gitextract_l5aioowe/

├── .gitignore
├── AUTHORS
├── LICENSE
├── Makefile.am
├── README.md
├── autogen.sh
├── ax_bam.m4
├── ax_boost_base.m4
├── ax_boost_filesystem.m4
├── ax_boost_serialization.m4
├── ax_boost_system.m4
├── ax_boost_thread.m4
├── ax_check_eigen.m4
├── ax_check_zlib.m4
├── ax_openmp.m4
├── boost.m4
├── configure.ac
├── cufflinks.xcodeproj/
│   ├── cole.pbxuser
│   ├── cole.perspectivev3
│   └── project.pbxproj
├── doc/
│   ├── CL_figure_scratch.doc
│   ├── CL_main_text.doc
│   ├── CL_supplement.tex
│   ├── CL_versions.tex
│   ├── Cartoons.pptx
│   ├── Paper Outline.doc
│   ├── algorithm/
│   │   ├── algorithm.bib
│   │   ├── algorithm.tex
│   │   └── homework.cls
│   ├── cufflinks.bib
│   ├── html/
│   │   ├── css/
│   │   │   └── style.css
│   │   ├── downloads/
│   │   │   └── test_data.sam
│   │   ├── faq.html
│   │   ├── gff.html
│   │   ├── howitworks.html
│   │   ├── igenome/
│   │   │   └── igenome_table.py
│   │   ├── igenomes.html
│   │   ├── images/
│   │   │   └── ucsc-track.tiff
│   │   ├── index.html
│   │   ├── manual.html
│   │   ├── site.tmproj
│   │   └── tutorial.html
│   └── illustrator/
│       └── Fig 2 - Tuxedo Workflow.ai
├── external_tests/
│   └── tiny_tests/
│       └── 2x75/
│           ├── accepted_hits.sam
│           └── test_ref.fa
├── index.md
├── make_bin.sh
├── src/
│   ├── GArgs.cpp
│   ├── GArgs.h
│   ├── GBase.cpp
│   ├── GBase.h
│   ├── GFaSeqGet.cpp
│   ├── GFaSeqGet.h
│   ├── GFastaIndex.cpp
│   ├── GFastaIndex.h
│   ├── GHash.hh
│   ├── GList.hh
│   ├── GStr.cpp
│   ├── GStr.h
│   ├── GVec.hh
│   ├── LICENSE
│   ├── Makefile.am
│   ├── abundances.cpp
│   ├── abundances.h
│   ├── assemble.cpp
│   ├── assemble.h
│   ├── biascorrection.cpp
│   ├── biascorrection.h
│   ├── bundles.cpp
│   ├── bundles.h
│   ├── clustering.cpp
│   ├── clustering.h
│   ├── codons.cpp
│   ├── codons.h
│   ├── common.cpp
│   ├── common.h
│   ├── compress_gtf.cpp
│   ├── cuffcluster.cpp
│   ├── cuffcompare.cpp
│   ├── cuffdiff.cpp
│   ├── cuffdiff_to_gct.py
│   ├── cufflinks.cpp
│   ├── cufflinks.xcodeproj/
│   │   ├── cole.pbxuser
│   │   ├── cole.perspectivev3
│   │   └── project.pbxproj
│   ├── cuffmerge
│   ├── cuffnorm.cpp
│   ├── cuffquant.cpp
│   ├── differential.cpp
│   ├── differential.h
│   ├── filters.cpp
│   ├── filters.h
│   ├── gdna.cpp
│   ├── gdna.h
│   ├── genes.cpp
│   ├── genes.h
│   ├── gff.cpp
│   ├── gff.h
│   ├── gff_utils.cpp
│   ├── gff_utils.h
│   ├── gffread.cpp
│   ├── graph_optimize.cpp
│   ├── graph_optimize.h
│   ├── gtf_reads.cpp
│   ├── gtf_to_sam.cpp
│   ├── gtf_tracking.cpp
│   ├── gtf_tracking.h
│   ├── hits.cpp
│   ├── hits.h
│   ├── jensen_shannon.cpp
│   ├── jensen_shannon.h
│   ├── lemon/
│   │   ├── bfs.h
│   │   ├── bin_heap.h
│   │   ├── bipartite_matching.h
│   │   ├── bits/
│   │   │   ├── alteration_notifier.h
