gitextract_rpa0i55w/ ├── .claude/ │ ├── agents/ │ │ ├── codebase-analyst.md │ │ └── library-researcher.md │ └── commands/ │ ├── agent-work-orders/ │ │ ├── commit.md │ │ ├── execute.md │ │ ├── noqa.md │ │ ├── planning.md │ │ ├── prime.md │ │ ├── prp-review.md │ │ └── start-server.md │ ├── archon/ │ │ ├── archon-alpha-review.md │ │ ├── archon-coderabbit-helper.md │ │ ├── archon-onboarding.md │ │ ├── archon-prime-simple.md │ │ ├── archon-prime.md │ │ ├── archon-rca.md │ │ └── archon-ui-consistency-review.md │ ├── prp-any-agent/ │ │ ├── prp-any-cli-create.md │ │ └── prp-any-cli-execute.md │ └── prp-claude-code/ │ ├── prp-claude-code-create.md │ ├── prp-claude-code-execute.md │ ├── prp-story-task-create.md │ └── prp-story-task-execute.md ├── .dockerignore ├── .github/ │ ├── ISSUE_TEMPLATE/ │ │ ├── auto_bug_report.md │ │ └── bug_report.yml │ ├── RELEASE_NOTES_SETUP.md │ ├── pull_request_template.md │ ├── test-release-notes.sh │ └── workflows/ │ ├── ci.yml │ ├── claude-fix.yml │ ├── claude-review.yml │ └── release-notes.yml ├── .gitignore ├── AGENTS.md ├── CLAUDE.md ├── CONTRIBUTING.md ├── LICENSE ├── Makefile ├── PRPs/ │ ├── ai_docs/ │ │ ├── AGENT_WORK_ORDERS_SSE_AND_ZUSTAND.md │ │ ├── API_NAMING_CONVENTIONS.md │ │ ├── ARCHITECTURE.md │ │ ├── DATA_FETCHING_ARCHITECTURE.md │ │ ├── ETAG_IMPLEMENTATION.md │ │ ├── QUERY_PATTERNS.md │ │ ├── UI_STANDARDS.md │ │ ├── ZUSTAND_STATE_MANAGEMENT.md │ │ ├── cc_cli_ref.md │ │ └── optimistic_updates.md │ └── templates/ │ ├── prp_base.md │ └── prp_story_task.md ├── README.md ├── archon-example-workflow/ │ ├── .claude/ │ │ ├── agents/ │ │ │ ├── codebase-analyst.md │ │ │ └── validator.md │ │ └── commands/ │ │ ├── create-plan.md │ │ ├── execute-plan.md │ │ └── primer.md │ ├── CLAUDE.md │ └── README.md ├── archon-ui-main/ │ ├── .dockerignore │ ├── .eslintrc.cjs │ ├── .gitignore │ ├── Dockerfile │ ├── README.md │ ├── biome.json │ ├── index.html │ ├── package.json │ ├── postcss.config.js │ ├── src/ │ │ ├── App.tsx │ │ ├── components/ │ │ │ ├── BackendStartupError.tsx │ │ │ ├── DisconnectScreenOverlay.tsx │ │ │ ├── agent-chat/ │ │ │ │ └── ArchonChatPanel.tsx │ │ │ ├── animations/ │ │ │ │ ├── Animations.tsx │ │ │ │ └── DisconnectScreenAnimations.tsx │ │ │ ├── bug-report/ │ │ │ │ ├── BugReportButton.tsx │ │ │ │ ├── BugReportModal.tsx │ │ │ │ └── ErrorBoundaryWithBugReport.tsx │ │ │ ├── code/ │ │ │ │ └── CodeViewerModal.tsx │ │ │ ├── common/ │ │ │ │ └── DeleteConfirmModal.tsx │ │ │ ├── layout/ │ │ │ │ ├── MainLayout.tsx │ │ │ │ ├── Navigation.tsx │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ └── useBackendHealth.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── onboarding/ │ │ │ │ └── ProviderStep.tsx │ │ │ ├── settings/ │ │ │ │ ├── APIKeysSection.tsx │ │ │ │ ├── ButtonPlayground.tsx │ │ │ │ ├── CodeExtractionSettings.tsx │ │ │ │ ├── FeaturesSection.tsx │ │ │ │ ├── IDEGlobalRules.tsx │ │ │ │ ├── OllamaConfigurationPanel.tsx │ │ │ │ ├── OllamaInstanceHealthIndicator.tsx │ │ │ │ ├── OllamaModelDiscoveryModal.tsx │ │ │ │ ├── OllamaModelSelectionModal.tsx │ │ │ │ ├── RAGSettings.tsx │ │ │ │ └── types/ │ │ │ │ └── OllamaTypes.ts │ │ │ └── ui/ │ │ │ ├── Badge.tsx │ │ │ ├── Button.tsx │ │ │ ├── Card.tsx │ │ │ ├── Checkbox.tsx │ │ │ ├── CollapsibleSettingsCard.tsx │ │ │ ├── CoverageVisualization.tsx │ │ │ ├── GlassCrawlDepthSelector.tsx │ │ │ ├── Input.tsx │ │ │ ├── MigrationBanner.tsx │ │ │ ├── NeonButton.tsx │ │ │ ├── PowerButton.tsx │ │ │ ├── Select.tsx │ │ │ ├── ThemeToggle.tsx │ │ │ └── Toggle.tsx │ │ ├── config/ │ │ │ └── api.ts │ │ ├── contexts/ │ │ │ ├── SettingsContext.tsx │ │ │ └── ThemeContext.tsx │ │ ├── env.d.ts │ │ ├── features/ │ │ │ ├── agent-work-orders/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── AddRepositoryModal.tsx │ │ │ │ │ ├── CreateWorkOrderModal.tsx │ │ │ │ │ ├── EditRepositoryModal.tsx │ │ │ │ │ ├── ExecutionLogs.tsx │ │ │ │ │ ├── RealTimeStats.tsx │ │ │ │ │ ├── RepositoryCard.tsx │ │ │ │ │ ├── SidebarRepositoryCard.tsx │ │ │ │ │ ├── StepHistoryCard.tsx │ │ │ │ │ ├── WorkOrderRow.tsx │ │ │ │ │ ├── WorkOrderTable.tsx │ │ │ │ │ ├── WorkflowStepButton.tsx │ │ │ │ │ └── __tests__/ │ │ │ │ │ ├── CreateWorkOrderModal.test.tsx │ │ │ │ │ └── RepositoryCard.test.tsx │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── __tests__/ │ │ │ │ │ │ ├── useAgentWorkOrderQueries.test.tsx │ │ │ │ │ │ └── useRepositoryQueries.test.tsx │ │ │ │ │ ├── useAgentWorkOrderQueries.ts │ │ │ │ │ └── useRepositoryQueries.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ ├── __tests__/ │ │ │ │ │ │ ├── agentWorkOrdersService.test.ts │ │ │ │ │ │ └── repositoryService.test.ts │ │ │ │ │ ├── agentWorkOrdersService.ts │ │ │ │ │ └── repositoryService.ts │ │ │ │ ├── state/ │ │ │ │ │ ├── __tests__/ │ │ │ │ │ │ ├── agentWorkOrdersStore.test.ts │ │ │ │ │ │ └── sseIntegration.test.ts │ │ │ │ │ ├── agentWorkOrdersStore.ts │ │ │ │ │ └── slices/ │ │ │ │ │ ├── filtersSlice.ts │ │ │ │ │ ├── modalsSlice.ts │ │ │ │ │ ├── sseSlice.ts │ │ │ │ │ └── uiPreferencesSlice.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── repository.ts │ │ │ │ └── views/ │ │ │ │ ├── AgentWorkOrderDetailView.tsx │ │ │ │ └── AgentWorkOrdersView.tsx │ │ │ ├── knowledge/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── AddKnowledgeDialog.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCard.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCardActions.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCardTags.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCardTitle.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCardType.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeHeader.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeList.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeTable.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeTypeSelector.tsx │ │ │ │ │ ├── LevelSelector.tsx │ │ │ │ │ ├── TagInput.tsx │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ │ │ └── useKnowledgeQueries.test.ts │ │ │ │ │ └── useKnowledgeQueries.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── inspector/ │ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ │ ├── ContentViewer.tsx │ │ │ │ │ │ ├── InspectorHeader.tsx │ │ │ │ │ │ ├── InspectorSidebar.tsx │ │ │ │ │ │ ├── KnowledgeInspector.tsx │ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ ├── useInspectorData.ts │ │ │ │ │ │ ├── useInspectorPagination.ts │ │ │ │ │ │ └── usePaginatedInspectorData.ts │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── knowledgeService.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── knowledge.ts │ │ │ │ ├── utils/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── knowledge-utils.ts │ │ │ │ │ ├── providerErrorHandler.ts │ │ │ │ │ └── tests/ │ │ │ │ │ └── providerErrorHandler.test.ts │ │ │ │ └── views/ │ │ │ │ ├── KnowledgeView.tsx │ │ │ │ ├── KnowledgeViewWithBoundary.tsx │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── mcp/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── McpClientList.tsx │ │ │ │ │ ├── McpConfigSection.tsx │ │ │ │ │ ├── McpStatusBar.tsx │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── useMcpQueries.