gitextract_uly26sb1/

├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── LICENSE
├── README.md
├── analysis/
│   ├── TMalign
│   ├── TMalign.cpp
│   ├── TMscore
│   ├── TMscore.cpp
│   ├── cal_plddt_dir.py
│   ├── cal_tmscore.py
│   ├── motif_analysis.ipynb
│   ├── plddt_calculate.sh
│   ├── plot.ipynb
│   └── uncond_analysis.ipynb
├── configs/
│   ├── callbacks/
│   │   ├── default.yaml
│   │   ├── fixedbb.yaml
│   │   ├── lm.yaml
│   │   └── structok.yaml
│   ├── config.yaml
│   ├── datamodule/
│   │   ├── cath_4.3.yaml
│   │   ├── pdb.yaml
│   │   ├── tokenized_protein.yaml
│   │   ├── uniref50.yaml
│   │   └── uniref50_hf.yaml
│   ├── experiment/
│   │   ├── base.yaml
│   │   ├── dplm/
│   │   │   ├── cond_dplm_150m.yaml
│   │   │   ├── cond_dplm_3b.yaml
│   │   │   ├── cond_dplm_650m.yaml
│   │   │   ├── dplm_150m.yaml
│   │   │   ├── dplm_150m_ds.yaml
│   │   │   ├── dplm_150m_stage2.yaml
│   │   │   ├── dplm_15b_ds.yaml
│   │   │   ├── dplm_30b_ds.yaml
│   │   │   ├── dplm_3b.yaml
│   │   │   ├── dplm_3b_ds.yaml
│   │   │   ├── dplm_3b_stage2.yaml
│   │   │   ├── dplm_650m.yaml
│   │   │   ├── dplm_650m_ds.yaml
│   │   │   ├── dplm_650m_stage2.yaml
│   │   │   └── mlm_150m.yaml
│   │   ├── dplm2/
│   │   │   ├── dplm2_150m.yaml
│   │   │   ├── dplm2_3b.yaml
│   │   │   ├── dplm2_650m.yaml
│   │   │   ├── dplm2_650m_selfmixup.yaml
│   │   │   └── dplm2_bit_650m.yaml
│   │   └── structok/
│   │       ├── inference/
│   │       │   ├── forward_folding.yaml
│   │       │   ├── inverse_folding.yaml
│   │       │   ├── reconstruction.yaml
│   │       │   ├── unconditional.yaml
│   │       │   └── unconditional_codesign.yaml
│   │       └── structok_lfq_8k_pdb_swissprot_c512.yaml
│   ├── hydra/
│   │   └── default.yaml
│   ├── logger/
│   │   ├── tensorboard.yaml
│   │   └── wandb.yaml
│   ├── paths/
│   │   └── default.yaml
│   ├── test.yaml
│   └── trainer/
│       ├── ddp.yaml
│       ├── ddp_bf16.yaml
│       ├── ddp_fp16.yaml
│       ├── deepspeed_zero2.yaml
│       ├── deepspeed_zero2_bf16.yaml
│       ├── deepspeed_zero2_fp16.yaml
│       ├── deepspeed_zero2_offload.yaml
│       ├── deepspeed_zero3.yaml
│       ├── deepspeed_zero3_bf16.yaml
│       └── default.yaml
├── env.yml
├── generate_dplm.py
├── generate_dplm2.py
├── requirements.txt
├── run/
│   ├── scaffold_generate_dplm.py
│   └── scaffold_generate_dplm2.py
├── scripts/
│   ├── download_cath.sh
│   ├── download_metadata.sh
│   ├── download_motif_scaffolds.sh
│   ├── download_pdb_swissprot_hf.sh
│   ├── download_uniref50_hf.sh
│   └── install.sh
├── setup.cfg
├── setup.py
├── src/
│   └── byprot/
│       ├── __init__.py
│       ├── datamodules/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── cath_datamodule.py
│       │   ├── dataset/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── cath.py
│       │   │   ├── data_utils.py
│       │   │   ├── tokenized_protein.py
│       │   │   ├── uniref.py
│       │   │   └── uniref_hf.py
│       │   ├── pdb_dataset/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── all_atom.py
│       │   │   ├── pdb_datamodule.py
│       │   │   ├── protein.py
│       │   │   ├── residue_constants.py
│       │   │   └── utils.py
│       │   ├── tokenized_protein_datamodule.py
│       │   ├── uniref50.py
│       │   └── uniref50_hf.py
│       ├── models/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── dplm/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── dplm.py
│       │   │   ├── dplm_invfold.py
│       │   │   └── modules/
│       │   │       ├── dplm_adapter.py
│       │   │       ├── dplm_modeling_esm.py
│       │   │       └── gvp_transformer_encoder.py
│       │   ├── dplm2/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── dplm2.py
│       │   │   ├── dplm2_bit.py
│       │   │   └── modules/
│       │   │       ├── dplm2_bit_modeling_esm.py
│       │   │       └── dplm2_modeling_esm.py
│       │   ├── structok/
│       │   │   ├── modules/
│       │   │   │   ├── ema.py
│       │   │   │   ├── folding_utils/
