gitextract_66qccjqf/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   └── issue_template.md
├── .gitignore
├── .svnignore
├── .travis.yml
├── CONDUCT.md
├── DESCRIPTION
├── GEODATA
├── Makefile
├── NAMESPACE
├── NEWS
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── AllGenerics.R
│   ├── ChIPseeker-package.R
│   ├── GEO.R
│   ├── addGeneAnno.R
│   ├── annotatePeak.R
│   ├── covplot.R
│   ├── csAnno.R
│   ├── dplyr-verb.R
│   ├── enrichOverlap.R
│   ├── getFlankingGene.R
│   ├── getGenomicAnnotation.R
│   ├── getNearestFeatureIndicesAndDistances.R
│   ├── plotAnno.R
│   ├── plotDistToTSS.R
│   ├── plotTagMatrix.R
│   ├── readPeakFile.R
│   ├── seq2gene.R
│   ├── subset.R
│   ├── tagMatrix.R
│   ├── upsetplot.R
│   ├── utilities.R
│   ├── vennpie.R
│   ├── vennplot.R
│   └── zzz.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── appveyor.yml
├── data/
│   ├── gsminfo.rda
│   ├── tagMatrixList.rda
│   └── ucsc_release.rda
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── extdata/
│   │   ├── processedGSM.rda
│   │   └── sample_peaks.txt
│   └── test-plot/
│       ├── test-plotPeakProf.R
│       └── test-plotTagMatrix.R
├── man/
│   ├── ChIPseeker-package.Rd
│   ├── ChIPseekerCache.Rd
│   ├── annotatePeak.Rd
│   ├── as.GRanges.Rd
│   ├── as.data.frame.csAnno.Rd
│   ├── check_upstream_and_downstream.Rd
│   ├── combine_csAnno.Rd
│   ├── covplot.Rd
│   ├── csAnno-class.Rd
│   ├── dot-ChIPseekerEnv.Rd
│   ├── dotFun.Rd
│   ├── downloadGEObedFiles.Rd
│   ├── downloadGSMbedFiles.Rd
│   ├── dropAnno.Rd
│   ├── enrichAnnoOverlap.Rd
│   ├── enrichPeakOverlap.Rd
│   ├── getAnnoStat.Rd
│   ├── getBioRegion.Rd
│   ├── getGEOInfo.Rd
│   ├── getGEOgenomeVersion.Rd
│   ├── getGEOspecies.Rd
│   ├── getGeneAnno.Rd
│   ├── getGenomicAnnotation.Rd
│   ├── getNearestFeatureIndicesAndDistances.Rd
│   ├── getPromoters.Rd
│   ├── getSampleFiles.Rd
│   ├── getTagMatrix.Rd
│   ├── getTagMatrix.binning.internal.Rd
│   ├── getTagMatrix.internal.Rd
│   ├── getTagMatrix2.Rd
│   ├── getTagMatrix2.binning.internal.Rd
│   ├── getTagMatrix2.internal.Rd
│   ├── info.Rd
│   ├── makeBioRegionFromGranges.Rd
│   ├── make_label.Rd
│   ├── overlap.Rd
│   ├── peakHeatmap.Rd
│   ├── peakHeatmap_multiple_Sets.Rd
│   ├── peak_Profile_Heatmap.Rd
│   ├── plotAnnoBar-methods.Rd
│   ├── plotAnnoBar.Rd
│   ├── plotAnnoPie-methods.Rd
│   ├── plotAnnoPie.Rd
│   ├── plotAvgProf.Rd
│   ├── plotAvgProf.binning.Rd
│   ├── plotAvgProf2.Rd
│   ├── plotDistToTSS-methods.Rd
│   ├── plotDistToTSS.data.frame.Rd
│   ├── plotMultiProf.Rd
│   ├── plotMultiProf.binning.Rd
│   ├── plotMultiProf.binning.internal.Rd
│   ├── plotMultiProf.normal.Rd
│   ├── plotMultiProf.normal.internal.Rd
│   ├── plotPeakProf.Rd
│   ├── plotPeakProf2.Rd
│   ├── plotPeakProf_MultiWindows.Rd
│   ├── readPeakFile.Rd
│   ├── reexports.Rd
│   ├── seq2gene.Rd
│   ├── show-methods.Rd
│   ├── shuffle.Rd
│   ├── tagHeatmap.Rd
│   ├── upsetplot-methods.Rd
│   ├── vennpie-methods.Rd
│   ├── vennplot.Rd
│   └── vennplot.peakfile.Rd
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── test-bed.R
│   │   ├── test-getTagMatrix.R
│   │   └── test-txdb.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── ChIPseeker.Rmd
    └── ChIPseeker.bib