gitextract_fn4npz16/ ├── .github/ │ ├── CONTRIBUTING.md │ ├── ISSUE_TEMPLATE.md │ ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md │ └── workflows/ │ ├── planemo.yml │ ├── pypi.yml │ └── test.yml ├── .gitignore ├── .planemo.sh ├── .readthedocs.yaml ├── CHANGES.txt ├── LICENSE.txt ├── MANIFEST.in ├── README.md ├── README.rst ├── deeptools/ │ ├── SES_scaleFactor.py │ ├── __init__.py │ ├── alignmentSieve.py │ ├── bamCompare.py │ ├── bamCoverage.py │ ├── bamHandler.py │ ├── bamPEFragmentSize.py │ ├── bigwigAverage.py │ ├── bigwigCompare.py │ ├── cm.py │ ├── computeGCBias.py │ ├── computeMatrix.py │ ├── computeMatrixOperations.py │ ├── correctGCBias.py │ ├── correlation.py │ ├── correlation_heatmap.py │ ├── countReadsPerBin.py │ ├── deeptools_list_tools.py │ ├── estimateReadFiltering.py │ ├── estimateScaleFactor.py │ ├── getFragmentAndReadSize.py │ ├── getRatio.py │ ├── getScaleFactor.py │ ├── getScorePerBigWigBin.py │ ├── heatmapper.py │ ├── heatmapper_utilities.py │ ├── mapReduce.py │ ├── misc.py │ ├── multiBamSummary.py │ ├── multiBigwigSummary.py │ ├── parserCommon.py │ ├── plotCorrelation.py │ ├── plotCoverage.py │ ├── plotEnrichment.py │ ├── plotFingerprint.py │ ├── plotHeatmap.py │ ├── plotPCA.py │ ├── plotProfile.py │ ├── sumCoveragePerBin.py │ ├── test/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── skiptest_heatmapper_images.py │ │ ├── test_bamCoverage_and_bamCompare.py │ │ ├── test_bigwigAverage.py │ │ ├── test_bigwigCompare_and_multiBigwigSummary.py │ │ ├── test_computeMatrixOperations.py │ │ ├── test_corrGC/ │ │ │ ├── R_gc │ │ │ ├── R_gc_paired.txt │ │ │ ├── extra_sampling.bed │ │ │ ├── filter_out.bed │ │ │ ├── frequencies_data.txt │ │ │ ├── mappability.bg │ │ │ ├── mappability.bw │ │ │ ├── paired.bam │ │ │ ├── paired.bam.bai │ │ │ ├── sequence.2bit │ │ │ ├── sequence.fa │ │ │ ├── sequence.fa.fai │ │ │ ├── sizes │ │ │ ├── test.bam │ │ │ ├── test.bam.bai │ │ │ ├── test.sam │ │ │ ├── test_paired.bam │ │ │ ├── test_paired.bam.bai │ │ │ └── test_paired.sam │ │ ├── test_countReadsPerBin.py │ │ ├── test_data/ │ │ │ ├── computeMatrixOperations.bed │ │ │ ├── make_test_data.sh │ │ │ ├── test.bed3 │ │ │ ├── test.gtf │ │ │ ├── test1.bam │ │ │ ├── test1.bam.bai │ │ │ ├── test1.bg │ │ │ ├── test1.bw.bw │ │ │ ├── test1.cram │ │ │ ├── test1.cram.crai │ │ │ ├── test1.fa │ │ │ ├── test1.fa.fai │ │ │ ├── test1.sam │ │ │ ├── test2.bam │ │ │ ├── test2.bam.bai │ │ │ ├── test2.bg │ │ │ ├── test2.cram │ │ │ ├── test2.cram.crai │ │ │ ├── test2.sam │ │ │ ├── testA.bam │ │ │ ├── testA.bam.bai │ │ │ ├── testA.bw │ │ │ ├── testA.cram │ │ │ ├── testA.cram.crai │ │ │ ├── testA.fa │ │ │ ├── testA.fa.fai │ │ │ ├── testA.sam │ │ │ ├── testA_offset-1.bw │ │ │ ├── testA_offset1.bw │ │ │ ├── testA_offset1_10.bw │ │ │ ├── testA_offset20_-4.bw │ │ │ ├── testA_skipNAs.bw │ │ │ ├── testB.bam │ │ │ ├── testB.bam.bai │ │ │ ├── testB.bw │ │ │ ├── testB.cram │ │ │ ├── testB.cram.crai │ │ │ ├── testB.fa │ │ │ ├── testB.fa.fai │ │ │ ├── testB.sam │ │ │ ├── testB_skipNAs.bw │ │ │ ├── test_filtering.bam │ │ │ ├── test_filtering.bam.bai │ │ │ ├── test_filtering.blacklist.bed │ │ │ ├── test_filtering.cram │ │ │ ├── test_filtering.cram.crai │ │ │ ├── test_filtering.fa │ │ │ ├── test_filtering.fa.fai │ │ │ ├── test_filtering2.bam │ │ │ ├── test_filtering2.bam.bai │ │ │ ├── test_filtering2.cram │ │ │ ├── test_filtering2.cram.crai │ │ │ ├── test_paired.bam │ │ │ ├── test_paired.bam.bai │ │ │ ├── test_paired.sam │ │ │ ├── test_paired2.bam │ │ │ ├── test_paired2.bam.bai │ │ │ ├── test_paired2.bw │ │ │ ├── test_paired2.cram │ │ │ ├── test_paired2.cram.crai │ │ │ ├── test_paired2.fa │ │ │ ├── test_paired2.fa.fai │ │ │ ├── test_paired2.sam │ │ │ ├── test_proper_pair_filtering.bam │ │ │ └── test_proper_pair_filtering.bam.bai │ │ ├── test_heatmapper/ │ │ │ ├── group1.bed │ │ │ ├── group2.bed │ │ │ ├── make_test_data.sh │ │ │ ├── master.mat │ │ │ ├── master.tab │ │ │ ├── master_TES.mat │ │ │ ├── master_center.mat │ │ │ ├── master_extend_beyond_chr_size.mat │ │ │ ├── master_gtf.mat │ │ │ ├── master_metagene.mat │ │ │ ├── master_multi.mat │ │ │ ├── master_multibed.mat │ │ │ ├── master_nan_to_zero.mat │ │ │ ├── master_scale_reg.mat │ │ │ ├── master_unscaled.mat │ │ │ ├── out.bed │ │ │ ├── test.bed │ │ │ ├── test.bg │ │ │ ├── test.bw │ │ │ ├── test.sizes │ │ │ ├── test2.bed │ │ │ ├── unscaled.bed │ │ │ └── unscaled.bigWig │ │ ├── test_heatmapper.py │ │ ├── test_multiBamSummary.py │ │ ├── test_plotCoverage/ │ │ │ ├── make_test_files.sh │ │ │ └── outRawCounts_default.tabular │ │ ├── test_plotCoverage.py │ │ ├── test_readFiltering.py │ │ ├── test_tools.py │ │ └── test_writeBedGraph.py │ ├── utilities.py │ ├── writeBedGraph.py │ └── writeBedGraph_bam_and_bw.py ├── docs/ │ ├── Makefile │ ├── _static/ │ │ ├── welcome_base.css │ │ ├── welcome_owl.carousel.css │ │ └── welcome_owl.carousel.theme.css │ ├── conf.py │ ├── content/ │ │ ├── about.rst │ │ ├── advanced_features.rst │ │ ├── api.rst │ │ ├── changelog.rst │ │ ├── example_api_tutorial.rst │ │ ├── example_gallery.rst │ │ ├── example_step_by_step.rst │ │ ├── example_usage.rst │ │ ├── feature/ │ │ │ ├── blacklist.rst │ │ │ ├── effectiveGenomeSize.rst │ │ │ ├── metagene.rst │ │ │ ├── plotFingerprint_QC_metrics.rst │ │ │ ├── plotly.rst │ │ │ ├── read_extension.rst │ │ │ ├── read_offsets.rst │ │ │ └── unscaled_regions.rst │ │ ├── help_faq.rst │ │ ├── help_faq_galaxy.rst │ │ ├── help_galaxy_dataup.rst │ │ ├── help_galaxy_deeptools.rst │ │ ├── help_galaxy_intro.rst │ │ ├── help_glossary.rst │ │ ├── installation.rst │ │ ├── list_of_tools.rst │ │ └── tools/ │ │ ├── alignmentSieve.rst │ │ ├── bamCompare.rst │ │ ├── bamCoverage.rst │ │ ├── bamPEFragmentSize.rst │ │ ├── bigwigAverage.rst │ │ ├── bigwigCompare.rst │ │ ├── computeGCBias.rst │ │ ├── computeMatrix.rst │ │ ├── computeMatrixOperations.rst │ │ ├── correctGCBias.rst │ │ ├── estimateReadFiltering.rst │ │ ├── multiBamSummary.rst │ │ ├── multiBigwigSummary.rst │ │ ├── plotCorrelation.rst │ │ ├── plotCoverage.rst │ │ ├── plotEnrichment.rst │ │ ├── plotFingerprint.rst │ │ ├── plotHeatmap.rst │ │ ├── plotPCA.rst │ │ └── plotProfile.rst │ ├── images/ │ │ └── gallery/ │ │ └── Whyte_TypicalEnhancers_ESC.bed │ ├── index.rst │ ├── requirements.txt │ └── source/ │ ├── _templates/ │ │ └── layout.html │ ├── deeptools.rst │ └── modules.rst ├── galaxy/ │ ├── workflows/ │ │ ├── 1_BAM_file_TO_Heatmap_of_read_coverages.ga │ │ ├── 2_BAM_files_TO_clustered_Heatmap_of_read_coverages.ga │ │ ├── Add_chr_to_first_column_of_a_6_columns_BED_file.ga │ │ ├── Clustered_heatmap_of_signals_around_the_TSSs__1_bigWig_TO_heatmap.ga │ │ ├── Compute_and_correct_GC_bias.ga │ │ ├── Remove_chr_from_the_beginning_of_genomic_interval_files.ga │ │ ├── readme.rst │ │ └── repository_dependencies.xml │ └── wrapper/ │ ├── .shed.yml │ ├── alignmentSieve.xml │ ├── bamCompare.xml │ ├── bamCoverage.xml │ ├── bamPEFragmentSize.xml │ ├── bigwigAverage.xml │ ├── bigwigCompare.xml │ ├── computeGCBias.xml │ ├── computeMatrix.xml │ ├── computeMatrixOperations.xml │ ├── correctGCBias.xml │ ├── deepTools_macros.xml │ ├── estimateReadFiltering.xml │ ├── multiBamSummary.xml │ ├── multiBigwigSummary.xml │ ├── plotCorrelation.xml │ ├── plotCoverage.xml │ ├── plotEnrichment.xml │ ├── plotFingerprint.xml │ ├── plotHeatmap.xml │ ├── plotPCA.xml │ ├── plotProfiler.xml │ ├── test-data/ │ │ ├── alignmentSieve.bam │ │ ├── alignmentSieve.bed │ │ ├── alignmentSieve.txt │ │ ├── alignmentSieve2.bam │ │ ├── alignmentSieve3.bam │ │ ├── bamCompare_result1.bg │ │ ├── bamCompare_result2.bw │ │ ├── bamCoverage_result1.bw │ │ ├── bamCoverage_result2.bw │ │ ├── bamCoverage_result3.bg │ │ ├── bamCoverage_result4.bg │ │ ├── bamCoverage_result4.bw │ │ ├── bamCoverage_result5.bw │ │ ├── bamCoverage_result6.bw │ │ ├── bamPEFragmentSize_lengths1.txt │ │ ├── bamPEFragmentSize_result1.txt │ │ ├── bamPEFragmentSize_table1.txt │ │ ├── bigwigAverage2.bw │ │ ├── bigwigCompare_result1.bw │ │ ├── bigwigCompare_result2.bg │ │ ├── bowtie2 test1.bam │ │ ├── computeGCBias_result1.tabular │ │ ├── computeMatrix1.bed │ │ ├── computeMatrix2.bed │ │ ├── computeMatrix2.bw │ │ ├── computeMatrixOperations.txt │ │ ├── correctGCBias_result1.bam │ │ ├── estimateReadFiltering.txt │ │ ├── heatmapper_result2.tabular │ │ ├── multiBamSummary_regions.bed │ │ ├── multiBamSummary_result1.npz │ │ ├── multiBamSummary_result2.npz │ │ ├── multiBamSummary_result2b.npz │ │ ├── multiBigwigSummary_result1.npz │ │ ├── multiBigwigSummary_result2.npz │ │ ├── multiBigwigSummary_result2.tabular │ │ ├── paired_chr2L.bam │ │ ├── paired_chr2L.cram │ │ ├── phiX.2bit │ │ ├── phiX.bam │ │ ├── phiX.bam.bai │ │ ├── phiX.fasta │ │ ├── plotCorrelation_result1.tabular │ │ ├── plotCoverage.metrics │ │ ├── plotCoverage_result1.tabular │ │ ├── plotEnrichment_output.txt │ │ ├── plotFingerprint_quality_metrics.tabular │ │ ├── plotFingerprint_result2.tabular │ │ ├── plotPCA_result2.tabular │ │ ├── profiler_result2.tabular │ │ ├── sequence.2bit │ │ ├── test.bw │ │ ├── test_compated.bw │ │ └── test_half.bw │ ├── tool-data/ │ │ ├── deepTools_seqs.loc.sample │ │ └── lastz_seqs.loc.sample │ └── tool_data_table_conf.xml.sample ├── gallery/ │ └── Whyte_TypicalEnhancers_ESC.bed ├── pyproject.toml └── scripts/ ├── convertChromsBigWig.py ├── mappabilityBigWig_to_unmappableBed.sh └── split_bed_into_multiple_files.py