gitextract_b_fel8s7/ ├── .codecov.yml ├── .gitattributes ├── .github/ │ └── workflows/ │ └── CI.yaml ├── .gitignore ├── .pylintrc ├── .readthedocs.yml ├── LICENSE ├── README.md ├── appveyor.yml ├── devtools/ │ ├── README.md │ ├── appveyor/ │ │ ├── install.ps1 │ │ └── run_with_env.cmd │ ├── conda-envs/ │ │ ├── test_env.yaml │ │ └── test_env_jax.yaml │ ├── conda-recipe/ │ │ ├── README.md │ │ ├── bld.bat │ │ ├── build.sh │ │ └── meta.yaml │ └── travis-ci/ │ ├── after_success.sh │ ├── index.html │ ├── install.sh │ └── push-docs-to-s3.py ├── docs/ │ ├── Makefile │ ├── conf.py │ ├── fes_with_pymbar.rst │ ├── getting_started.rst │ ├── index.rst │ ├── mbar.rst │ ├── moving_from_pymbar3.rst │ ├── other_estimators.rst │ ├── references.bib │ ├── strategies_for_solution.rst │ ├── timeseries.rst │ ├── utils.rst │ └── zbibliography.rst ├── examples/ │ ├── README.md │ ├── alchemical-free-energy/ │ │ └── README.md │ ├── constant-force-optical-trap/ │ │ ├── README.md │ │ ├── extract-data.py │ │ ├── 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