gitextract__x213t1e/

├── .dive-ci
├── .editorconfig
├── .github/
│   └── workflows/
│       ├── compose.yml
│       ├── cvmfs.yml
│       ├── lint.yml
│       ├── pull-request.yml
│       ├── release.yml
│       ├── single.sh
│       ├── single_container.yml
│       └── update-site.yml
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── Changelog.md
├── LICENSE
├── README.md
├── compose/
│   ├── README.md
│   ├── base-images/
│   │   ├── galaxy-cluster-base/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── files/
│   │   │       ├── common_cleanup.sh
│   │   │       └── cvmfs/
│   │   │           ├── default.local
│   │   │           ├── domain.d/
│   │   │           │   └── galaxyproject.org.conf
│   │   │           └── keys/
│   │   │               └── galaxyproject.org/
│   │   │                   ├── data.galaxyproject.org.pub
│   │   │                   └── singularity.galaxyproject.org.pub
│   │   └── galaxy-container-base/
│   │       ├── Dockerfile
│   │       └── files/
│   │           └── common_cleanup.sh
│   ├── base_config.yml
│   ├── docker-compose.htcondor.yml
│   ├── docker-compose.k8s.yml
│   ├── docker-compose.pulsar.mq.yml
│   ├── docker-compose.pulsar.yml
│   ├── docker-compose.singularity.yml
│   ├── docker-compose.slurm.yml
│   ├── docker-compose.yml
│   ├── galaxy-configurator/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   ├── customize.py
│   │   ├── run.sh
│   │   └── templates/
│   │       ├── galaxy/
│   │       │   ├── GALAXY_PROXY_PREFIX.txt.j2
│   │       │   ├── container_resolvers_conf.yml.j2
│   │       │   ├── dependency_resolvers_conf.xml.j2
│   │       │   ├── galaxy.yml.j2
│   │       │   ├── job_conf.xml.j2
│   │       │   └── job_metrics.xml.j2
│   │       ├── htcondor/
│   │       │   ├── executor.conf.j2
│   │       │   ├── galaxy.conf.j2
│   │       │   └── master.conf.j2
│   │       ├── kind/
│   │       │   ├── k8s_config/
│   │       │   │   ├── persistent_volumes.yml.j2
│   │       │   │   └── pv_claims.yml.j2
│   │       │   └── kind_config.yml.j2
│   │       ├── nginx/
│   │       │   └── nginx.conf.j2
│   │       ├── pulsar/
│   │       │   ├── app.yml.j2
│   │       │   └── server.ini.j2
│   │       └── slurm/
│   │           └── slurm.conf.j2
│   ├── galaxy-htcondor/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   ├── start.sh
│   │   └── supervisord.conf
│   ├── galaxy-kind/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   └── docker-entrypoint.sh
│   ├── galaxy-nginx/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   └── start.sh
│   ├── galaxy-server/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   └── files/
│   │       ├── common_cleanup.sh
│   │       ├── create_galaxy_user.py
│   │       └── start.sh
│   ├── galaxy-slurm/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   └── start.sh
│   ├── galaxy-slurm-node-discovery/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   └── run.sh
│   ├── pulsar/
│   │   ├── Dockerfile
│   │   ├── docker-entrypoint.sh
│   │   └── files/
│   │       └── common_cleanup.sh
│   └── tests/
│       ├── docker-compose.test.bioblend.yml
│       ├── docker-compose.test.selenium.yml
│       ├── docker-compose.test.workflows.yml
│       ├── docker-compose.test.yml
│       ├── galaxy-bioblend-test/
│       │   ├── Dockerfile
│       │   └── run.sh
│       ├── galaxy-selenium-test/
│       │   ├── Dockerfile
│       │   └── run.sh
│       └── galaxy-workflow-test/
│           ├── Dockerfile
│           └── run.sh
├── cvmfs/
│   ├── Dockerfile
│   ├── README.md
│   ├── ansible/
│   │   ├── playbook.yml
