gitextract_5jlzvvp_/

├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── __init__.py
├── biobert_ner/
│   ├── __init__.py
│   ├── conf/
│   │   ├── bert_config.json
│   │   └── vocab.txt
│   ├── fast_predict2.py
│   ├── modeling.py
│   ├── ops.py
│   ├── run_ner.py
│   ├── tokenization.py
│   └── utils.py
├── convert.py
├── download.py
├── load_dicts.sh
├── normalize.py
├── normalizers/
│   ├── __init__.py
│   ├── chemical_normalizer.py
│   ├── gene_auxiliary_normalizer.py
│   ├── miRNA_normalizer.py
│   ├── mutation_normalizer.py
│   ├── pathway_normalizer.py
│   └── species_normalizer.py
├── requirements.txt
├── scripts/
│   ├── bern_checker.sh
│   ├── download_biobert_ner_models.sh
│   └── download_norm.sh
├── server.py
├── service_checker.py
├── stop_normalizers.sh
└── utils.py