gitextract_2ee5zeqm/

├── .github/
│   └── workflows/
│       ├── c-cpp-dev.yml
│       ├── c-cpp-temp.yml
│       └── c-cpp.yml
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── LICENSE
├── README.md
├── example/
│   ├── caster/
│   │   ├── fasta_alignments/
│   │   │   ├── gene1.fa
│   │   │   ├── gene2.fa
│   │   │   ├── gene3.fa
│   │   │   ├── gene4.fa
│   │   │   └── gene5.fa
│   │   └── phylip_alignments/
│   │       ├── gene1.phy
│   │       ├── gene2.phy
│   │       ├── gene3.phy
│   │       ├── gene4.phy
│   │       └── gene5.phy
│   ├── caster-sliding-window/
│   │   ├── ape.fa
│   │   ├── mapping.tsv
│   │   ├── slidingwindow.tsv
│   │   └── slidingwindow.xlsx
│   ├── example.phylip
│   ├── genetree-contracted.nw
│   ├── genetree.nw
│   ├── genetrees.tre_1.fas
│   ├── genetrees.tre_2.fas
│   ├── genetrees.tre_3.fas
│   ├── list.txt
│   ├── multitree.nw
│   ├── multitree_genename.nw
│   ├── sancheck/
│   │   ├── Scoring/
│   │   │   ├── astral-pro.tsv
│   │   │   ├── concat.treefile
│   │   │   ├── gene.trees
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── ScoringNormal/
│   │   │   ├── astral-bs10-speices.tre
│   │   │   ├── genetrees-bs10.tre
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── TwostepAlgorithm/
│   │   │   ├── estimatedgenetre.nw
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── astralExample/
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── astralNonbinaryExample/
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── astralproExample/
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── casterExample/
│   │   │   ├── sancheck.bat
│   │   │   └── sancheck.sh
│   │   ├── wasterExample/
│   │   │   ├── sancheck-local.bat
│   │   │   └── sancheck-local.sh
│   │   └── wastralhExample/
│   │       ├── sancheck.bat
│   │       └── sancheck.sh
│   ├── waster/
│   │   ├── filename1.fa
│   │   ├── filename2.fa
│   │   ├── filename3.fq
│   │   ├── filename4.fq
│   │   └── input_list.txt
│   └── waster-walkthrough/
│       ├── Chimpanzee.fa
│       ├── Gorilla.fa
│       ├── Human.fq
│       ├── Orangutan.fa
│       └── input.tsv
├── make.bat
├── makefile
├── misc/
│   ├── caster-linux-walkthrough.md
│   ├── caster-sliding-window-walkthrough.md
│   ├── toolpick.xlsx
│   └── waster-linux-walkthrough.md
├── src/
│   ├── .vscode/
│   │   ├── c_cpp_properties.json
│   │   ├── launch.json
│   │   ├── settings.json
│   │   └── tasks.json
│   ├── algorithms.hpp
│   ├── argparser.hpp
│   ├── aster-gui.py
│   ├── astral-hybrid.cpp
│   ├── astral-pro.cpp
│   ├── astral.cpp
│   ├── biallelic-cuda.cu
│   ├── biallelic-cuda.cuh
│   ├── biallelic-cuda.hpp
│   ├── caster-pair.cpp
│   ├── caster-site.cpp
│   ├── castles.hpp
│   ├── codonSplit.py
│   ├── debug.cpp
│   ├── dstar-branch-merge-diag.cpp
│   ├── dstar-branch.cpp
│   ├── dstar.cpp
│   ├── genetreewithbinaryweight.hpp
│   ├── genetreewithhybridweight.hpp
│   ├── incbeta.c
│   ├── landmark.hpp
│   ├── merge-pairend.cpp
│   ├── monster.cpp
│   ├── multitree.hpp
│   ├── numerical.hpp
│   ├── runIqtreeRate.py
│   ├── sequence-pair.hpp
│   ├── sequence.hpp
│   ├── sequencenontrivialpi.hpp
│   ├── sequtils.hpp
│   ├── sister.cpp
│   ├── speciestree.hpp
│   ├── threadpool.hpp
│   ├── treeutils.hpp
│   ├── tutorial.hpp
│   ├── waster-old.cpp
│   └── waster.cpp
└── tutorial/
    ├── astral-pro3.md
    ├── astral4.md
    ├── caster-site.md
    ├── waster.md
    └── wastral.md