gitextract_nqf_jr3r/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   ├── .gitignore
│   └── workflows/
│       └── check-bioc.yml
├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── add_exon_number.R
│   ├── add_utr.R
│   ├── data.R
│   ├── geom_half_range.R
│   ├── geom_intron.R
│   ├── geom_junction.R
│   ├── geom_junction_label_repel.R
│   ├── geom_range.R
│   ├── ggtranscript-package.R
│   ├── globals.R
│   ├── shorten_gaps.R
│   ├── to_diff.R
│   ├── to_intron.R
│   └── utils.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── codecov.yml
├── data/
│   ├── pknox1_annotation.rda
│   ├── sod1_annotation.rda
│   └── sod1_junctions.rda
├── data-raw/
│   ├── ggplot2_exts_thumbnail.R
│   ├── ggtranscript_logo.R
│   ├── sod1_junctions.R
│   └── sod1_pknox1_annotation.R
├── inst/
│   └── CITATION
├── man/
│   ├── add_exon_number.Rd
│   ├── add_utr.Rd
│   ├── geom_intron.Rd
│   ├── geom_junction.Rd
│   ├── geom_junction_label_repel.Rd
│   ├── geom_range.Rd
│   ├── ggtranscript.Rd
│   ├── shorten_gaps.Rd
│   ├── sod1_annotation.Rd
│   ├── sod1_junctions.Rd
│   ├── to_diff.Rd
│   └── to_intron.Rd
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── test-add_exon_number.R
│   │   ├── test-add_utr.R
│   │   ├── test-geom_half_range.R
│   │   ├── test-geom_intron.R
│   │   ├── test-geom_junction.R
│   │   ├── test-geom_junction_label_repel.R
│   │   ├── test-geom_range.R
│   │   ├── test-shorten_gaps.R
│   │   ├── test-to_diff.R
│   │   ├── test-to_intron.R
│   │   └── test-utils.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── .gitignore
    └── ggtranscript.Rmd