gitextract_w32vn7wx/ ├── .codecov.yml ├── .flexci/ │ ├── config.pbtxt │ ├── gen_config.py │ └── pytest_script.sh ├── .gitignore ├── .readthedocs.yml ├── .travis.yml ├── LICENSE ├── README.md ├── chainer_chemistry/ │ ├── __init__.py │ ├── _version.py │ ├── config.py │ ├── dataset/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── converters/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── cgcnn_converter.py │ │ │ ├── concat_mols.py │ │ │ └── megnet_converter.py │ │ ├── graph_dataset/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── base_graph_data.py │ │ │ ├── base_graph_dataset.py │ │ │ └── feature_converters.py │ │ ├── indexer.py │ │ ├── indexers/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── numpy_tuple_dataset_feature_indexer.py │ │ ├── networkx_preprocessors/ │ │ │ ├── base_networkx.py │ │ │ └── reddit_coo.py │ │ ├── parsers/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── base_parser.py │ │ │ ├── csv_file_parser.py │ │ │ ├── data_frame_parser.py │ │ │ ├── sdf_file_parser.py │ │ │ └── smiles_parser.py │ │ ├── preprocessors/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── 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molnet/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── chembl_tasks.py │ │ │ ├── molnet.py │ │ │ ├── molnet_config.py │ │ │ ├── pdbbind_time.py │ │ │ └── toxcast_tasks.py │ │ ├── numpy_tuple_dataset.py │ │ ├── qm9.py │ │ ├── reddit/ │ │ │ └── reddit.py │ │ ├── tox21.py │ │ └── zinc.py │ ├── functions/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── activation/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── megnet_softplus.py │ │ │ ├── shifted_softplus.py │ │ │ └── softmax.py │ │ ├── evaluation/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── r2_score.py │ │ ├── loss/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── mean_absolute_error.py │ │ │ └── mean_squared_error.py │ │ └── math/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── matmul.py │ ├── iterators/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── balanced_serial_iterator.py │ │ └── index_iterator.py │ ├── link_hooks/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── variable_monitor_link_hook.py │ ├── links/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── array/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── shape_transformer_to_2d.py │ │ ├── connection/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── embed_atom_id.py │ │ │ ├── graph_linear.py │ │ │ └── graph_mlp.py │ │ ├── normalization/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── graph_batch_normalization.py │ │ ├── readout/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── cgcnn_readout.py │ │ │ ├── general_readout.py │ │ │ ├── ggnn_readout.py │ │ │ ├── megnet_readout.py │ │ │ ├── mpnn_readout.py │ │ │ ├── nfp_readout.py │ │ │ ├── scatter_ggnn_readout.py │ │ │ ├── schnet_readout.py │ │ │ └── set2set.py │ │ ├── scaler/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── base.py │ │ │ ├── flow_scaler.py │ │ │ ├── max_abs_scaler.py │ │ │ ├── min_max_scaler.py │ │ │ └── standard_scaler.py │ │ └── update/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── cgcnn_update.py │ │ ├── ggnn_update.py │ │ ├── gin_update.py │ │ ├── gnn_film_update.py │ │ ├── megnet_update.py │ │ ├── mpnn_update.py │ │ ├── nfp_update.py │ │ ├── relgat_update.py │ │ ├── relgcn_update.py │ │ ├── rsgcn_update.py │ │ └── schnet_update.py │ ├── models/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── cgcnn.py │ │ ├── cwle/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── 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├── mol_visualizer.py │ │ ├── table_visualizer.py │ │ └── visualizer_utils.py │ ├── training/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── extensions/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── auto_print_report.py │ │ ├── batch_evaluator.py │ │ ├── prc_auc_evaluator.py │ │ ├── r2_score_evaluator.py │ │ └── roc_auc_evaluator.