gitextract_di5h6smx/

├── .dockerignore
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   └── submit_squid.yml
│   └── workflows/
│       ├── build-nuitka.yml
│       └── process_submission.yml
├── CONTRIBUTING.md
├── Dockerfile
├── Docs/
│   ├── Cognitive Sandbox Manifesto - Artificial Life and Transparent Neural Systems.md
│   ├── README.md
│   ├── brain-tool/
│   │   ├── Brain-Designer.md
│   │   ├── Brain-Trainer-Headless.md
│   │   ├── Decisions-Tab.md
│   │   ├── Learning-Tab.md
│   │   ├── Memory-Tab.md
│   │   ├── Network-Tab.md
│   │   ├── Neuron-Laboratory.md
│   │   └── Personality-Tab.md
│   ├── engine/
│   │   ├── Data-Flow-Summary.md
│   │   ├── Decision-Engine.md
│   │   ├── Engine-Overview.md
│   │   ├── Multiplayer.md
│   │   ├── Plugin-Hooks.md
│   │   ├── Plugin-System.md
│   │   ├── Save-File-Format.md
│   │   └── config.ini.md
│   ├── extras/
│   │   ├── Achievements.md
│   │   ├── Decoration-Window.md
│   │   ├── Easter-Eggs.md
│   │   ├── SaveViewer.md
│   │   └── UUID.md
│   ├── getting-started/
│   │   ├── Care-Guide.md
│   │   ├── Changelog.md
│   │   ├── Example-Squids.md
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│   ├── neural-network/
│   │   ├── AI-Accelerator-Support.md
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│   │   ├── Hebbian-Learning.md
│   │   ├── Neurogenesis.md
│   │   ├── Personality.md
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│   │   ├── Technical-Overview.md
│   │   └── Vision-System.md
│   └── source-reference/
│       ├── brain_neuron_hooks.py.md
│       ├── brain_neuron_outputs.py.md
│       ├── brain_render_worker.py.md
│       ├── brain_tool.py.md
│       ├── brain_widget.py.md
│       ├── brain_worker.py.md
│       ├── custom_brain_loader.py.md
│       ├── designer_window.py.md
│       ├── main.py.md
│       ├── memory_manager.py.md
│       ├── neurogenesis_show.py.md
│       ├── squid.py.md
│       ├── tamagotchi_logic.py.md
│       └── vision_worker.py.md
├── LICENSE
├── README.md
├── config.ini
├── custom_brains/
│   ├── Bathtub.json
│   ├── Change_colour_when_see_food.json
│   ├── Dense_connections.json
│   ├── Feed-Forward-Hidden-Layer.json
│   ├── Feeling-Blue.json
│   ├── Grasshopper.json
│   ├── Healthy_Interests.json
│   ├── L'insomniaque.json
│   ├── Minimal.json
│   ├── Plant-Seeker.json
│   └── readme.md
├── docker-compose.yml
├── example_squids/
│   └── readme.md
├── extras/
│   ├── SaveViewer.html
│   ├── SquidBreeder.html
│   ├── StepTrainer.html
│   └── brain_2_keras.py
├── headless/
│   ├── HeadlessLauncher.jsx
│   ├── README.md
│   ├── headless_launcher.html
│   └── headless_trainer.py
├── images/
│   └── decoration/
│       └── DecorationsFolder
├── linux_setup.sh
├── main.py
├── plugins/
│   ├── achievements/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── achievements_data.py
│   │   ├── display_scaling.py
│   │   └── main.py
│   ├── multiplayer/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── main.py
│   │   ├── mp_constants.py
│   │   ├── mp_network_node.py
│   │   ├── mp_plugin_logic.py
│   │   ├── multiplayer_config_dialog.py
│   │   ├── multiplayer_events.py
│   │   ├── multiplayer_status_widget.py
│   │   ├── network_utilities.py
│   │   ├── packet_validator.py
│   │   ├── plugin.txt
│   │   ├── remote_entity_manager.py
│   │   ├── squid_multiplayer_autopilot.py
│   │   └── status_bar_component.py
│   ├── readme.md
│   ├── stdp/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── main.py
│   │   ├── stdp_control_panel.py
│   │   └── stdp_core.py
│   └── whitelist.txt
├── requirements.txt
├── src/
│   ├── __init__.py
│   ├── animation_styles.py
│   ├── brain_about_tab.py
│   ├── brain_base_tab.py
│   ├── brain_constants.py
│   ├── brain_decisions_tab.py
│   ├── brain_designer.py
│   ├── brain_designer_launcher.py
│   ├── brain_dialogs.py
│   ├── brain_learning_tab.py
│   ├── brain_memory_tab.py
│   ├── brain_network_tab.py
│   ├── brain_network_tab_banners.py
│   ├── brain_neuron_hooks.py
│   ├── brain_neuron_outputs.py
│   ├── brain_personality_tab.py
│   ├── brain_render_worker.py
│   ├── brain_state_bridge.py
│   ├── brain_statistics_tab.py
│   ├── brain_tool.py
│   ├── brain_tooltips.py
│   ├── brain_ui_utils.py
│   ├── brain_utils.py
│   ├── brain_widget.py
│   ├── brain_worker.py
│   ├── certificate.py
│   ├── compute_backend.py
│   ├── config_manager.py
│   ├── custom_brain_loader.py
│   ├── decision_engine.py
│   ├── decoration_stats.json
│   ├── designer_canvas.py
│   ├── designer_canvas_utils.py
│   ├── designer_constants.py
│   ├── designer_core.py
│   ├── designer_dialogs.py
│   ├── designer_logging.py
│   ├── designer_network_generator.py
│   ├── designer_outputs_panel.py
│   ├── designer_panels.py
│   ├── designer_sensor_discovery.py
│   ├── designer_templates.py
│   ├── designer_window.py
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│   ├── neurogenesis_show.py
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