│   │   │   ├── array_map.h
│   │   │   ├── base_extender.h
│   │   │   ├── debug_map.h
│   │   │   ├── default_map.h
│   │   │   ├── graph_adaptor_extender.h
│   │   │   ├── graph_extender.h
│   │   │   ├── invalid.h
│   │   │   ├── map_extender.h
│   │   │   ├── path_dump.h
│   │   │   ├── traits.h
│   │   │   ├── utility.h
│   │   │   ├── variant.h
│   │   │   └── vector_map.h
│   │   ├── bucket_heap.h
│   │   ├── concept_check.h
│   │   ├── concepts/
│   │   │   ├── bpugraph.h
│   │   │   ├── graph.h
│   │   │   ├── graph_components.h
│   │   │   ├── heap.h
│   │   │   ├── maps.h
│   │   │   ├── matrix_maps.h
│   │   │   ├── path.h
│   │   │   └── ugraph.h
│   │   ├── dfs.h
│   │   ├── error.h
│   │   ├── fib_heap.h
│   │   ├── graph_adaptor.h
│   │   ├── graph_utils.h
│   │   ├── list_graph.h
│   │   ├── maps.h
│   │   ├── math.h
│   │   ├── smart_graph.h
│   │   ├── tolerance.h
│   │   └── topology.h
│   ├── locfit/
│   │   ├── adap.c
│   │   ├── ar_funs.c
│   │   ├── arith.c
│   │   ├── band.c
│   │   ├── c_args.c
│   │   ├── c_plot.c
│   │   ├── cmd.c
│   │   ├── dens_haz.c
│   │   ├── dens_int.c
│   │   ├── dens_odi.c
│   │   ├── density.c
│   │   ├── design.h
│   │   ├── dist.c
│   │   ├── ev_atree.c
│   │   ├── ev_interp.c
│   │   ├── ev_kdtre.c
│   │   ├── ev_main.c
│   │   ├── ev_trian.c
│   │   ├── family.c
│   │   ├── fitted.c
│   │   ├── frend.c
│   │   ├── help.c
│   │   ├── imatlb.h
│   │   ├── lf_dercor.c
│   │   ├── lf_fitfun.c
│   │   ├── lf_robust.c
│   │   ├── lf_vari.c
│   │   ├── lfcons.h
│   │   ├── lfd.c
│   │   ├── lffuns.h
│   │   ├── lfstr.c
│   │   ├── lfstruc.h
│   │   ├── lfwin.h
│   │   ├── linalg.c
│   │   ├── local.h
│   │   ├── locfit.c
│   │   ├── m_chol.c
│   │   ├── m_eigen.c
│   │   ├── m_jacob.c
│   │   ├── m_max.c
│   │   ├── makecmd.c
│   │   ├── math.c
│   │   ├── minmax.c
│   │   ├── mutil.h
│   │   ├── nbhd.c
│   │   ├── pcomp.c
│   │   ├── pout.c
│   │   ├── preplot.c
│   │   ├── random.c
│   │   ├── readfile.c
│   │   ├── scb.c
│   │   ├── scb_cons.c
│   │   ├── simul.c
│   │   ├── solve.c
│   │   ├── startlf.c
│   │   ├── strings.c
│   │   ├── vari.cpp
│   │   ├── vari.hpp
│   │   ├── wdiag.c
│   │   └── weight.c
│   ├── matching_merge.cpp
│   ├── matching_merge.h
│   ├── multireads.cpp
│   ├── multireads.h
│   ├── negative_binomial_distribution.h
│   ├── progressbar.h
│   ├── replicates.cpp
│   ├── replicates.h
│   ├── rounding.h
│   ├── sampling.cpp
│   ├── sampling.h
│   ├── scaffold_graph.cpp
│   ├── scaffold_graph.h
│   ├── scaffolds.cpp
│   ├── scaffolds.h
│   ├── tokenize.cpp
│   ├── tokenize.h
│   ├── tracking.cpp
│   ├── tracking.h
│   ├── transitive_closure.h
│   ├── transitive_reduction.h
│   └── update_check.h
├── tests/
│   └── unit_tests/
│       ├── test_abundances.cpp
│       ├── test_main.cpp
│       └── test_scaffolds.cpp
└── version.m4