gitextract_z4wsjush/ ├── .gitignore ├── .gitmodules ├── LICENSE.txt ├── MANIFEST.in ├── README.rst ├── cloudbio/ │ ├── __init__.py │ ├── biodata/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── galaxy.py │ │ ├── genomes.py │ │ ├── ggd.py │ │ └── rnaseq.py │ ├── cloudbiolinux.py │ ├── cloudman.py │ ├── config_management/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── chef.py │ │ ├── puppet.py │ │ └── utils.py │ ├── custom/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── bio_general.py │ │ ├── bio_nextgen.py │ │ ├── bio_proteomics.py │ │ ├── bio_proteomics_wine.py │ │ ├── cloudman.py │ │ ├── distributed.py │ │ ├── galaxy.py │ │ ├── galaxy_tools.py │ │ ├── galaxyp.py │ │ ├── java.py │ │ ├── millstone.py │ │ ├── phylogeny.py │ │ ├── python.py │ │ ├── shared.py │ │ ├── system.py │ │ ├── vcr.py │ │ └── versioncheck.py │ ├── deploy/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── config.py │ │ ├── main.py │ │ ├── plugins/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── cloudman.py │ │ │ ├── galaxy.py │ │ │ └── gvl.py │ │ ├── util.py │ │ ├── vmlauncher/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── config.md │ │ │ └── transfer.py │ │ └── volume.py │ ├── distribution.py │ ├── fabutils.py │ ├── flavor/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── config.py │ ├── galaxy/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── applications.py │ │ ├── r.py │ │ ├── tools.py │ │ └── utils.py │ ├── libraries.py │ ├── manifest.py │ ├── package/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── brew.py │ │ ├── conda.py │ │ ├── cpan.py │ │ ├── deb.py │ │ ├── nix.py │ │ ├── rpm.py │ │ └── shared.py │ └── utils.py ├── config/ │ ├── README.md │ ├── biodata.yaml │ ├── chef/ │ │ └── cookbooks/ │ │ └── .gitkeep │ ├── chef_recipes.yaml │ ├── custom.yaml │ ├── fabricrc.txt │ ├── haskell-libs.yaml │ ├── main.yaml │ ├── node_extra.json │ ├── packages-debian.yaml │ ├── packages-homebrew.yaml │ ├── packages-nix.yaml │ ├── packages-scientificlinux.yaml │ ├── packages-yum.yaml │ ├── packages.yaml │ ├── perl-libs.yaml │ ├── puppet/ │ │ └── modules/ │ │ └── .gitkeep │ ├── puppet_classes.yaml │ ├── python-libs.yaml │ ├── r-libs.yaml │ └── ruby-libs.yaml ├── contrib/ │ ├── __init__.py │ └── flavor/ │ ├── __init__.py │ ├── biocloudcentral/ │ │ └── main.yaml │ ├── biopython/ │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── fabricrc.txt │ │ ├── main.yaml │ │ ├── packages-homebrew.yaml │ │ ├── packages.yaml │ │ └── python-libs.yaml │ ├── boinc/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── boincflavor.py │ │ ├── fabricrc_debian.txt │ │ └── main.yaml │ ├── cloudman/ │ │ ├── README.md │ │ ├── cloudman/ │ │ │ └── main.yaml │ │ ├── cloudman_and_galaxy/ │ │ │ └── main.yaml │ │ ├── cloudman_and_galaxyp/ │ │ │ └── main.yaml │ │ ├── cloudman_desktop_and_galaxyp/ │ │ │ ├── main.yaml │ │ │ └── ruby-libs.yaml │ │ ├── migration_checklist.md │ │ └── tools.yaml │ ├── cwl_dockers/ │ │ └── packages-bcbio-alignment.yaml │ ├── demo/ │ │ ├── README.md │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── fabricrc.txt │ │ ├── main.yaml │ │ └── packages-homebrew.yaml │ ├── edx_course/ │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── edx_setup.sh │ │ ├── fabricrc.txt │ │ ├── main.yaml │ │ ├── packages-homebrew.yaml │ │ └── python-libs.yaml │ ├── globus/ │ │ └── main.yaml │ ├── millstone/ │ │ ├── README.md │ │ ├── __init__.py │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── installer.py │ │ ├── main.yaml │ │ ├── millstoneflavor.py │ │ └── python-libs.yaml │ ├── minimal/ │ │ ├── fabricrc_debian.txt │ │ └── main.yaml │ ├── neuro/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── fabricrc.txt │ │ ├── main.yaml │ │ ├── neuro.py │ │ └── packages.yaml │ ├── ngs_pipeline_minimal/ │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── main.yaml │ │ ├── packages-conda.yaml │ │ ├── packages-homebrew.yaml │ │ ├── perl-libs.yaml │ │ └── r-libs.yaml │ ├── phylogeny/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── fabricrc_debian.txt │ │ ├── fabricrc_ubuntu.txt │ │ ├── install_debian.sh │ │ ├── install_ubuntu.sh │ │ ├── main.yaml │ │ ├── phylogenyflavor.py │ │ └── virtualbox.md │ ├── pjotrp/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── biotest/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── biotestflavor.py │ │ ├── fabricrc_debian.txt │ │ └── main.yaml │ ├── proteomics/ │ │ ├── galaxyp/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── main.yaml │ │ │ ├── settings-sample-galaxyp.yaml │ │ │ └── tools.yaml │ │ └── swift/ │ │ ├── custom.yaml │ │ ├── main.yaml │ │ └── r-libs.yaml │ ├── seal/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── fabricrc_sl.txt │ │ ├── main.yaml │ │ └── sealflavor.py │ └── variantviz/ │ ├── custom.yaml │ ├── fabricrc.txt │ ├── main.yaml │ └── packages-yum.yaml ├── contributors.mkd ├── data_fabfile.py ├── deploy/ │ ├── README.md │ ├── TODO │ ├── Vagrantfile │ ├── cloudman.html │ ├── cloudman.md │ ├── config/ │ │ └── tool_data_table_conf.xml │ ├── deploy.sh │ ├── deploy_bourne.sh │ ├── deploy_no_deps.sh │ ├── requirements.txt │ ├── settings-sample-cm.yaml │ ├── settings-sample-minimal.yaml │ ├── settings-sample-oldgalaxyvmlauncher.yaml │ ├── test_install_galaxy_tool.py │ └── update_dependencies.sh ├── doc/ │ ├── Makefile │ ├── hacking.md │ ├── intro/ │ │ ├── FAQ.tex │ │ ├── README │ │ ├── basicTerminology.aux │ │ ├── basicTerminology.tex │ │ ├── cloudbl_desktopIntro.aux │ │ ├── cloudbl_desktopIntro.tex │ │ ├── getReady.aux │ │ ├── getReady.tex │ │ ├── gettingStarted_CloudBioLinux.aux │ │ ├── gettingStarted_CloudBioLinux.out │ │ ├── gettingStarted_CloudBioLinux.tex │ │ ├── gettingStarted_CloudBioLinux.toc │ │ ├── images/ │ │ │ ├── createAndMountVol-1.odg │ │ │ ├── nutshell.odg │ │ │ └── unmountDetach-1.odg │ │ ├── tips.tex │ │ ├── usefulLinks.tex │ │ ├── workingOnCloudBL.aux │ │ ├── workingOnCloudBL.tex │ │ ├── workingWithData.aux │ │ └── workingWithData.tex │ ├── linux_kvm.md │ ├── private_cloud.md │ ├── remote_gui.md │ ├── source/ │ │ ├── conf.py │ │ ├── framework.rst │ │ └── index.rst │ └── virtualbox.md ├── fabfile.py ├── ggd-recipes/ │ ├── BDGP6/ │ │ ├── gtf.