gitextract_72sduoul/

├── .Rbuildignore
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── DESCRIPTION
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── R/
│   ├── AllClasses.R
│   ├── AllGenerics.R
│   ├── QC.R
│   ├── basilisk.R
│   ├── calculate_variance_explained.R
│   ├── cluster_samples.R
│   ├── compare_models.R
│   ├── contribution_scores.R
│   ├── correlate_covariates.R
│   ├── create_mofa.R
│   ├── dimensionality_reduction.R
│   ├── enrichment.R
│   ├── get_methods.R
│   ├── imports.R
│   ├── impute.R
│   ├── load_model.R
│   ├── make_example_data.R
│   ├── mefisto.R
│   ├── plot_data.R
│   ├── plot_factors.R
│   ├── plot_weights.R
│   ├── predict.R
│   ├── prepare_mofa.R
│   ├── run_mofa.R
│   ├── set_methods.R
│   ├── subset.R
│   └── utils.R
├── README.md
├── configure
├── configure.win
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── extdata/
│   │   └── test_data.RData
│   └── scripts/
│       ├── template_script.R
│       ├── template_script.py
│       ├── template_script_dataframe.py
│       └── template_script_matrix.py
├── man/
│   ├── .Rapp.history
│   ├── MOFA.Rd
│   ├── add_mofa_factors_to_seurat.Rd
│   ├── calculate_contribution_scores.Rd
│   ├── calculate_variance_explained.Rd
│   ├── calculate_variance_explained_per_sample.Rd
│   ├── cluster_samples.Rd
│   ├── compare_elbo.Rd
│   ├── compare_factors.Rd
│   ├── correlate_factors_with_covariates.Rd
│   ├── covariates_names.Rd
│   ├── create_mofa.Rd
│   ├── create_mofa_from_MultiAssayExperiment.Rd
│   ├── create_mofa_from_Seurat.Rd
│   ├── create_mofa_from_SingleCellExperiment.Rd
│   ├── create_mofa_from_df.Rd
│   ├── create_mofa_from_matrix.Rd
│   ├── factors_names.Rd
│   ├── features_metadata.Rd
│   ├── features_names.Rd
│   ├── get_covariates.Rd
│   ├── get_data.Rd
│   ├── get_default_data_options.Rd
│   ├── get_default_mefisto_options.Rd
│   ├── get_default_model_options.Rd
│   ├── get_default_stochastic_options.Rd
│   ├── get_default_training_options.Rd
│   ├── get_dimensions.Rd
│   ├── get_elbo.Rd
│   ├── get_expectations.Rd
│   ├── get_factors.Rd
│   ├── get_group_kernel.Rd
│   ├── get_imputed_data.Rd
│   ├── get_interpolated_factors.Rd
│   ├── get_lengthscales.Rd
│   ├── get_scales.Rd
│   ├── get_variance_explained.Rd
│   ├── get_weights.Rd
│   ├── groups_names.Rd
│   ├── impute.Rd
│   ├── interpolate_factors.Rd
│   ├── load_model.Rd
│   ├── make_example_data.Rd
│   ├── pipe.Rd
│   ├── plot_alignment.Rd
│   ├── plot_ascii_data.Rd
│   ├── plot_data_heatmap.Rd
│   ├── plot_data_overview.Rd
│   ├── plot_data_scatter.Rd
│   ├── plot_data_vs_cov.Rd
│   ├── plot_dimred.Rd
│   ├── plot_enrichment.Rd
│   ├── plot_enrichment_detailed.Rd
│   ├── plot_enrichment_heatmap.Rd
│   ├── plot_factor.Rd
│   ├── plot_factor_cor.Rd
│   ├── plot_factors.Rd
│   ├── plot_factors_vs_cov.Rd
│   ├── plot_group_kernel.Rd
│   ├── plot_interpolation_vs_covariate.Rd
│   ├── plot_sharedness.Rd
│   ├── plot_smoothness.Rd
│   ├── plot_top_weights.Rd
│   ├── plot_variance_explained.Rd
│   ├── plot_variance_explained_by_covariates.Rd
│   ├── plot_variance_explained_per_feature.Rd
│   ├── plot_weights.Rd
│   ├── plot_weights_heatmap.Rd
│   ├── plot_weights_scatter.Rd
│   ├── predict.Rd
│   ├── prepare_mofa.Rd
│   ├── run_enrichment.Rd
│   ├── run_mofa.Rd
│   ├── run_tsne.Rd
│   ├── run_umap.Rd
│   ├── samples_metadata.Rd
│   ├── samples_names.Rd
│   ├── select_model.Rd
│   ├── set_covariates.Rd
│   ├── subset_factors.Rd
│   ├── subset_features.Rd
│   ├── subset_groups.Rd
│   ├── subset_samples.Rd
│   ├── subset_views.Rd
│   ├── summarise_factors.Rd
│   └── views_names.Rd
├── setup.py
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── barcodes.tsv
│   │   ├── genes.tsv
│   │   ├── matrix.csv
│   │   ├── matrix.mtx
│   │   ├── test_create_model.R
│   │   ├── test_load_model.R
│   │   ├── test_plot.R
│   │   └── test_prepare_model.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── MEFISTO_temporal.Rmd
    ├── downstream_analysis.Rmd
    └── getting_started_R.Rmd