│       │   │   │   │   ├── __init__.py
│       │   │   │   │   ├── categorical_mixture.py
│       │   │   │   │   ├── decoder.py
│       │   │   │   │   ├── esmfold.py
│       │   │   │   │   ├── misc.py
│       │   │   │   │   ├── pretrained.py
│       │   │   │   │   ├── structure_module.py
│       │   │   │   │   ├── tri_self_attn_block.py
│       │   │   │   │   └── trunk.py
│       │   │   │   ├── gvp_encoder.py
│       │   │   │   ├── lfq.py
│       │   │   │   ├── loss.py
│       │   │   │   ├── nn.py
│       │   │   │   └── vqvae.py
│       │   │   └── structok_lfq.py
│       │   └── utils.py
│       ├── modules/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── cross_entropy.py
│       │   ├── metrics.py
│       │   └── protein_metrics.py
│       ├── tasks/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── lm/
│       │   │   ├── dplm.py
│       │   │   ├── dplm2.py
│       │   │   ├── dplm_invfold.py
│       │   │   └── mlm.py
│       │   └── struct_tokenizer/
│       │       └── structok.py
│       ├── testing_pipeline.py
│       ├── training_pipeline.py
│       └── utils/
│           ├── __init__.py
│           ├── callbacks.py
│           ├── config.py
│           ├── io.py
│           ├── logger.py
│           ├── lr_scheduler.py
│           ├── optim.py
│           ├── protein/
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── all_atom.py
│           │   ├── evaluator_dplm2.py
│           │   ├── folding_model.py
│           │   ├── residue_constants.py
│           │   ├── tokenize_pdb.py
│           │   └── utils.py
│           ├── registry.py
│           ├── scaffold_utils.py
│           └── strategies.py
├── test.py
├── train.py
└── vendor/
    └── openfold/
        ├── CITATION.cff
        ├── Dockerfile
        ├── LICENSE
        ├── README.md
        ├── deepspeed_config.json
        ├── environment.yml
        ├── notebooks/
        │   ├── OpenFold.ipynb
        │   └── environment.yml
        ├── openfold/
        │   ├── __init__.py
        │   ├── config.py
        │   ├── data/
        │   │   ├── __init__.py
        │   │   ├── data_modules.py
        │   │   ├── data_pipeline.py
        │   │   ├── data_transforms.py
        │   │   ├── errors.py
        │   │   ├── feature_pipeline.py
        │   │   ├── input_pipeline.py
        │   │   ├── mmcif_parsing.py
        │   │   ├── parsers.py
        │   │   ├── templates.py
        │   │   └── tools/
        │   │       ├── __init__.py
        │   │       ├── hhblits.py
        │   │       ├── hhsearch.py
        │   │       ├── jackhmmer.py
        │   │       ├── kalign.py
        │   │       └── utils.py
        │   ├── model/
        │   │   ├── __init__.py
        │   │   ├── dropout.py
        │   │   ├── embedders.py
        │   │   ├── evoformer.py
        │   │   ├── heads.py
        │   │   ├── model.py
        │   │   ├── msa.py
        │   │   ├── outer_product_mean.py
        │   │   ├── pair_transition.py
        │   │   ├── primitives.py
        │   │   ├── structure_module.py
        │   │   ├── template.py
        │   │   ├── torchscript.py
        │   │   ├── triangular_attention.py
        │   │   └── triangular_multiplicative_update.py
        │   ├── np/
        │   │   ├── __init__.py
        │   │   ├── protein.py
        │   │   ├── relax/
        │   │   │   ├── __init__.py
        │   │   │   ├── amber_minimize.py
        │   │   │   ├── cleanup.py
        │   │   │   ├── relax.py
        │   │   │   └── utils.py
        │   │   └── residue_constants.py
        │   ├── resources/
        │   │   ├── __init__.py
        │   │   └── stereo_chemical_props.txt
        │   └── utils/
        │       ├── __init__.py
        │       ├── argparse.py
        │       ├── callbacks.py
        │       ├── checkpointing.py
        │       ├── chunk_utils.py
        │       ├── exponential_moving_average.py
        │       ├── feats.py
        │       ├── import_weights.py
        │       ├── kernel/
        │       │   ├── __init__.py