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── mcpApi.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── mcp.ts │ │ │ │ └── views/ │ │ │ │ ├── McpView.tsx │ │ │ │ └── McpViewWithBoundary.tsx │ │ │ ├── progress/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── CrawlingProgress.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeCardProgress.tsx │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ │ │ └── useProgressQueries.test.ts │ │ │ │ │ └── useProgressQueries.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── progressService.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── progress.ts │ │ │ │ └── utils/ │ │ │ │ └── urlValidation.ts │ │ │ ├── projects/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── NewProjectModal.tsx │ │ │ │ │ ├── ProjectCard.tsx │ │ │ │ │ ├── ProjectCardActions.tsx │ │ │ │ │ ├── ProjectHeader.tsx │ │ │ │ │ ├── ProjectList.tsx │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── tests/ │ │ │ │ │ └── ProjectCard.test.tsx │ │ │ │ ├── documents/ │ │ │ │ │ ├── DocsTab.tsx │ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ │ ├── AddDocumentModal.tsx │ │ │ │ │ │ ├── DocumentCard.tsx │ │ │ │ │ │ ├── DocumentViewer.tsx │ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ └── useDocumentQueries.ts │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ │ └── documentService.ts │ │ │ │ │ └── types/ │ │ │ │ │ ├── document.ts │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ │ │ └── useProjectQueries.test.ts │ │ │ │ │ └── useProjectQueries.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── schemas/ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── projectService.ts │ │ │ │ ├── shared/ │ │ │ │ │ └── api.ts │ │ │ │ ├── tasks/ │ │ │ │ │ ├── TasksTab.tsx │ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ │ ├── EditableTableCell.tsx │ │ │ │ │ │ ├── FeatureSelect.tsx │ │ │ │ │ │ ├── KanbanColumn.tsx │ │ │ │ │ │ ├── TaskAssignee.tsx │ │ │ │ │ │ ├── TaskCard.tsx │ │ │ │ │ │ ├── TaskCardActions.tsx │ │ │ │ │ │ ├── TaskEditModal.tsx │ │ │ │ │ │ ├── TaskPriorityComponent.tsx │ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ │ │ │ └── useTaskQueries.test.ts │ │ │ │ │ │ ├── useTaskActions.ts │ │ │ │ │ │ ├── useTaskEditor.ts │ │ │ │ │ │ └── useTaskQueries.ts │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── schemas/ │ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ ├── taskService.ts │ │ │ │ │ │ └── tests/ │ │ │ │ │ │ └── taskService.test.ts │ │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ │ ├── hooks.ts │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ ├── priority.ts │ │ │ │ │ │ └── task.ts │ │ │ │ │ ├── utils/ │ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ │ ├── task-ordering.ts │ │ │ │ │ │ └── task-styles.tsx │ │ │ │ │ └── views/ │ │ │ │ │ ├── BoardView.tsx │ │ │ │ │ ├── TableView.tsx │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── project.ts │ │ │ │ ├── utils/ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ └── views/ │ │ │ │ ├── ProjectsView.tsx │ │ │ │ └── ProjectsViewWithBoundary.tsx │ │ │ ├── settings/ │ │ │ │ ├── migrations/ │ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ │ ├── MigrationStatusCard.tsx │ │ │ │ │ │ └── PendingMigrationsModal.tsx │ │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ │ └── useMigrationQueries.ts │ │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ │ └── migrationService.ts │ │ │ │ │ └── types/ │ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ │ └── version/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ ├── UpdateBanner.tsx │ │ │ │ │ └── VersionStatusCard.tsx │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ └── useVersionQueries.ts │ │ │ │ ├── services/ │ │ │ │ │ └── versionService.ts │ │ │ │ └── types/ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── shared/ │ │ │ │ ├── api/ │ │ │ │ │ ├── apiClient.ts │ │ │ │ │ └── tests/ │ │ │ │ │ └── apiClient.test.ts │ │ │ │ ├── config/ │ │ │ │ │ ├── queryClient.ts │ │ │ │ │ └── queryPatterns.ts │ │ │ │ ├── hooks/ │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ │ │ └── useSmartPolling.test.ts │ │ │ │ │ ├── useSmartPolling.ts │ │ │ │ │ ├── useThemeAware.ts │ │ │ │ │ └── useToast.ts │ │ │ │ ├── types/ │ │ │ │ │ └── errors.ts │ │ │ │ └── utils/ │ │ │ │ ├── clipboard.ts │ │ │ │ ├── optimistic.ts │ │ │ │ └── tests/ │ │ │ │ └── optimistic.test.ts │ │ │ ├── style-guide/ │ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ │ └── StyleGuideView.tsx │ │ │ │ ├── components.json │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── layouts/ │ │ │ │ │ ├── AgentWorkOrderExample.tsx │ │ │ │ │ ├── AgentWorkOrderLayoutExample.tsx │ │ │ │ │ ├── DocumentBrowserExample.tsx │ │ │ │ │ ├── KnowledgeLayoutExample.tsx │ │ │ │ │ ├── NavigationExplanation.tsx │ │ │ │ │ ├── ProjectsLayoutExample.tsx │ │ │ │ │ ├── SettingsLayoutExample.tsx │ │ │ │ │ └── components/ │ │ │ │ │ ├── ExecutionLogsExample.tsx │ │ │ │ │ ├── RealTimeStatsExample.tsx │ │ │ │ │ ├── StepHistoryCard.tsx │ │ │ │ │ └── WorkflowStepButton.tsx │ │ │ │ ├── shared/ │ │ │ │ │ └── SideNavigation.tsx │ │ │ │ ├── showcases/ │ │ │ │ │ ├── StaticButtons.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticCards.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticColors.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticEffects.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticForms.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticSpacing.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticTables.tsx │ │ │ │ │ ├── StaticToggles.tsx │ │ │ │ │ └── StaticTypography.tsx │ │ │ │ ├── standards/ │ │ │ │ │ └── modalStandards.ts │ │ │ │ ├── tabs/ │ │ │ │ │ ├── LayoutsTab.tsx │ │ │ │ │ └── StyleGuideTab.tsx │ │ │ │ └── types/ │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── testing/ │ │ │ │ └── test-utils.tsx │ │ │ └── ui/ │ │ │ ├── components/ │ │ │ │ ├── DeleteConfirmModal.tsx │ │ │ │ ├── FeatureErrorBoundary.tsx │ │ │ │ ├── ToastProvider.tsx │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ └── primitives/ │ │ │ ├── OptimisticIndicator.tsx │ │ │ ├── alert-dialog.tsx │ │ │ ├── button.tsx │ │ │ ├── card.tsx │ │ │ ├── checkbox.tsx │ │ │ ├── combobox.tsx │ │ │ ├── data-card.tsx │ │ │ ├── dialog.tsx │ │ │ ├── draggable-card.tsx │ │ │ ├── dropdown-menu.tsx │ │ │ ├── grouped-card.tsx │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── input.tsx │ │ │ ├── inspector-dialog.tsx │ │ │ ├── label.tsx │ │ │ ├── pill-navigation.tsx │ │ │ ├── pill.tsx │ │ │ ├── radio-group.tsx │ │ │ ├── select.tsx │ │ │ ├── selectable-card.tsx │ │ │ ├── styles.ts │ │ │ ├── switch.tsx │ │ │ ├── tabs.tsx │ │ │ ├── toast.tsx │ │ │ ├── toggle-group.tsx │ │ │ └── tooltip.tsx │ │ ├── hooks/ │ │ │ ├── useBugReport.ts │ │ │ ├── useMigrationStatus.ts │ │ │ └── useStaggeredEntrance.ts │ │ ├── index.css │ │ ├── index.tsx │ │ ├── lib/ │ │ │ └── utils.ts │ │ ├── pages/ │ │ │ ├── AgentWorkOrderDetailPage.tsx │ │ │ ├── AgentWorkOrdersPage.tsx │ │ │ ├── KnowledgeBasePage.tsx │ │ │ ├── MCPPage.tsx │ │ │ ├── OnboardingPage.tsx │ │ │ ├── ProjectPage.tsx │ │ │ ├── SettingsPage.tsx │ │ │ └── StyleGuidePage.tsx │ │ ├── services/ │ │ │ ├── agentChatService.ts │ │ │ ├── bugReportService.ts │ │ │ ├── credentialsService.ts │ │ │ ├── ollamaService.ts │ │ │ ├── openrouterService.ts │ │ │ └── serverHealthService.ts │ │ ├── styles/ │ │ │ ├── card-animations.css │ │ │ ├── luminous-button.css │ │ │ └── toggle.css │ │ └── utils/ │ │ └── onboarding.ts │ ├── tailwind.config.js │ ├── tests/ │ │ ├── README.md │ │ ├── integration/ │ │ │ ├── knowledge/ │ │ │ │ ├── knowledge-api.test.ts │ │ │ │ └── progress-api.test.ts │ │ │ └── setup.ts │ │ ├── manual/ │ │ │ └── test-knowledge-api.ts │ │ └── setup.ts │ ├── tsconfig.json │ ├── tsconfig.node.json │ ├── tsconfig.prod.json │ ├── vite.config.ts │ ├── vitest.config.ts │ └── vitest.integration.config.ts ├── check-env.js ├── docker-compose.yml ├── migration/ │ ├── 0.1.0/ │ │ ├── 001_add_source_url_display_name.sql │ │ ├── 002_add_hybrid_search_tsvector.sql │ │ ├── 003_ollama_add_columns.sql │ │ ├── 004_ollama_migrate_data.sql │ │ ├── 005_ollama_create_functions.sql │ │ ├── 006_ollama_create_indexes_optional.sql │ │ ├── 007_add_priority_column_to_tasks.sql │ │ ├── 008_add_migration_tracking.sql │ │ ├── 009_add_cascade_delete_constraints.sql │ │ ├── 010_add_provider_placeholders.sql │ │ ├── 011_add_page_metadata_table.sql │ │ └── DB_UPGRADE_INSTRUCTIONS.md │ ├── AGENT_WORK_ORDERS.md │ ├── RESET_DB.sql │ ├── agent_work_orders_repositories.sql │ ├── agent_work_orders_state.sql │ ├── backup_database.sql │ └── complete_setup.sql └── python/ ├── .claude/ │ └── commands/ │ └── agent-work-orders/ │ ├── commit.md │ ├── create-branch.md │ ├── create-pr.md │ ├── execute.md │ ├── noqa.md │ ├── planning.md │ ├── prime.md │ ├── prp-review.md │ └── start-server.md ├── .dockerignore ├── .gitignore ├── Dockerfile.agent-work-orders ├── Dockerfile.agents ├── Dockerfile.mcp ├── Dockerfile.server ├── pyproject.toml ├── pyrightconfig.json ├── pytest.ini ├── src/ │ ├── __init__.py │ ├── agent_work_orders/ │ │ ├── CLAUDE.md │ │ ├── README.md │ │ ├── __init__.py │ │ ├── agent_executor/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── agent_cli_executor.py │ │ ├── api/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── routes.py │ │ │ └── sse_streams.py │ │ ├── command_loader/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── claude_command_loader.py │ │ ├── config.py │ │ ├── database/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── client.py │ │ ├── github_integration/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── github_client.py │ │ ├── main.py │ │ ├── models.py │ │ ├── sandbox_manager/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── git_branch_sandbox.py │ │ │ ├── git_worktree_sandbox.py │ │ │ ├── sandbox_factory.py │ │ │ └── sandbox_protocol.py │ │ ├── server.py │ │ ├── state_manager/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── file_state_repository.py │ │ │ ├── repository_config_repository.py │ │ │ ├── repository_factory.py │ │ │ ├── supabase_repository.py │ │ │ └── work_order_repository.py │ │ ├── utils/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── git_operations.py │ │ │ ├── id_generator.py │ │ │ ├── log_buffer.py │ │ │ ├── port_allocation.py │ │ │ ├── state_reconciliation.py │ │ │ ├── structured_logger.py │ │ │ └── worktree_operations.py │ │ └── workflow_engine/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── agent_names.py │ │ ├── workflow_operations.py │ │ └── workflow_orchestrator.py │ ├── agents/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── base_agent.py │ │ ├── document_agent.py │ │ ├── mcp_client.py │ │ ├── rag_agent.py │ │ └── server.py │ ├── mcp_server/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── features/ │ │ │ ├── documents/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ ├── document_tools.py │ │ │ │ └── version_tools.py │ │ │ ├── feature_tools.py │ │ │ ├── projects/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ └── project_tools.py │ │ │ ├── rag/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ └── rag_tools.py │ │ │ └── tasks/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── task_tools.py │ │ ├── mcp_server.py │ │ ├── models.py │ │ └── utils/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── error_handling.py │ │ ├── http_client.py │ │ └── timeout_config.py │ └── server/ │ ├── __init__.py │ ├── api_routes/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── agent_chat_api.py │ │ ├── agent_work_orders_proxy.py │ │ ├── bug_report_api.py │ │ ├── internal_api.py │ │ ├── knowledge_api.py │ │ ├── mcp_api.py │ │ ├── migration_api.py │ │ ├── ollama_api.py │ │ ├── openrouter_api.py │ │ ├── pages_api.py │ │ ├── progress_api.py │ │ ├── projects_api.py │ │ ├── providers_api.py │ │ ├── settings_api.py │ │ └── version_api.py │ ├── config/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── config.py │ │ ├── logfire_config.py │ │ ├── service_discovery.py │ │ └── version.py │ ├── main.py │ ├── middleware/ │ │ └── logging_middleware.py │ ├── models/ │ │ └── progress_models.py │ ├── services/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── client_manager.py │ │ ├── crawler_manager.py │ │ ├── crawling/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── code_extraction_service.py │ │ │ ├── crawling_service.py │ │ │ ├── discovery_service.py │ │ │ ├── document_storage_operations.py │ │ │ ├── helpers/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ ├── llms_full_parser.py │ │ │ │ ├── site_config.py │ │ │ │ └── url_handler.py │ │ │ ├── page_storage_operations.py │ │ │ ├── progress_mapper.py │ │ │ └── strategies/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── batch.py │ │ │ ├── recursive.py │ │ │ ├── single_page.py │ │ │ └── sitemap.py │ │ ├── credential_service.py │ │ ├── embeddings/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── contextual_embedding_service.py │ │ │ ├── embedding_exceptions.py │ │ │ ├── embedding_service.py │ │ │ ├── multi_dimensional_embedding_service.py │ │ │ └── provider_error_adapters.py │ │ ├── knowledge/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── database_metrics_service.py │ │ │ ├── knowledge_item_service.py │ │ │ └── knowledge_summary_service.py │ │ ├── llm_provider_service.py │ │ ├── mcp_service_client.py │ │ ├── mcp_session_manager.py │ │ ├── migration_service.py │ │ ├── ollama/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── embedding_router.py │ │ │ └── model_discovery_service.py │ │ ├── openrouter_discovery_service.py │ │ ├── projects/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── document_service.py │ │ │ ├── project_creation_service.py │ │ │ ├── project_service.py │ │ │ ├── source_linking_service.py │ │ │ ├── task_service.py │ │ │ └── versioning_service.py │ │ ├── prompt_service.py │ │ ├── provider_discovery_service.py │ │ ├── search/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── agentic_rag_strategy.py │ │ │ ├── base_search_strategy.py │ │ │ ├── hybrid_search_strategy.py │ │ │ ├── keyword_extractor.py │ │ │ ├── rag_service.py │ │ │ └── reranking_strategy.py │ │ ├── source_management_service.py │ │ ├── storage/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── base_storage_service.py │ │ │ ├── code_storage_service.py │ │ │ ├── document_storage_service.py │ │ │ └── storage_services.py │ │ ├── threading_service.py │ │ └── version_service.