gitextract_x11711o3/

├── .gitignore
├── README.md
├── alphafold/
│   ├── __init__.py
│   ├── common/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── confidence.py
│   │   ├── protein.py
│   │   ├── protein_test.py
│   │   ├── residue_constants.py
│   │   ├── residue_constants_test.py
│   │   ├── stereo_chemical_props.txt
│   │   └── testdata/
│   │       └── 2rbg.pdb
│   ├── data/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── feature_processing.py
│   │   ├── mmcif_parsing.py
│   │   ├── msa_identifiers.py
│   │   ├── msa_pairing.py
│   │   ├── parsers.py
│   │   ├── pipeline.py
│   │   ├── pipeline_multimer.py
│   │   ├── templates.py
│   │   └── tools/
│   │       ├── __init__.py
│   │       ├── hhblits.py
│   │       ├── hhsearch.py
│   │       ├── hmmbuild.py
│   │       ├── hmmsearch.py
│   │       ├── jackhmmer.py
│   │       ├── kalign.py
│   │       └── utils.py
│   ├── model/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── all_atom.py
│   │   ├── all_atom_multimer.py
│   │   ├── all_atom_test.py
│   │   ├── common_modules.py
│   │   ├── config.py
│   │   ├── data.py
│   │   ├── features.py
│   │   ├── folding.py
│   │   ├── folding_multimer.py
│   │   ├── geometry/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── rigid_matrix_vector.py
│   │   │   ├── rotation_matrix.py
│   │   │   ├── struct_of_array.py
│   │   │   ├── test_utils.py
│   │   │   ├── utils.py
│   │   │   └── vector.py
│   │   ├── layer_stack.py
│   │   ├── layer_stack_test.py
│   │   ├── lddt.py
│   │   ├── lddt_test.py
│   │   ├── mapping.py
│   │   ├── model.py
│   │   ├── modules.py
│   │   ├── modules_multimer.py
│   │   ├── prng.py
│   │   ├── prng_test.py
│   │   ├── quat_affine.py
│   │   ├── quat_affine_test.py
│   │   ├── r3.py
│   │   ├── tf/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── data_transforms.py
│   │   │   ├── input_pipeline.py
│   │   │   ├── protein_features.py
│   │   │   ├── protein_features_test.py
│   │   │   ├── proteins_dataset.py
│   │   │   ├── shape_helpers.py
│   │   │   ├── shape_helpers_test.py
│   │   │   ├── shape_placeholders.py
│   │   │   └── utils.py
│   │   └── utils.py
│   ├── notebooks/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── notebook_utils.py
│   │   └── notebook_utils_test.py
│   └── relax/
│       ├── __init__.py
│       ├── amber_minimize.py
│       ├── amber_minimize_test.py
│       ├── cleanup.py
│       ├── cleanup_test.py
│       ├── relax.py
│       ├── relax_test.py
│       ├── testdata/
│       │   ├── model_output.pdb
│       │   ├── multiple_disulfides_target.pdb
│       │   ├── with_violations.pdb
│       │   └── with_violations_casp14.pdb
│       ├── utils.py
│       └── utils_test.py
├── docs/
│   ├── python_inputs.md
│   └── usage.md
├── environment/
│   └── environment_gpu.yml
├── input/
│   └── mono_set1/
│       ├── GA98.fasta
│       └── GB98.fasta
├── requirements.txt
├── run_alphafold.py
├── run_alphafold.sh
├── scripts/
│   ├── download_all_data.sh
│   ├── download_alphafold_params.sh
│   ├── download_bfd.sh
│   ├── download_mgnify.sh
│   ├── download_pdb70.sh
│   ├── download_pdb_mmcif.sh
│   ├── download_pdb_seqres.sh
│   ├── download_small_bfd.sh
│   ├── download_uniprot.sh
│   ├── download_uniref30.sh
│   └── download_uniref90.sh
└── tools/
    ├── batch_scripts/
    │   ├── batch_alphafold.sh
    │   ├── batch_feature.sh
    │   └── move_batch.sh
    └── plddt.py