        │       │   ├── attention_core.py
        │       │   └── csrc/
        │       │       ├── compat.h
        │       │       ├── softmax_cuda.cpp
        │       │       ├── softmax_cuda_kernel.cu
        │       │       └── softmax_cuda_stub.cpp
        │       ├── logger.py
        │       ├── loss.py
        │       ├── lr_schedulers.py
        │       ├── precision_utils.py
        │       ├── rigid_utils.py
        │       ├── script_utils.py
        │       ├── seed.py
        │       ├── superimposition.py
        │       ├── suppress_output.py
        │       ├── tensor_utils.py
        │       ├── trace_utils.py
        │       └── validation_metrics.py
        ├── run_pretrained_openfold.py
        ├── scripts/
        │   ├── activate_conda_env.sh
        │   ├── alignment_db_scripts/
        │   │   ├── create_alignment_db.py
        │   │   └── unify_alignment_db_indices.py
        │   ├── build_deepspeed_config.py
        │   ├── colabfold_search.sh
        │   ├── convert_of_weights_to_jax.py
        │   ├── data_dir_to_fasta.py
        │   ├── deactivate_conda_env.sh
        │   ├── download_alphafold_dbs.sh
        │   ├── download_alphafold_params.sh
        │   ├── download_bfd.sh
        │   ├── download_cameo.py
        │   ├── download_colabfold_envdb.sh
        │   ├── download_mgnify.sh
        │   ├── download_mmseqs_dbs.sh
        │   ├── download_openfold_params.sh
        │   ├── download_openfold_params_gdrive.sh
        │   ├── download_openfold_params_huggingface.sh
        │   ├── download_pdb70.sh
        │   ├── download_pdb_mmcif.sh
        │   ├── download_roda_pdbs.sh
        │   ├── download_small_bfd.sh
        │   ├── download_uniclust30.sh
        │   ├── download_uniref30.sh
        │   ├── download_uniref90.sh
        │   ├── flatten_roda.sh
        │   ├── generate_alphafold_feature_dict.py
        │   ├── generate_chain_data_cache.py
        │   ├── generate_mmcif_cache.py
        │   ├── install_hh_suite.sh
        │   ├── install_third_party_dependencies.sh
        │   ├── precompute_alignments.py
        │   ├── precompute_alignments_mmseqs.py
        │   ├── precompute_embeddings.py
        │   ├── prep_mmseqs_dbs.sh
        │   ├── prep_proteinnet_msas.py
        │   ├── run_unit_tests.sh
        │   ├── slurm_scripts/
        │   │   └── run_uniclust30_search.sh
        │   ├── unpack_proteinnet.py
        │   ├── utils.py
        │   ├── vars.sh
        │   └── zero_to_fp32.py
        ├── setup.py
        ├── tests/
        │   ├── __init__.py
        │   ├── compare_utils.py
        │   ├── config.py
        │   ├── data_utils.py
        │   ├── test_data/
        │   │   ├── alignments/
        │   │   │   ├── bfd_uniclust_hits.a3m
        │   │   │   ├── mgnify_hits.sto
        │   │   │   ├── pdb70_hits.hhr
        │   │   │   └── uniref90_hits.sto
        │   │   ├── alphafold_feature_dict.pickle
        │   │   ├── features.pkl
        │   │   ├── mmcifs/
        │   │   │   ├── 1hf9.cif
        │   │   │   ├── 1psm.cif
        │   │   │   ├── 2crb.cif
        │   │   │   ├── 2q2k.cif
        │   │   │   ├── 3u8v.cif
        │   │   │   ├── 3zee.cif
        │   │   │   ├── 4i6p.cif
        │   │   │   ├── 4zey.cif
        │   │   │   └── 5kc1.cif
        │   │   └── short.fasta
        │   ├── test_data_pipeline.py
        │   ├── test_data_transforms.py
        │   ├── test_embedders.py
        │   ├── test_evoformer.py
        │   ├── test_feats.py
        │   ├── test_import_weights.py
        │   ├── test_kernels.py
        │   ├── test_loss.py
        │   ├── test_model.py
        │   ├── test_msa.py
        │   ├── test_outer_product_mean.py
        │   ├── test_pair_transition.py
        │   ├── test_primitives.py
        │   ├── test_structure_module.py
        │   ├── test_template.py
        │   ├── test_triangular_attention.py
        │   ├── test_triangular_multiplicative_update.py
        │   └── test_utils.py
        ├── thread_sequence.py
        └── train_openfold.py