gitextract_gj8qs7tf/

├── .Rbuildignore
├── .gitignore
├── CONDUCT.md
├── DESCRIPTION
├── Makefile
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── AllClasses.R
│   ├── SeqBundles.R
│   ├── ancestor_seq.R
│   ├── arc.R
│   ├── available.R
│   ├── clustal.R
│   ├── color_by_conservation.R
│   ├── color_else.R
│   ├── cons.R
│   ├── data.R
│   ├── dms.R
│   ├── facet_msa.R
│   ├── geom_GC.R
│   ├── geom_asterisk.R
│   ├── geom_msa.R
│   ├── geom_msaBar.R
│   ├── geom_seed.R
│   ├── ggmaf.R
│   ├── ggmsa.R
│   ├── import-functions.R
│   ├── method-plot.R
│   ├── method-show.R
│   ├── methods-diff.R
│   ├── methods-ggplot_add.R
│   ├── msa_data.R
│   ├── pp_interactive.R
│   ├── prepare_fasta.R
│   ├── read_maf.R
│   ├── seqdiff.R
│   ├── seqlogo.R
│   ├── simplot.R
│   ├── sysdata.rda
│   ├── theme_msa.R
│   └── zzz.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── inst/
│   ├── CITATION
│   └── extdata/
│       ├── GVariation/
│       │   ├── A.Mont.fas
│       │   ├── B.Oz.fas
│       │   ├── C.Wilga5.fas
│       │   └── sample_alignment.fa
│       ├── Gram-negative_AKL.fasta
│       ├── Gram-positive_AKL.fasta
│       ├── LeaderRepeat_All.fa
│       ├── Rfam/
│       │   ├── RF00458.fasta
│       │   ├── RF03120.fasta
│       │   └── RF03120_SS.txt
│       ├── TP53_genes.xlsx
│       ├── sample.fasta
│       ├── seedSample.fa
│       ├── sequence-link-tree.fasta
│       └── tp53.fa
├── man/
│   ├── GVariation.Rd
│   ├── Gram-negative_AKL.fasta.Rd
│   ├── Gram-positive_AKL.fasta.Rd
│   ├── LeaderRepeat_All.fa.Rd
│   ├── Rfam.Rd
│   ├── TP53_genes.xlsx.Rd
│   ├── adjust_ally.Rd
│   ├── assign_dms.Rd
│   ├── available_colors.Rd
│   ├── available_fonts.Rd
│   ├── available_msa.Rd
│   ├── extract_seq.Rd
│   ├── facet_msa.Rd
│   ├── geom_GC.Rd
│   ├── geom_helix.Rd
│   ├── geom_msa.Rd
│   ├── geom_msaBar.Rd
│   ├── geom_seed.Rd
│   ├── geom_seqlogo.Rd
│   ├── ggSeqBundle.Rd
│   ├── gghelix.Rd
│   ├── ggmaf.Rd
│   ├── ggmsa.Rd
│   ├── merge_seq.Rd
│   ├── plot-methods.Rd
│   ├── readSSfile.Rd
│   ├── read_maf.Rd
│   ├── reset_pos.Rd
│   ├── sample.fasta.Rd
│   ├── seedSample.fa.Rd
│   ├── seqdiff.Rd
│   ├── seqlogo.Rd
│   ├── sequence-link-tree.fasta.Rd
│   ├── show-methods.Rd
│   ├── simplify_hdata.Rd
│   ├── simplot.Rd
│   ├── theme_msa.Rd
│   ├── tidy_hdata.Rd
│   ├── tidy_maf_df.Rd
│   ├── tidy_msa.Rd
│   ├── tp53.fa.Rd
│   └── treeMSA_plot.Rd
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── test-main.R
│   │   ├── test-msa_data.R
│   │   └── test-tidy_msa.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── .gitignore
    ├── ggmsa.Rmd
    └── ggmsa.bib