│   │   └── requirements.yml
│   └── docker-entrypoint.sh
├── docs/
│   ├── README.md
│   ├── Running_jobs_outside_of_the_container.md
│   ├── css/
│   │   └── landing_page.css
│   ├── js/
│   │   └── landing_page.js
│   └── src/
│       ├── generate_docs.py
│       └── requirements.txt
├── galaxy/
│   ├── Dockerfile
│   ├── ansible/
│   │   ├── condor.yml
│   │   ├── cvmfs_client.yml
│   │   ├── docker.yml
│   │   ├── files/
│   │   │   ├── 413.html
│   │   │   ├── 500.html
│   │   │   ├── 502.html
│   │   │   ├── nginx_sample.crt
│   │   │   ├── nginx_sample.key
│   │   │   └── production_b2drop.yml
│   │   ├── flower.yml
│   │   ├── galaxy_file_source_templates.yml
│   │   ├── galaxy_job_conf.yml
│   │   ├── galaxy_job_metrics.yml
│   │   ├── galaxy_object_store_templates.yml
│   │   ├── galaxy_scripts.yml
│   │   ├── galaxy_vault_config.yml
│   │   ├── gravity.yml
│   │   ├── group_vars/
│   │   │   └── all.yml
│   │   ├── k8s.yml
│   │   ├── nginx.yml
│   │   ├── pbs.yml
│   │   ├── postgresql.yml
│   │   ├── proftpd.yml
│   │   ├── provision.yml
│   │   ├── rabbitmq.yml
│   │   ├── redis.yml
│   │   ├── requirements.yml
│   │   ├── slurm.yml
│   │   ├── supervisor.yml
│   │   ├── templates/
│   │   │   ├── add_tool_shed.py.j2
│   │   │   ├── cgroupfs_mount.sh.j2
│   │   │   ├── check_database.py.j2
│   │   │   ├── configure_rabbitmq_users.yml.j2
│   │   │   ├── configure_slurm.py.j2
│   │   │   ├── container_resolvers_conf.yml.j2
│   │   │   ├── create_galaxy_user.py.j2
│   │   │   ├── export_user_files.py.j2
│   │   │   ├── file_source_templates.yml.j2
│   │   │   ├── gravity.yml.j2
│   │   │   ├── job_conf.xml.j2
│   │   │   ├── job_metrics_conf.yml.j2
│   │   │   ├── macros.xml.j2
│   │   │   ├── nginx/
│   │   │   │   ├── delegated_uploads.conf.j2
│   │   │   │   ├── flower_auth.conf.j2
│   │   │   │   ├── galaxy_common.conf.j2
│   │   │   │   ├── galaxy_http.j2
│   │   │   │   ├── galaxy_https.j2
│   │   │   │   ├── galaxy_redirect_ssl.j2
│   │   │   │   ├── htpasswd.j2
│   │   │   │   ├── interactive_tools_common.conf.j2
│   │   │   │   ├── interactive_tools_http.j2
│   │   │   │   ├── interactive_tools_https.j2
│   │   │   │   └── interactive_tools_redirect_ssl.j2
│   │   │   ├── object_store_templates.yml.j2
│   │   │   ├── rabbitmq.sh.j2
│   │   │   ├── startup_lite.sh.j2
│   │   │   ├── supervisor.conf.j2
│   │   │   ├── update_yaml_value.py.j2
│   │   │   └── vault_conf.yml.j2
│   │   └── tusd.yml
│   ├── bashrc
│   ├── cgroupfs_mount.sh
│   ├── common_cleanup.sh
│   ├── docker-compose.yaml
│   ├── install_tools_wrapper.sh
│   ├── run.sh
│   ├── sample_tool_list.yaml
│   ├── setup_postgresql.py
│   ├── startup.sh
│   ├── startup2.sh
│   ├── tool_conf_interactive.xml.sample
│   ├── tool_sheds_conf.xml
│   └── welcome.html
├── skills/
│   └── galaxy-docker/
│       ├── SKILL.md
│       └── references/
│           └── upgrade-25.1.md
└── test/
    ├── bioblend/
    │   ├── Dockerfile
    │   └── test.sh
    ├── container_resolvers_conf.ci.yml
    ├── cvmfs/
    │   └── test.sh
    ├── gridengine/
    │   ├── Dockerfile
    │   ├── act_qmaster
    │   ├── job_conf.xml.sge
    │   ├── master_script.sh
    │   ├── outputhostname/
    │   │   └── outputhostname.xml
    │   ├── outputhostname.tool.xml
    │   ├── setup_gridengine.sh
    │   ├── setup_tool.sh
    │   ├── test.sh
    │   ├── test_outputhostname.py
    │   └── tool_conf.xml
    └── slurm/
        ├── Dockerfile
        ├── configure_slurm.py
        ├── job_conf.xml
        ├── munge.conf
        ├── startup.sh
        ├── supervisor_slurm.conf
        └── test.sh