gitextract_ojjfe_ko/ ├── .Rbuildignore ├── .github/ │ ├── .gitignore │ └── workflows/ │ ├── BioC-check.yaml │ └── check-standard.yaml ├── .gitignore ├── CONDUCT.md ├── DESCRIPTION ├── LICENSE ├── NAMESPACE ├── NEWS.md ├── NOTICE ├── R/ │ ├── RcppExports.R │ ├── aaa.R │ ├── accessors.R │ ├── celdaGridSearch.R │ ├── celdaProbabilityMap.R │ ├── celdaUMAP.R │ ├── celda_C.R │ ├── celda_CG.R │ ├── celda_G.R │ ├── celda_functions.R │ ├── celda_heatmap.R │ ├── celdatSNE.R │ ├── celdatosce.R │ ├── clusterProbability.R │ ├── data.R │ ├── decon.R │ ├── elbow.R │ ├── factorizeMatrix.R │ ├── featureModuleLookup.R │ ├── geneSetEnrich.R │ ├── initialize_clusters.R │ ├── loglikelihood.R │ ├── matrixSums.R │ ├── misc.R │ ├── moduleHeatmap.R │ ├── perplexity.R │ ├── plotHeatmap.R │ ├── plot_decontx.R │ ├── plot_dr.R │ ├── recursiveSplit.R │ ├── reorderCelda.R │ ├── reports.R │ ├── selectFeatures.R │ ├── semi_pheatmap.R │ ├── simulateCells.R │ ├── splitModule.R │ ├── split_clusters.R │ └── topRank.R ├── README.md ├── _pkgdown.yml ├── data/ │ ├── celdaCGGridSearchRes.rda │ ├── celdaCGMod.rda │ ├── celdaCGSim.rda │ ├── celdaCMod.rda │ ├── celdaCSim.rda │ ├── celdaGMod.rda │ ├── celdaGSim.rda │ ├── contaminationSim.rda │ ├── sampleCells.rda │ ├── sceCeldaC.rda │ ├── sceCeldaCG.rda │ ├── sceCeldaCGGridSearch.rda │ └── sceCeldaG.rda ├── docs/ │ ├── 404.html │ ├── CONDUCT.html │ ├── LICENSE-text.html │ ├── articles/ │ │ ├── articles/ │ │ │ ├── celda_pbmc3k.html │ │ │ ├── celda_pbmc3k_files/ │ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ │ ├── header-attrs-2.7/ │ │ │ │ │ └── header-attrs.js │ │ │ │ ├── kePrint-0.0.1/ │ │ │ │ │ └── kePrint.js │ │ │ │ └── lightable-0.0.1/ │ │ │ │ └── lightable.css │ │ │ ├── decontX_pbmc4k.html │ │ │ ├── decontX_pbmc4k_files/ │ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ │ └── header-attrs-2.7/ │ │ │ │ └── header-attrs.js │ │ │ ├── installation.html │ │ │ └── installation_files/ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ └── header-attrs-2.7/ │ │ │ └── header-attrs.js │ │ ├── celda.html │ │ ├── celda_files/ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ └── header-attrs-2.7/ │ │ │ └── header-attrs.js │ │ ├── celda_pbmc3k.html │ │ ├── celda_pbmc3k_files/ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ ├── kePrint-0.0.1/ │ │ │ │ └── kePrint.js │ │ │ └── lightable-0.0.1/ │ │ │ └── lightable.css │ │ ├── decontX.html │ │ ├── decontX_files/ │ │ │ ├── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ │ └── header-attrs-2.7/ │ │ │ └── header-attrs.js │ │ ├── decontX_pbmc4k.html │ │ ├── decontX_pbmc4k_files/ │ │ │ └── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ │ └── empty-anchor.js │ │ ├── index.html │ │ ├── installation.html │ │ └── installation_files/ │ │ └── accessible-code-block-0.0.1/ │ │ └── empty-anchor.js │ ├── authors.html │ ├── bootstrap-toc.css │ ├── bootstrap-toc.js │ ├── docsearch.css │ ├── docsearch.js │ ├── index.html │ ├── news/ │ │ └── index.html │ ├── pkgdown.css │ ├── pkgdown.js │ ├── pkgdown.yml │ ├── reference/ │ │ ├── appendCeldaList.html │ │ ├── availableModels.html │ │ ├── bestLogLikelihood.html │ │ ├── celda.html │ │ ├── celdaCGGridSearchRes.html │ │ ├── celdaCGMod.html │ │ ├── celdaCGSim.html │ │ ├── celdaCMod.html │ │ ├── celdaCSim.html │ │ ├── celdaClusters.html │ │ ├── celdaGMod.html │ │ ├── celdaGSim.html │ │ ├── celdaGridSearch.html │ │ ├── celdaHeatmap.html │ │ ├── celdaModel.html │ │ ├── celdaModules.html │ │ ├── celdaPerplexity-celdaList-method.html │ │ ├── celdaPerplexity.html │ │ ├── celdaProbabilityMap.html │ │ ├── celdaTsne.html │ │ ├── celdaUmap.html │ │ ├── celda_C.html │ │ ├── celda_CG.html │ │ ├── celda_G.html │ │ ├── celdatosce.html │ │ ├── clusterProbability.html │ │ ├── compareCountMatrix.html │ │ ├── contaminationSim.html │ │ ├── countChecksum-celdaList-method.html │ │ ├── countChecksum.html │ │ ├── decontX.html │ │ ├── decontXcounts.html │ │ ├── distinctColors.html │ │ ├── eigenMatMultInt.html │ │ ├── eigenMatMultNumeric.html │ │ ├── factorizeMatrix.html │ │ ├── fastNormProp.html │ │ ├── fastNormPropLog.html │ │ ├── fastNormPropSqrt.html │ │ ├── featureModuleLookup.html │ │ ├── featureModuleTable.html │ │ ├── geneSetEnrich.html │ │ ├── index.html │ │ ├── logLikelihood.html │ │ ├── logLikelihoodHistory.html │ │ ├── matrixNames.html │ │ ├── moduleHeatmap.html │ │ ├── nonzero.html │ │ ├── normalizeCounts.html │ │ ├── params.html │ │ ├── perplexity.html │ │ ├── plotCeldaViolin.html │ │ ├── plotDecontXContamination.html │ │ ├── plotDecontXMarkerExpression.html │ │ ├── plotDecontXMarkerPercentage.html │ │ ├── plotDimReduceCluster.html │ │ ├── plotDimReduceFeature.html │ │ ├── plotDimReduceGrid.html │ │ ├── plotDimReduceModule.html │ │ ├── plotGridSearchPerplexity.html │ │ ├── plotHeatmap.html │ │ ├── plotRPC.html │ │ ├── recodeClusterY.html │ │ ├── recodeClusterZ.html │ │ ├── recursiveSplitCell.html │ │ ├── recursiveSplitModule.html │ │ ├── reorderCelda.html │ │ ├── reportceldaCG.html │ │ ├── resList.html │ │ ├── resamplePerplexity.html │ │ ├── retrieveFeatureIndex.html │ │ ├── runParams.html │ │ ├── sampleCells.html │ │ ├── sampleLabel.html │ │ ├── sceCeldaC.html │ │ ├── sceCeldaCG.html │ │ ├── sceCeldaCGGridSearch.html │ │ ├── sceCeldaG.html │ │ ├── selectBestModel.html │ │ ├── selectFeatures.html │ │ ├── semiPheatmap.html │ │ ├── simulateCells.html │ │ ├── simulateContamination.html │ │ ├── splitModule.html │ │ ├── subsetCeldaList.html │ │ └── topRank.html │ └── sitemap.xml ├── inst/ │ └── rmarkdown/ │ ├── CeldaCG_PlotResults.Rmd │ └── CeldaCG_Run.Rmd ├── man/ │ ├── appendCeldaList.Rd │ ├── availableModels.Rd │ ├── bestLogLikelihood.Rd │ ├── celda.Rd │ ├── celdaCGGridSearchRes.Rd │ ├── celdaCGMod.Rd │ ├── celdaCGSim.Rd │ ├── celdaCMod.Rd │ ├── celdaCSim.Rd │ ├── celdaClusters.Rd │ ├── celdaGMod.Rd │ ├── celdaGSim.Rd │ ├── celdaGridSearch.Rd │ ├── celdaHeatmap.Rd │ ├── celdaModel.Rd │ ├── celdaModules.Rd │ ├── celdaPerplexity-celdaList-method.Rd │ ├── celdaPerplexity.Rd │ ├── celdaProbabilityMap.Rd │ ├── celdaTsne.Rd │ ├── celdaUmap.Rd │ ├── celda_C.Rd │ ├── celda_CG.Rd │ ├── celda_G.Rd │ ├── celdatosce.Rd │ ├── clusterProbability.Rd │ ├── compareCountMatrix.Rd │ ├── contaminationSim.Rd │ ├── countChecksum-celdaList-method.Rd │ ├── countChecksum.Rd │ ├── decontX.Rd │ ├── decontXcounts.Rd │ ├── distinctColors.Rd │ ├── eigenMatMultInt.Rd │ ├── eigenMatMultNumeric.Rd │ ├── factorizeMatrix.Rd │ ├── fastNormProp.Rd │ ├── fastNormPropLog.Rd │ ├── fastNormPropSqrt.Rd │ ├── featureModuleLookup.Rd │ ├── featureModuleTable.Rd │ ├── geneSetEnrich.Rd │ ├── logLikelihood.Rd │ ├── logLikelihoodHistory.Rd │ ├── matrixNames.Rd │ ├── moduleHeatmap.Rd │ ├── nonzero.Rd │ ├── normalizeCounts.Rd │ ├── params.Rd │ ├── perplexity.Rd │ ├── plotCeldaViolin.Rd │ ├── plotDecontXContamination.Rd │ ├── plotDecontXMarkerExpression.Rd │ ├── plotDecontXMarkerPercentage.Rd │ ├── plotDimReduceCluster.Rd │ ├── plotDimReduceFeature.Rd │ ├── plotDimReduceGrid.Rd │ ├── plotDimReduceModule.Rd │ ├── plotGridSearchPerplexity.Rd │ ├── plotHeatmap.Rd │ ├── plotRPC.Rd │ ├── recodeClusterY.Rd │ ├── recodeClusterZ.Rd │ ├── recursiveSplitCell.Rd │ ├── recursiveSplitModule.Rd │ ├── reorderCelda.Rd │ ├── reportceldaCG.Rd │ ├── resList.Rd │ ├── resamplePerplexity.Rd │ ├── retrieveFeatureIndex.Rd │ ├── runParams.Rd │ ├── sampleCells.Rd │ ├── sampleLabel.Rd │ ├── sceCeldaC.Rd │ ├── sceCeldaCG.Rd │ ├── sceCeldaCGGridSearch.Rd │ ├── sceCeldaG.Rd │ ├── selectBestModel.Rd │ ├── selectFeatures.Rd │ ├── semiPheatmap.Rd │ ├── simulateCells.Rd │ ├── simulateContamination.Rd │ ├── splitModule.Rd │ ├── subsetCeldaList.Rd │ └── topRank.Rd ├── src/ │ ├── DecontX.cpp │ ├── Makevars │ ├── Makevars.win │ ├── RcppExports.cpp │ ├── cG_calcGibbsProbY.cpp │ ├── eigenMatMultInt.cpp │ ├── matrixNorm.cpp │ ├── matrixSums.c │ ├── matrixSumsSparse.cpp │ └── perplexity.c ├── tests/ │ ├── testthat/ │ │ ├── test-celda-functions.R │ │ ├── test-celda_C.R │ │ ├── test-celda_CG.R │ │ ├── test-celda_G.R │ │ ├── test-decon.R │ │ ├── test-intialize_cluster.R │ │ ├── test-matrixSums.R │ │ └── test-with_seed.R │ └── testthat.R └── vignettes/ ├── articles/ │ ├── celda_pbmc3k.Rmd │ ├── decontX_pbmc4k.Rmd │ └── installation.Rmd ├── celda.Rmd └── decontX.Rmd