gitextract_6ays1fb4/

├── .github/
│   └── workflows/
│       └── release.yml
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── CHANGELOG.md
├── Cargo.toml
├── LICENSE
├── README.md
├── model_to_src.sh
├── scripts/
│   ├── clustermap_triangle.py
│   └── pre_release.sh
├── skani_matrix.af
├── src/
│   ├── avx2_seeding.rs
│   ├── chain.rs
│   ├── cli.rs
│   ├── cmd_line.rs
│   ├── dist.rs
│   ├── file_io.rs
│   ├── lib.rs
│   ├── main.rs
│   ├── model.rs
│   ├── params.rs
│   ├── parse.rs
│   ├── regression.rs
│   ├── screen.rs
│   ├── search.rs
│   ├── seeding.rs
│   ├── sketch.rs
│   ├── sketch_db.rs
│   ├── triangle.rs
│   └── types.rs
├── test_files/
│   ├── GCF_005706655.1_ASM570665v1_genomic.fna
│   ├── GCF_005844845.1_ASM584484v1_genomic.fna
│   ├── MN-03.fa
│   ├── all_ns.fa
│   ├── e.coli-EC590.fasta
│   ├── e.coli-K12.fasta
│   ├── e.coli-W.fasta
│   ├── e.coli-h5.fasta
│   ├── e.coli-o157.fasta
│   ├── e.coli-o157.fasta.sketch
│   ├── empty_fasta.fa
│   ├── list.txt
│   ├── o157_plasmid.fasta
│   ├── o157_reads.fastq
│   ├── query_list.txt
│   ├── skani_matrix.af
│   ├── test.fasta
│   └── viruses.fna
├── test_results_versions/
│   ├── 0.2.1
│   ├── 0.2.2
│   ├── 0.3.0
│   └── v0.2.1
└── tests/
    ├── int_test_new.rs
    ├── integration_test.rs
    ├── results/
    │   ├── output
    │   ├── output.af
    │   ├── output_o_triangle_full
    │   ├── output_o_triangle_full.af
    │   ├── test_dist_file.txt
    │   ├── test_sketch_dir/
    │   │   ├── e.coli-EC590.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-K12.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-W.fasta.gz.sketch
    │   │   ├── e.coli-W.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-h5.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-o157.fasta.sketch
    │   │   ├── o157_plasmid.fasta.sketch
    │   │   └── o157_reads.fastq.sketch
    │   ├── test_sketch_dir1/
    │   │   ├── e.coli-EC590.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-K12.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-W.fasta.gz.sketch
    │   │   └── o157_reads.fastq.sketch
    │   ├── test_sketch_dir3/
    │   │   ├── e.coli-EC590.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-K12.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-W.fasta.gz.sketch
    │   │   ├── e.coli-W.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-h5.fasta.sketch
    │   │   ├── e.coli-o157.fasta.sketch
    │   │   ├── o157_plasmid.fasta.sketch
    │   │   └── o157_reads.fastq.sketch
    │   └── test_sketch_dir_aai/
    │       ├── e.coli-EC590.fasta.sketch
    │       ├── e.coli-K12.fasta.sketch
    │       ├── e.coli-W.fasta.gz.sketch
    │       ├── e.coli-W.fasta.sketch
    │       ├── e.coli-h5.fasta.sketch
    │       ├── e.coli-o157.fasta.sketch
    │       ├── o157_plasmid.fasta.sketch
    │       └── o157_reads.fastq.sketch
    └── tests.rs