C2CHO │ │ │ ├── C2CHO_R_MCMv32 │ │ │ ├── C2CHO_SAPRC99 │ │ │ ├── CCHO_R │ │ │ ├── CCHO_R1_MCMv32 │ │ │ ├── CCHO_R2_MCMv32 │ │ │ ├── CCHO_R_SAPRC99 │ │ 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├── HNO4_RACM2 │ │ │ ├── HNO4_RADM88 │ │ │ ├── HO2NO2_IUPAC04 │ │ │ ├── HO2NO2_SAPRC99 │ │ │ ├── HOBR │ │ │ ├── HOBR_IUPAC10 │ │ │ ├── HOBR_IUPAC2014 │ │ │ ├── HOCCHO │ │ │ ├── HOCCHO_IUPAC │ │ │ ├── HOCCHO_JPL2011 │ │ │ ├── HOCCHO_RACM2 │ │ │ ├── HOCL-06 │ │ │ ├── HOCL_06 │ │ │ ├── HOCL_IUPAC04 │ │ │ ├── HOI_IUPAC10 │ │ │ ├── HONO-06 │ │ │ ├── HONO_06 │ │ │ ├── HONO_IUPAC04 │ │ │ ├── HONO_IUPAC10 │ │ │ ├── HONO_NASA94 │ │ │ ├── HONO_NO2_SAPRC99 │ │ │ ├── HONO_NO_SAPRC99 │ │ │ ├── HONO_RACM2 │ │ │ ├── HONO_RADM88 │ │ │ ├── HOP_RADM88 │ │ │ ├── HPALD │ │ │ ├── HPALD_MCMv32 │ │ │ ├── HPALD_RACM2 │ │ │ ├── HYDRO_ACET_CRI │ │ │ ├── HYDRPMETH_BUT_10 │ │ │ ├── I2_IUPAC10 │ │ │ ├── IBR_IUPAC10 │ │ │ ├── IC3ONO2 │ │ │ ├── IC3ONO2_SAPRC99 │ │ │ ├── ICL_IUPAC10 │ │ │ ├── IMONIT_RACM2 │ │ │ ├── INO2_06 │ │ │ ├── INO_06 │ │ │ ├── IONO2_06 │ │ │ ├── IO_IUPAC10 │ │ │ ├── IPROCHO_MCMv32 │ │ │ ├── IPRONO3_MCMv32 │ │ │ ├── ISOPNB_RACM2 │ │ │ ├── ISOPND_RACM2 │ │ │ ├── ISPD │ │ │ ├── KETONE_RADM88 │ │ │ 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NITROXY_ACET_2014 │ │ │ ├── NITROXY_ACET_93 │ │ │ ├── NITROXY_BUTA_2014 │ │ │ ├── NO2-06 │ │ │ ├── NO2EX │ │ │ ├── NO2_06 │ │ │ ├── NO2_CBIV88 │ │ │ ├── NO2_IUPAC10 │ │ │ ├── NO2_NASA94 │ │ │ ├── NO2_RACM2 │ │ │ ├── NO2_RADM88 │ │ │ ├── NO2_SAPRC99 │ │ │ ├── NO3NO-06 │ │ │ ├── NO3NO2-6 │ │ │ ├── NO3NO2_06 │ │ │ ├── NO3NO2_6 │ │ │ ├── NO3NO2_NASA94 │ │ │ ├── NO3NO2_RACM2 │ │ │ ├── NO3NO2_RADM88 │ │ │ ├── NO3NO2_SAPRC99 │ │ │ ├── NO3NO_06 │ │ │ ├── NO3NO_NASA94 │ │ │ ├── NO3NO_RACM2 │ │ │ ├── NO3NO_RADM88 │ │ │ ├── NO3NO_SAPRC99 │ │ │ ├── NOA │ │ │ ├── NOA_0_MCMv32 │ │ │ ├── NOA_B_MCMv32 │ │ │ ├── NOA_MCMv32 │ │ │ ├── NOA_T_MCMv32 │ │ │ ├── NPRONO3_MCMv32 │ │ │ ├── NTR_IUPAC04 │ │ │ ├── NTR_IUPAC10 │ │ │ ├── O2_JPL06-2 │ │ │ ├── O2_NASA94 │ │ │ ├── O2_RADM88 │ │ │ ├── O3O1D-06 │ │ │ ├── O3O1D_06 │ │ │ ├── O3O1D_CBIV88 │ │ │ ├── O3O1D_JPL06-2 │ │ │ ├── O3O1D_NASA06 │ │ │ ├── O3O1D_NASA94 │ │ │ ├── O3O1D_RADM88 │ │ │ ├── O3O1D_SAPRC99 │ │ │ ├── O3O3P-06 │ │ │ ├── O3O3P_06 │ │ │ ├── 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Lui_2013_refractive_indices.txt │ │ │ │ ├── Lui_2015_refractive_indices.txt │ │ │ │ ├── Lui_2015_refractive_indices_mxylene_SOA_high_NOX.txt │ │ │ │ ├── Lui_2015_refractive_indices_mxylene_SOA_low_NOX.txt │ │ │ │ ├── Lui_2015_refractive_indices_toluene_SOA_high_NOX.txt │ │ │ │ ├── Lui_2015_refractive_indices_toluene_SOA_low_NOX.txt │ │ │ │ ├── nakayama_2018_isoprene_NOX_SOA_refractive_indices.txt │ │ │ │ └── nakayama_2018_isoprene_SOX_SOA_refractive_indices.txt │ │ │ ├── OPAC_water_clouds/ │ │ │ │ ├── inso00 │ │ │ │ ├── soot00 │ │ │ │ ├── soot00-two_way-Oct_21_2012 │ │ │ │ ├── ssam00 │ │ │ │ ├── sscm00 │ │ │ │ ├── waso00 │ │ │ │ ├── wc.asy │ │ │ │ ├── wc.ext │ │ │ │ └── wc.ssa │ │ │ └── adient_aerosol_refrac_indx/ │ │ │ ├── refract_ammoniumsulphate_lf.txt │ │ │ ├── refract_bc_high.txt │ │ │ ├── refract_bc_med.txt │ │ │ ├── refract_biomass_new.txt │ │ │ ├── refract_dust_kwcp_fou.txt │ │ │ ├── refract_nitrate.txt │ │ │ ├── refract_organicc_new.txt │ │ │ ├── refract_soa_dinar.txt │ │ │ ├── refract_soa_hadgem2.txt │ │ │ ├── refract_ssam_opac.txt │ │ │ └── refract_sulphuric.txt │ │ ├── scripts/ │ │ │ └── bldrun.inline_phot_preproc.csh │ │ └── src/ │ │ ├── ALBEDO_REFER_DATA.F │ │ ├── BIN_DATA.f │ │ ├── CHECK_CSQY_DATA.F │ │ ├── CSQY_DATA-p05cm-UCI.f │ │ ├── CSQY_DATA-solflx-lowtran.f │ │ ├── CSQY_PARAMETERS.F │ │ ├── CSQY_REFER_DATA.F │ │ ├── INLINE_CSQY.F │ │ ├── Make_processor │ │ ├── Makefile │ │ ├── aero_refract_index.F │ │ ├── convert_case.f │ │ ├── create_module.F │ │ ├── driver.f │ │ ├── effective_ave.F │ │ ├── init_lu.f90 │ │ ├── inline_phot_preproc.makefile │ │ ├── intavg.f │ │ ├── intavg_b.f │ │ ├── intavg_c.f │ │ ├── intavg_d.f │ │ ├── module_envvar.F │ │ ├── old-dumb.makefile │ │ ├── old.Makefile │ │ ├── optics_ice_cloud.f │ │ ├── optics_water_cloud.f │ │ ├── process_csqys.F │ │ ├── read_jproc_csqy.F │ │ ├── spectral_reflect.f │ │ ├── vegeland_s.f │ │ ├── vegeland_striecher-wth.f │ │ ├── vegeland_striecher.f │ │ ├── wrbf12d.f │ │ ├── wrbf12d_w_headerb.f │ │ ├── wrt_csqy_data.F │ │ ├── wrt_csqy_data_only.F │ │ ├── wrt_optics_data.F │ │ ├── wvbin_average-b.f │ │ ├── wvbin_average.f │ │ ├── xc_qy_td_effect-old.F │ │ ├── xc_qy_td_effect.F │ │ ├── xc_qy_td_effect_v2.F │ │ └── xc_qy_td_effect_v3.F │ ├── jproc/ │ │ ├── README.md │ │ ├── scripts/ │ │ │ ├── bldit_jproc.csh │ │ │ └── run_jproc.csh │ │ └── src/ │ │ └── common/ │ │ ├── JVALPARMS.EXT │ │ ├── calczen.F │ │ ├── chj.f │ │ ├── index2.f │ │ ├── intavg.f │ │ ├── interp.f │ │ ├── jproc.F │ │ ├── junit.f │ │ ├── module_envvar.F │ │ ├── o3scal.f │ │ ├── optics.f │ │ ├── pntavg.f │ │ ├── readcsqy.F │ │ ├── readet.f │ │ ├── reado2.f │ │ ├── reado3.f │ │ ├── readprof.f │ │ ├── readtoms.f │ │ ├── setaer.f │ │ ├── setair.f │ │ ├── setalb.f │ │ ├── setcld.f │ │ ├── srband.f │ │ ├── subgrid.F │ │ ├── tridiag.f │ │ └── twostr.f │ └── nml/ │ ├── README.md │ └── scripts/ │ ├── csv2nml.csh │ └── nml2csv.csh ├── config_cmaq.csh └── license.md