gitextract_2hkw0qsl/ ├── .codecov.yml ├── .gitattributes ├── .github/ │ ├── pull_request_template.md │ └── workflows/ │ ├── CI.yaml │ ├── docker.yaml │ ├── rc-check.yaml │ ├── rc-test.yaml │ └── self-hosted-gpu-test.yml ├── .gitignore ├── CITATION.cff ├── LICENSE ├── MANIFEST.in ├── README.md ├── basesetup.py ├── benchmarks/ │ ├── LSF-job-template.sh │ ├── README.md │ ├── benchmark_analysis.py │ ├── run_benchmarks.py │ └── template.yaml ├── devtools/ │ ├── README.md │ ├── conda-envs/ │ │ └── test_env.yaml │ ├── scripts/ │ │ └── initialize_conda.sh │ └── test.smi ├── docker/ │ ├── Dockerfile │ ├── Dockerfile-add-license │ └── README.md ├── docs/ │ ├── Makefile │ ├── _static/ │ │ └── README.md │ ├── analysis.rst │ ├── annihilation.rst │ ├── bias.rst │ ├── changelog.rst │ ├── conf.py │ ├── environment.yml │ ├── examples.rst │ ├── index.rst │ ├── installation.rst │ ├── rjmc.rst │ ├── samplers.rst │ └── storage.rst ├── examples/ │ ├── README.md │ ├── atom-mapping/ │ │ └── Atom-mapping.ipynb │ ├── barnase-barstar-neq-switching/ │ │ ├── README.md │ │ └── run_example.py │ ├── dipeptide-mutation-repex-rest/ │ │ ├── README.md │ │ ├── configfile │ │ ├── generate_htfs.py │ │ ├── hostfile │ │ └── run_repex.py │ ├── dipeptide-neq-switching/ │ │ ├── README.md │ │ └── run_example.py │ ├── kinase-neq-switching/ │ │ ├── README.md │ │ └── run_example.py │ ├── moonshot-mainseries/ │ │ ├── 00-prep-receptor.py │ │ ├── 01-simulate-receptors.py │ │ ├── 02-generate-poses-posit.py │ │ ├── 02-generate-poses.py │ │ ├── 03-list-absent-molecules.py │ │ ├── README.md │ │ ├── molecules/ │ │ │ ├── CDD CSV Export.csv │ │ │ ├── filter-cdd-export.py │ │ │ ├── mainseries.csv │ │ │ ├── step1.csv │ │ │ ├── step2.csv │ │ │ ├── step3.csv │ │ │ └── step4.csv │ │ ├── perses/ │ │ │ ├── analyze-benchmark-pKa.py │ │ │ ├── extract-trajectories.py │ │ │ ├── run-perses.py │ │ │ ├── submit-all.sh │ │ │ └── template.yaml │ │ └── setup.yaml │ └── protein-ligand-repex/ │ └── cli/ │ ├── README.md │ ├── protein-ligand.yaml │ ├── scripts_utils/ │ │ ├── cleanup.sh │ │ ├── run_star_map.sh │ │ ├── submit-dense-map.sh │ │ └── submit-star-map-serial.sh │ ├── tyk2_ligands.sdf │ └── tyk2_protein.pdb ├── notebooks/ │ ├── Analyze_results.ipynb │ ├── Harmonic oscillators example.ipynb │ ├── README.md │ └── plotting_tools.py ├── notes/ │ ├── README.md │ ├── chodera-research.bib │ ├── manuscript.tex │ └── prsty.bst ├── perses/ │ ├── README.md │ ├── __init__.py │ ├── _version.py │ ├── analysis/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── analyse_sams_convergence.py │ │ ├── analysis.py │ │ ├── analyze-profile.py │ │ ├── cycles.py │ │ ├── extract_trajectory.py │ │ ├── fah_analysis.py │ │ ├── generate-protonated-termini.py │ │ ├── load_simulations.py │ │ ├── resample.py │ │ ├── utils.py │ │ └── visualization.py │ ├── annihilation/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── lambda_protocol.py │ │ ├── ncmc_switching.py │ │ ├── relative.py │ │ └── rest.py │ ├── app/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── cli.py │ │ ├── fah_generator.py │ │ ├── relative_hydration.py │ │ ├── relative_point_mutation_setup.py │ │ ├── relative_setup.py │ │ └── setup_relative_calculation.py │ ├── bias/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── bias_engine.py │ ├── data/ │ │ ├── 181L.pdb │ │ ├── 1sb0.pdb │ │ ├── 8mer-example/ │ │ │ └── 4zuh_peptide_capped.pdb │ │ ├── L99A-binders.txt │ │ ├── L99A-non-binders.txt │ │ ├── T4-inhibitors.xml │ │ ├── Tyk2_ligands_example/ │ │ │ ├── Tyk2_ligands_shifted.sdf │ │ │ ├── Tyk2_protein.pdb │ │ │ └── tyk2_0_3.yaml │ │ ├── abl-imatinib/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── complex.pdb │ │ │ ├── inhibitor.pdb │ │ │ └── receptor.pdb │ │ ├── abl-src/ │ │ │ ├── abl-imatinib.pdb │ │ │ └── src-imatinib.pdb │ │ ├── ala_vacuum.pdb │ │ ├── amber99sbildn-valence-only.xml │ │ ├── amino_acid_templates/ │ │ │ ├── ALA.pdb │ │ │ ├── ARG.pdb │ │ │ ├── ASH.pdb │ │ │ ├── ASN.pdb │ │ │ ├── ASP.pdb │ │ │ ├── CYS.pdb │ │ │ ├── GLH.pdb │ │ │ ├── GLN.pdb │ │ │ ├── GLU.pdb │ │ │ ├── GLY.pdb │ │ │ ├── HID.pdb │ │ │ ├── HIE.pdb │ │ │ ├── HIP.pdb │ │ │ ├── HIS.pdb │ │ │ ├── ILE.pdb │ │ │ ├── LEU.pdb │ │ │ ├── LYN.pdb │ │ │ ├── LYS.pdb │ │ │ ├── MET.pdb │ │ │ ├── PHE.pdb │ │ │ ├── PRO.pdb │ │ │ ├── SER.pdb │ │ │ ├── THR.pdb │ │ │ ├── TRP.pdb │ │ │ ├── TYR.pdb │ │ │ └── VAL.pdb │ │ ├── arg_solvated.cif │ │ ├── bace-example/ │ │ │ ├── Bace_ligands_shifted.sdf │ │ │ ├── Bace_protein.pdb │ │ │ ├── TLA.sdf │ │ │ └── bace_setup.yaml │ │ ├── barstar-mutation/ │ │ │ ├── 1brs_barnase_renumbered.pdb │ │ │ ├── 1brs_barstar_renumbered.pdb │ │ │ ├── mmc2_barnase.pdb │ │ │ ├── mmc2_barstar.pdb │ │ │ └── mutant.yaml │ │ ├── cdk2-example/ │ │ │ ├── CDK2_fixed_nohet.pdb │ │ │ ├── CDK2_ligands.sdf │ │ │ ├── CDK2_ligands_shifted.sdf │ │ │ ├── CDK2_protein.pdb │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── cdk2-cache.json │ │ │ ├── cdk2_setup_neq.yaml │ │ │ └── cdk2_setup_repex.yaml │ │ ├── clinical-kinase-inhibitors.csv │ │ ├── constant-pH/ │ │ │ ├── abl-imatinib/ │ │ │ │ ├── Imatinib-epik-charged.ffxml │ │ │ │ ├── Imatinib-epik-charged.mol2 │ │ │ │ ├── Imatinib-state-penalties.out │ │ │ │ ├── README.md │ │ │ │ ├── complex.pdb │ │ │ │ ├── generate-ligand-ffxml.py │ │ │ │ ├── inhibitor.pdb │ │ │ │ └── receptor.pdb │ │ │ └── imidazole/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── convert.py │ │ │ ├── generate-protomers-from-smiles.py │ │ │ ├── imidazole/ │ │ │ │ ├── imidazole-epik-charged.mol2 │ │ │ │ ├── imidazole-epik-charged.pdb │ │ │ │ ├── imidazole-epik.mae │ │ │ │ ├── imidazole-epik.mol2 │ │ │ │ ├── imidazole-epik.sdf │ │ │ │ ├── imidazole-input.mol2 │ │ │ │ └── imidazole-state-penalties.out │ │ │ └── imidazole.pdb │ │ ├── constrained-to-unconstrained/ │ │ │ └── ligands_constraint_test.sdf │ │ ├── gaff-valence-only.xml │ │ ├── gaff.xml │ │ ├── gaff2.xml │ │ ├── generate_gaff_xml.py │ │ ├── given-geometries/ │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── ligands.sdf │ │ │ └── receptor.pdb │ │ ├── host-guest/ │ │ │ ├── a1.sybyl.mol2 │ │ │ ├── a2.sybyl.mol2 │ │ │ ├── cache.json │ │ │ └── cb7.sybyl.mol2 │ │ ├── kinase-inhibitors.xml │ │ ├── kinase-mutation/ │ │ │ ├── NTRK1.pdb │ │ │ └── entrectinib.sdf │ │ ├── lys_solvated.cif │ │ ├── protein.ff14SB.protonated-termini.xml │ │ ├── protein.ff14SB.xml │ │ ├── schrodinger-jacs-datasets/ │ │ │ ├── Bace_ligands.sdf │ │ │ ├── CDK2_ligands.sdf │ │ │ ├── Jnk1_ligands.sdf │ │ │ ├── MCL1_ligands.sdf │ │ │ ├── PTP1B_ligands.sdf │ │ │ ├── README.md │ │ │ ├── Thrombin_ligands.sdf │ │ │ ├── Tyk2_ligands.sdf │ │ │ └── p38_ligands.sdf │ │ ├── test.smi │ │ ├── thr_vacuum.pdb │ │ └── visualization/ │ │ ├── protein-mutation/ │ │ │ ├── new.dcd │ │ │ ├── new.pdb │ │ │ ├── old.dcd │ │ │ └── old.pdb │ │ └── small-molecule/ │ │ ├── new.dcd │ │ ├── new.pdb │ │ ├── old.dcd │ │ └── old.pdb │ ├── dispersed/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── feptasks.py │ │ ├── parallel.py │ │ ├── smc.py │ │ └── utils.py │ ├── rjmc/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── atom_mapping.py │ │ ├── coordinate_numba.py │ │ ├── coordinate_tools.py │ │ ├── geometry.py │ │ └── topology_proposal.py │ ├── samplers/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── multistate.py │ │ ├── samplers.py │ │ └── thermodynamics.py │ ├── storage/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── movie.py │ │ └── storage.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── benchmark.py │ │ ├── conftest.py │ │ ├── test_GPU.py │ │ ├── test_analysis.py │ │ ├── test_atom_mapping.py │ │ ├── test_cli.py │ │ ├── test_coordinate_numba.py │ │ ├── test_fah.py │ │ ├── test_geometry_engine.py │ │ ├── test_lambda_protocol.py │ │ ├── test_ncmc_integrator.py │ │ ├── test_parallel.py │ │ ├── test_relative.py │ │ ├── test_relative_point_mutation_setup.py │ │ ├── test_relative_setup.py │ │ ├── test_repex.py │ │ ├── test_rest.py │ │ ├── test_resume.py │ │ ├── test_samplers.py │ │ ├── test_smc.py │ │ ├── test_storage.py │ │ ├── test_topology_proposal.py │ │ ├── test_utils.py │ │ ├── test_visualization.py │ │ ├── testsystems.py │ │ └── utils.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ ├── charge_changing.py │ ├── data.py │ ├── openeye.py │ ├── smallmolecules.py │ └── url_utils.py ├── readthedocs.yml ├── setup.cfg ├── setup.py ├── spec-file.txt └── versioneer.py