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ ├── extend.py │ ├── json_utils.py │ ├── permutation.py │ ├── sparse_utils.py │ └── train_utils.py ├── docker/ │ ├── conda/ │ │ ├── python36/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37-chainerx-cpu-base/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37-chainerx-cpu-latest/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37-chainerx-cpu-stable/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37-chainerx-gpu-base/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ ├── python37-chainerx-gpu-latest/ │ │ │ ├── Dockerfile │ │ │ └── conda-entrypoint.sh │ │ └── python37-chainerx-gpu-stable/ │ │ ├── Dockerfile │ │ └── conda-entrypoint.sh │ └── python3/ │ └── Dockerfile ├── docs/ │ ├── Makefile │ └── source/ │ ├── _autosummary_check.py │ ├── conf.py │ ├── contribution.rst │ ├── dataset.rst │ ├── datasets.rst │ ├── development.rst │ ├── environment.yml │ ├── functions.rst │ ├── index.rst │ ├── install.rst │ ├── iterators.rst │ ├── links.rst │ ├── models.rst │ ├── reference.rst │ ├── requirements.txt │ ├── training.rst │ ├── tutorial.rst │ └── utils.rst ├── examples/ │ ├── .gitignore │ ├── README.md │ ├── molnet/ │ │ ├── README.md │ │ ├── evaluate_models_molnet.sh │ │ ├── predict_molnet.py │ │ ├── summary_eval_molnet.py │ │ ├── test_molnet.sh │ │ └── train_molnet.py │ ├── molnet_wle/ │ │ ├── README.md │ │ ├── predict_molnet_wle.py │ │ └── train_molnet_wle.py │ ├── network_graph/ │ │ ├── README.md │ │ ├── citeseer/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── cora/ │ │ │ └── .gitignore │ │ ├── padding_model_wrapper.py │ │ ├── reddit/ │ │ │ └── .gitignore │ │ └── train_network_graph.py │ ├── own_dataset/ │ │ ├── README.md │ │ ├── dataset_test.csv │ │ ├── dataset_train.csv │ │ ├── evaluate_own_dataset.sh │ │ ├── plot.py │ │ ├── predict_own_dataset.py │ │ ├── test_own_dataset.sh │ │ └── train_own_dataset.py │ ├── qm9/ │ │ ├── README.md │ │ ├── evaluate_models_qm9.sh │ │ ├── plot.py │ │ ├── predict_qm9.py │ │ ├── qm9_dataset_exploration.ipynb │ │ ├── test_qm9.sh │ │ └── train_qm9.py │ ├── test_examples.sh │ └── tox21/ │ ├── .gitignore │ ├── README.md │ ├── data.py │ ├── evaluate_models_tox21.sh │ ├── plot.py │ ├── predict_tox21_with_classifier.py │ ├── test_tox21.sh │ ├── tox21_dataset_exploration.ipynb │ └── train_tox21.py ├── setup.py └── tests/ ├── dataset_tests/ │ ├── parsers_tests/ │ │ ├── test_csv_file_parser.py │ │ ├── test_data_frame_parser.py │ │ ├── test_sdf_file_parser.py │ │ └── test_smiles_parser.py │ ├── preprocessor_tests/ │ │ └── test_common.py │ ├── preprocessors_tests/ │ │ ├── test_atomic_number_preprocessor.py │ │ ├── test_cgcnn_preprocessor.py │ │ ├── test_gat_preprocessor.py │ │ ├── test_ggnn_preprocessor.py │ │ ├── test_gwm_preprocessor.py │ │ ├── test_mol_preprocessor.py │ │ ├── test_nfp_preprocessor.py │ │ ├── test_relgcn_preprocessor.py │ │ ├── test_rsgcn_preprocessor.py │ │ ├── test_schnet_preprocessor.py │ │ ├── test_weavenet_preprocessor.py │ │ ├── test_wle.py │ │ ├── test_wle_atom_array_update.py │ │ └── test_wle_util.py │ ├── splitters_tests/ │ │ ├── test_deepchem_scaffold_splitter.py │ │ ├── test_random_splitter.py │ │ ├── test_scaffold_splitter.py │ │ ├── test_stratified_splitter.py │ │ └── test_time_splitter.py │ ├── test_converters.py │ └── test_numpy_tuple_feature_indexer.py ├── datasets_tests/ │ ├── molnet_tests/ │ │ ├── test_molnet.py │ │ └── test_pdbbind_time.py │ ├── test_numpy_tuple_dataset.py │ ├── test_qm9.py │ ├── test_tox21.py │ └── test_zinc.py ├── functions_tests/ │ ├── activation/ │ │ ├── test_megnet_softplus.py │ │ ├── test_shifted_softplus.py │ │ └── test_softmax.py │ ├── evaluation/ │ │ └── test_r2_score.py │ └── loss/ │ ├── test_mean_absolute_error.py │ └── test_mean_squared_error.py ├── iterators_tests/ │ ├── test_balanced_serial_iterator.py │ └── test_index_iterator.py ├── link_hooks_tests/ │ └── test_variable_monitor_link_hook.py ├── links_tests/ │ ├── array_tests/ │ │ └── test_shape_transformer_to_2d.py │ ├── connection_tests/ │ │ ├── test_embed_atom_id.py │ │ ├── test_graph_linear.py │ │ └── test_graph_mlp.py │ ├── readout_tests/ │ │ ├── test_cgcnn_readout.py │ │ ├── test_general_readout.py │ │ ├── test_ggnn_readout.py │ │ ├── test_megnet_readout.py │ │ ├── test_mpnn_readout.py │ │ ├── test_nfp_readout.py │ │ ├── test_schnet_readout.py │ │ └── test_set2set.py │ ├── scaler_tests/ │ │ ├── test_flow_scaler.py │ │ ├── test_max_abs_scaler.py │ │ ├── test_min_max_scaler.py │ │ └── test_standard_scaler.py │ └── update_tests/ │ ├── test_cgcnn_update.py │ ├── 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test_occlusion_calculator.py │ └── visualizer_tests/ │ ├── test_image_visualizer.py │ ├── test_mol_visualizer.py │ ├── test_table_visualizer.py │ └── test_visualizer_utils.py ├── test_init.py ├── training_tests/ │ └── extensions_tests/ │ ├── test_auto_print_report.py │ ├── test_prc_auc_evaluator.py │ ├── test_r2_score_evaluator.py │ └── test_roc_auc_evaluator.py └── utils_tests/ ├── test_extend.py ├── test_json_utils.py ├── test_permutation.py ├── test_sparse_utils.py └── test_train_utils.py