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ └── transcripts.yaml │ ├── GRCh37/ │ │ ├── 1000g.yaml │ │ ├── 1000g_omni_snps.yaml │ │ ├── 1000g_snps.yaml │ │ ├── ACMG56_genes.yaml │ │ ├── GA4GH_problem_regions.yaml │ │ ├── GRCh37_NCBI2ensembl.txt │ │ ├── MIG.yaml │ │ ├── RADAR.yaml │ │ ├── af_only_gnomad.yaml │ │ ├── ancestral.yaml │ │ ├── battenberg.yaml │ │ ├── capture_regions.yaml │ │ ├── clinvar.yaml │ │ ├── cosmic.yaml │ │ ├── dbnsfp.yaml │ │ ├── dbscsnv.yaml │ │ ├── dbsnp.yaml │ │ ├── dream-syn3.yaml │ │ ├── dream-syn4.yaml │ │ ├── ericscript.yaml │ │ ├── esp.yaml │ │ ├── exac.yaml │ │ ├── fusion-blacklist.yaml │ │ ├── genesplicer.yaml │ │ ├── giab-NA12878-NA24385-somatic.yaml │ │ ├── giab-NA12878.yaml │ │ ├── giab-NA24143.yaml │ │ ├── giab-NA24149.yaml │ │ ├── giab-NA24385.yaml │ │ ├── giab-NA24631.yaml │ │ ├── giab-NA24694.yaml │ │ ├── giab-NA24695.yaml │ │ ├── gnomad.yaml │ │ ├── gnomad_exome.yaml │ │ ├── gnomad_sv.yaml │ │ ├── hapmap.yaml │ │ ├── mills_indels.yaml │ │ ├── prioritize.yaml │ │ ├── qsignature.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── topmed.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ ├── twobit.yaml │ │ ├── varpon.yaml │ │ ├── vcfanno.yaml │ │ └── viral.yaml │ ├── GRCz11/ │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ └── twobit.yaml │ ├── README.md │ ├── Sscrofa11.1/ │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ └── twobit.yaml │ ├── TAIR10/ │ │ └── mirbase.yaml │ ├── canFam3/ │ │ ├── dbsnp.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ └── twobit.yaml │ ├── hg19/ │ │ ├── 1000g.yaml │ │ ├── 1000g_omni_snps.yaml │ │ ├── 1000g_snps.yaml │ │ ├── ACMG56_genes.yaml │ │ ├── GA4GH_problem_regions.yaml │ │ ├── MIG.yaml │ │ ├── RADAR.yaml │ │ ├── af_only_gnomad.yaml │ │ ├── battenberg.yaml │ │ ├── capture_regions.yaml │ │ ├── clinvar.yaml │ │ ├── cosmic.yaml │ │ ├── dbsnp.yaml │ │ ├── effects_transcripts.yaml │ │ ├── esp.yaml │ │ ├── exac.yaml │ │ ├── fusion-blacklist.yaml │ │ ├── giab-NA12878.yaml │ │ ├── giab-NA24143.yaml │ │ ├── giab-NA24149.yaml │ │ ├── giab-NA24385.yaml │ │ ├── giab-NA24631.yaml │ │ ├── gnomad.yaml │ │ ├── gnomad_exome.yaml │ │ ├── gnomad_genome.grch37_to_hg19.sh │ │ ├── gtf.yaml │ │ ├── hapmap.yaml │ │ ├── mills_indels.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── platinum-genome-NA12878.yaml │ │ ├── prioritize.yaml │ │ ├── purecn_mappability.yaml │ │ ├── rmsk.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── simple_repeat.yaml │ │ ├── topmed.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ ├── twobit.yaml │ │ ├── varpon.yaml │ │ └── viral.yaml │ ├── hg38/ │ │ ├── 1000g_indels.yaml │ │ ├── 1000g_omni_snps.yaml │ │ ├── 1000g_snps.yaml │ │ ├── ACMG56_genes.yaml │ │ ├── RADAR.yaml │ │ ├── README.md │ │ ├── af_only_gnomad.yaml │ │ ├── bwa.yaml │ │ ├── canonical_cancer_99.txt │ │ ├── capture_regions.yaml │ │ ├── ccds.yaml │ │ ├── clinvar.yaml │ │ ├── coverage.yaml │ │ ├── dbnsfp.yaml │ │ ├── dbscsnv.yaml │ │ ├── dbsnp.yaml │ │ ├── dream-syn3-crossmap.yaml │ │ ├── dream-syn4-crossmap.yaml │ │ ├── effects_transcripts.yaml │ │ ├── ericscript.yaml │ │ ├── esp.yaml │ │ ├── exac.yaml │ │ ├── fusion-blacklist.yaml │ │ ├── genesplicer.yaml │ │ ├── genotype2phenotype.yaml │ │ ├── giab-NA12878-NA24385-somatic.yaml │ │ ├── giab-NA12878-crossmap.yaml │ │ ├── giab-NA12878-remap.yaml │ │ ├── giab-NA12878.yaml │ │ ├── giab-NA24143.yaml │ │ ├── giab-NA24149.yaml │ │ ├── giab-NA24385.yaml │ │ ├── giab-NA24631.yaml │ │ ├── giab-NA24694.yaml │ │ ├── giab-NA24695.yaml │ │ ├── gnomad.yaml │ │ ├── gnomad_exome.yaml │ │ ├── gnomad_fields_to_keep.txt │ │ ├── gtf.yaml │ │ ├── hapmap_snps.yaml │ │ ├── hisat2.yaml │ │ ├── mills_indels.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── platinum-genome-NA12878.yaml │ │ ├── prioritize.yaml │ │ ├── purecn_mappability.yaml │ │ ├── qsignature.yaml │ │ ├── rmsk.yaml │ │ ├── salmon-decoys.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── simple_repeat.yaml │ │ ├── topmed.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ ├── twobit.yaml │ │ ├── varpon.yaml │ │ ├── vcfanno.yaml │ │ └── viral.yaml │ ├── hg38-noalt/ │ │ ├── RADAR.yaml │ │ ├── README.md │ │ ├── bowtie2.yaml │ │ ├── bwa.yaml │ │ ├── gtf.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ └── transcripts.yaml │ ├── mm10/ │ │ ├── dbsnp.yaml │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── prioritize.yaml │ │ ├── problem_regions.yaml │ │ ├── rmsk.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ ├── twobit.yaml │ │ └── vcfanno.yaml │ ├── rn6/ │ │ ├── mirbase.yaml │ │ ├── seq.yaml │ │ ├── transcripts.yaml │ │ └── twobit.yaml │ └── sacCer3/ │ ├── seq.yaml │ └── transcripts.yaml ├── installed_files/ │ ├── bash_history │ ├── bash_login │ ├── ec2autorun.py │ ├── galaxy_default.template │ ├── galaxy_init │ ├── galaxyp_nginx.conf.template │ ├── image_user_data │ ├── ipython_config.py │ ├── jwmrc.xml │ ├── nginx.conf.template │ ├── nginx_init │ ├── novnc_default.template │ ├── novnc_init │ ├── pg_ctl │ ├── proftpd.conf.template │ ├── protvis_default.template │ ├── protvis_init │ ├── psql │ ├── setupnx.sh │ ├── tool_data_table_conf.xml │ ├── vncserver_default.template │ ├── vncserver_init │ ├── xstartup │ ├── xvfb_default │ └── xvfb_init ├── manifest/ │ ├── custom-packages.yaml │ ├── debian-packages.yaml │ ├── python-packages.yaml │ └── r-packages.yaml ├── setup.py ├── test/ │ ├── README │ ├── test_biolinux │ ├── test_vagrant │ └── testlib/ │ ├── test_biolinux.rb │ └── test_support.rb └── utils/ ├── bootstrap.sh ├── cbl_exome_setup.py ├── cbl_installed_software.py ├── convert_to_xz.py ├── cwl2yaml_packages.py ├── get_biolinux_packages.py ├── get_yum_packages.py ├── images_and_snapshots.py ├── prep_esp_hg38.py ├── prepare_cosmic.py ├── prepare_dbsnp.py ├── prepare_tx_gff.py ├── prioritize/ │ ├── AZ300.txt │ ├── AZ300_with_known.txt │ ├── az-cancer-panel.txt │ ├── az300_to_bed.py │ ├── prep_ccds_genes.py │ └── prep_prioritize_downloads.sh ├── query_conda_deps.py ├── s3_multipart_upload.py └── sv/ ├── NA24385_crowd_dels.py └── NA24385_giab_dels.py