gitextract_swixnm2d/

├── .gitignore
├── Demos/
│   ├── Biochemical and  Chemical Similarity Networks/
│   │   ├── Edge list.xlsx
│   │   ├── Node attributes.xlsx
│   │   ├── Tutorial- Building Biochemical and Chemical Similarity Based Networks .r
│   │   ├── Tutorial- Building Biochemical and Chemical Similarity Networks.pptx
│   │   └── partial network.cys
│   ├── Data Analysis Workflow/
│   │   ├── data/
│   │   │   └── data cube
│   │   ├── data analysis workflow.R
│   │   ├── images/
│   │   │   └── hsa00010.xml
│   │   ├── report/
│   │   │   ├── Data Analysis Workflows 2  2015.pptx
│   │   │   ├── Data Analysis Workflows 2015.pptx
│   │   │   ├── Data Analysis Workflows part 1 2015.pptx
│   │   │   ├── Data Analysis Workflows part 2 2015.pptx
│   │   │   ├── hsa00010.xml
│   │   │   ├── report.Rmd
│   │   │   ├── report.html
│   │   │   └── report.md
│   │   └── results/
│   │       ├── IMPaLA_results.csv
│   │       ├── statistical_results.csv
│   │       └── statistical_results_sig.csv
│   ├── Introduction to Network Mapping/
│   │   ├── Demonstration.pptx
│   │   ├── biochem network edge list.xlsx
│   │   ├── biochem network node attributes.xlsx
│   │   ├── biochemical network.cys
│   │   ├── name edge list.xlsx
│   │   ├── name network.cys
│   │   └── node attributes.xlsx
│   ├── Mapped Network From Data (Biochemical and Structural)/
│   │   ├── .RData
│   │   ├── data.csv
│   │   ├── edge.list.csv
│   │   ├── network code.r
│   │   ├── network visualization.cys
│   │   ├── node.attributes.csv
│   │   ├── node.attributes.xls
│   │   ├── sample info.csv
│   │   ├── statistics.csv
│   │   └── variable info.csv
│   ├── Pathway Analysis/
│   │   ├── .xml
│   │   ├── KEGG Pathway Enrichment.Rmd
│   │   ├── KEGG Pathway Enrichment.html
│   │   ├── KEGG Pathway Enrichment.md
│   │   ├── ath00020.xml
│   │   ├── ath00260.path
│   │   ├── ath00260.xml
│   │   ├── ath00650.xml
│   │   ├── athp
│   │   └── hsa00010.xml
│   ├── Predictive Modeling/
│   │   ├── Iris O-PLS-DA/
│   │   │   ├── O-PLS modeling of Iris data.Rmd
│   │   │   ├── O-PLS modeling of Iris data.html
│   │   │   ├── O-PLS modeling of Iris data.md
│   │   │   ├── O-PLS_modeling_of_Iris_data.html
│   │   │   ├── O-PLS_modeling_of_Iris_data.md
│   │   │   └── demo.r
│   │   ├── O-PLS/
│   │   │   ├── OPLS example.Rmd
│   │   │   ├── OPLS_example.html
│   │   │   └── OPLS_example.md
│   │   └── Single and multiple Y O-PLS modeling/
│   │       ├── OPLS example.Rmd
│   │       ├── OPLS example.html
│   │       ├── OPLS example.md
│   │       └── OPLS example.r
│   ├── R Programming/
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│   │   ├── Covariate Adjustment.md
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│   ├── Translating Between Chemical Identifiers/
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│       ├── benchmark results
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│       │   └── benchmark results
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├── README.html
├── README.md
├── TeachingDemos.Rproj
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