gitextract_eebvnxd3/ ├── All Cause Mortality/ │ ├── All Cause Deaths France.R │ ├── All Cause Deaths Italy.R │ ├── AllCauseDeaths.R │ ├── AllCauseDeaths2021.R │ ├── AllCauseDeathsxAge.R │ ├── COVIDAgeMortPred.R │ ├── COVIDCareHomeDeaths.R │ ├── COVIDDeathsMSOA.R │ ├── COVIDDeathsxAgeEW.R │ ├── COVIDDeathsxRegion.R │ ├── COVIDExcessxLAxCause.R │ ├── COVIDTotalDeathsPyramid.R │ ├── EWUSACOVIDDeathsxAgeComparison.R │ ├── LA All Cause Deaths.R │ ├── MSOA Deaths.R │ ├── NRS Excess Deaths by Cause.R │ ├── ONSDeathsxVaxStatus.R │ ├── ScottishAllCauseDeathsDetail.R │ └── readme.md ├── Exposure mapping/ │ ├── COVIDExposures.R │ ├── SheffieldCOVIDRiskxLSOA.R │ └── readme.md ├── Heatmaps/ │ ├── COVIDAdmissionsLTLAPhasePlot.R │ ├── COVIDAdmissionsWithFor.R │ ├── COVIDAdmissionsxAge.R │ ├── COVIDAdmissionsxAgeDashboard.R │ ├── COVIDAgeTrends.R │ ├── COVIDBivariateCasesxIMD.R │ ├── COVIDBivariateCasesxVax.R │ ├── COVIDBoosters.R │ ├── COVIDBoosters2.R │ ├── COVIDCFRs.R │ ├── COVIDCanadaHeatmap.R │ ├── COVIDCaseCartograms.R │ ├── COVIDCasesDeathsxIMD.R │ ├── COVIDCasesLTLAPhasePlot.R │ ├── COVIDCasesOctHalfTerm.R │ ├── COVIDCasesPhasePlotHighights.R │ ├── COVIDCasesSGTFNew.R │ ├── COVIDCasesSince100k.R │ ├── COVIDCasesVaxxIMD.R │ ├── COVIDCasesvsCFR.R │ ├── COVIDCasesxAgeContours.R │ ├── COVIDCasesxSex.R │ ├── COVIDCasesxVaxTadpoles.R │ ├── COVIDCasesxVaxxAge.R │ ├── COVIDCycle.R │ ├── COVIDCycle_US.R │ ├── COVIDDeathsWithFrom.R │ ├── COVIDHFRs.R │ ├── COVIDHKVaxxAge.R │ ├── COVIDLACaseData.R │ ├── COVIDLineages.R │ ├── COVIDMSOACaseRatexIMD.R │ ├── COVIDMetricsNormalised.R │ ├── COVIDNHSAbsences.R │ ├── COVIDNHSAdmissions.R │ ├── COVIDNHSBolton.R │ ├── COVIDNHSTrustLakePlots.R │ ├── COVIDONSDeathIneq.R │ ├── COVIDONSInfectionSurvey.R │ ├── COVIDONSInfectionSurveyVariants.R │ ├── COVIDPHECasesxAgev2.R │ ├── COVIDPHEPositivity.R │ ├── COVIDPHESurveillance.R │ ├── COVIDPHESurveillance2.R │ ├── COVIDPHEVaxSurveillance.R │ ├── COVIDPHEVaxxAgexSex.R │ ├── COVIDPillars.R │ ├── COVIDReinfections.R │ ├── COVIDSGTF.R │ ├── COVIDSpiral.R │ ├── COVIDSpiralEurope.R │ ├── COVIDTestingData.R │ ├── COVIDTotalDeathsPyramid.R │ ├── COVIDUKUSADeathsxAge.R │ ├── COVIDUnvaxRisk.R │ ├── COVIDVaccinationAnimations.R │ ├── COVIDVaccinationInequalityGB.R │ ├── COVIDVaccinationMSOACartogram.R │ ├── COVIDVaccinationPopAndIMD.R │ ├── COVIDVaccinationStaffCartogram.R │ ├── COVIDVaccinations.R │ ├── COVIDVaxHeatmap.R │ ├── COVIDVaxPyramidxRegion.R │ ├── COVIDVaxUptakexAge.R │ ├── COVIDVaxUptakexReg.R │ ├── COVIDVaxxAgeUKUSA.R │ ├── COVIDVaxxEthnicityEngScot.R │ ├── COVIDWaveComparisons.R │ ├── English LA Heatmaps.R │ ├── German State Heatmaps.R │ ├── Irish County Heatmaps.R │ ├── Misc Case Analysis.R │ ├── ONSInfectionSurvey.R │ ├── ScotlandCOVIDCasesxAge.R │ ├── ScotlandCOVIDHouseParties.R │ ├── Scottish HB Heatmaps.R │ ├── UK Hex Animations.R │ ├── UKIRELA.geojson │ ├── UKLA.geojson │ ├── Welsh LA Heatmaps.R │ ├── WelshLAHeatmap.R │ ├── YorkshireVaxCartogram.R │ ├── la_trust_lk.csv │ └── readme.md ├── Initial Inequality Estimates/ │ ├── Estimated Cases by IMD.R │ └── readme.md ├── Observed Inequality/ │ ├── COVID-19 vs. Brexit.R │ ├── COVIDIneqDataSetup.R │ ├── COVIDScotlandDeathsIneq.R │ ├── ONS Deaths Ineq 2.R │ ├── ONS Deaths Ineq.R │ └── readme.md └── README.md