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ ├── document_processing.py │ ├── etag_utils.py │ ├── progress/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── progress_tracker.py │ └── semantic_version.py └── tests/ ├── __init__.py ├── agent_work_orders/ │ ├── conftest.py │ ├── pytest.ini │ ├── test_agent_executor.py │ ├── test_api.py │ ├── test_command_loader.py │ ├── test_config.py │ ├── test_github_integration.py │ ├── test_id_generator.py │ ├── test_log_buffer.py │ ├── test_models.py │ ├── test_port_allocation.py │ ├── test_repository_config_repository.py │ ├── test_sandbox_manager.py │ ├── test_server.py │ ├── test_sse_streams.py │ ├── test_state_manager.py │ ├── test_workflow_operations.py │ └── test_workflow_orchestrator.py ├── conftest.py ├── mcp_server/ │ ├── __init__.py │ ├── features/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── documents/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── test_document_tools.py │ │ │ └── test_version_tools.py │ │ ├── projects/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── test_project_tools.py │ │ ├── tasks/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── test_task_tools.py │ │ └── test_feature_tools.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ ├── test_error_handling.py │ └── test_timeout_config.py ├── progress_tracking/ │ ├── __init__.py │ ├── integration/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_crawl_orchestration_progress.py │ │ └── test_document_storage_progress.py │ ├── test_batch_progress_bug.py │ ├── test_progress_api.py │ ├── test_progress_mapper.py │ ├── test_progress_models.py │ ├── test_progress_tracker.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ └── test_helpers.py ├── server/ │ ├── __init__.py │ ├── api_routes/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_bug_report_api.py │ │ ├── test_mcp_api.py │ │ ├── test_migration_api.py │ │ ├── test_projects_api_polling.py │ │ └── test_version_api.py │ ├── services/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── projects/ │ │ │ └── __init__.py │ │ ├── test_llms_full_parser.py │ │ ├── test_migration_service.py │ │ └── test_version_service.py │ └── utils/ │ ├── __init__.py │ └── test_etag_utils.py ├── test_api_essentials.py ├── test_async_credential_service.py ├── test_async_embedding_service.py ├── test_async_llm_provider_service.py ├── test_async_source_summary.py ├── test_business_logic.py ├── test_code_extraction_source_id.py ├── test_crawl_orchestration_isolated.py ├── test_crawling_service_subdomain.py ├── test_discovery_service.py ├── test_document_storage_metrics.py ├── test_embedding_service_no_zeros.py ├── test_keyword_extraction.py ├── test_knowledge_api_integration.py ├── test_knowledge_api_pagination.py ├── test_llms_txt_link_following.py ├── test_openrouter_discovery.py ├── test_port_configuration.py ├── test_progress_api.py ├── test_rag_simple.py ├── test_rag_strategies.py ├── test_service_integration.py ├── test_settings_api.py ├── test_source_id_refactor.py ├── test_source_race_condition.py ├── test_source_url_shadowing.py ├── test_supabase_validation.py ├── test_task_counts.py ├── test_token_optimization.py ├── test_token_optimization_integration.py ├── test_url_canonicalization.py └── test_url_handler.py