gitextract_jpidflln/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   ├── .gitignore
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   └── workflows/
│       └── R-CMD-check.yaml
├── .gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE.md
├── Makefile
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── 00_S7init.R
│   ├── 01_ExecutionConfig.R
│   ├── 02_Hyperparameters.R
│   ├── 03_Metrics.R
│   ├── 04_Preprocessor.R
│   ├── 05_Resampler.R
│   ├── 06_Tuner.R
│   ├── 07_Supervised.R
│   ├── 08_MassUni.R
│   ├── 09_ClusteringConfig.R
│   ├── 10_Clustering.R
│   ├── 11_DecompositionConfig.R
│   ├── 12_Decomposition.R
│   ├── 13_Themes.R
│   ├── 14_SuperConfig.R
│   ├── 15_CheckData.R
│   ├── 16_S7utils.R
│   ├── algorithmDB.R
│   ├── calibrate.R
│   ├── check_data.R
│   ├── check_input_data.R
│   ├── cluster.R
│   ├── cluster_CMeans.R
│   ├── cluster_DBSCAN.R
│   ├── cluster_flexclust.R
│   ├── data_xt_example.R
│   ├── ddSci.R
│   ├── ddb.R
│   ├── decomp.R
│   ├── decomp_ICA.R
│   ├── decomp_Isomap.R
│   ├── decomp_NMF.R
│   ├── decomp_PCA.R
│   ├── decomp_UMAP.R
│   ├── decomp_tSNE.R
│   ├── draw_3Dscatter.R
│   ├── draw_bar.R
│   ├── draw_box.R
│   ├── draw_calibration.R
│   ├── draw_confusion.R
│   ├── draw_dist.R
│   ├── draw_graphd3.R
│   ├── draw_graphjs.R
│   ├── draw_heatmap.R
│   ├── draw_leaflet.R
│   ├── draw_pie.R
│   ├── draw_protein.R
│   ├── draw_pvals.R
│   ├── draw_roc.R
│   ├── draw_scatter.R
│   ├── draw_spectrogram.R
│   ├── draw_survfit.R
│   ├── draw_table.R
│   ├── draw_ts.R
│   ├── draw_varimp.R
│   ├── draw_volcano.R
│   ├── draw_xt.R
│   ├── fmt.R
│   ├── ifw.R
│   ├── massGLM.R
│   ├── metrics.R
│   ├── msg.R
│   ├── preprocess.R
│   ├── present.R
│   ├── read.R
│   ├── resample.R
│   ├── rtemis-package.R
│   ├── rtemis_color_system.R
│   ├── theme.R
│   ├── train.R
│   ├── train_CART.R
│   ├── train_GAM.R
│   ├── train_GLM.R
│   ├── train_GLMNET.R
│   ├── train_Isotonic.R
│   ├── train_LightCART.R
│   ├── train_LightGBM.R
│   ├── train_LightRF.R
│   ├── train_LightRuleFit.R
│   ├── train_Ranger.R
│   ├── train_SVM.R
│   ├── train_TabNet.R
│   ├── tune.R
│   ├── tune_GridSearch.R
│   ├── utils.R
│   ├── utils_art.R
│   ├── utils_async.R
│   ├── utils_checks.R
│   ├── utils_color.R
│   ├── utils_data.R
│   ├── utils_data.table.R
│   ├── utils_date.R
│   ├── utils_df.R
│   ├── utils_exec.R
│   ├── utils_files.R
│   ├── utils_html.R
│   ├── utils_io.R
│   ├── utils_lightgbm.R
│   ├── utils_palettes.R
│   ├── utils_plot.R
│   ├── utils_plotly.R
│   ├── utils_print.R
│   ├── utils_rt.R
│   ├── utils_rules.R
│   ├── utils_strings.R
│   ├── utils_supervised.R
│   ├── utils_uniprot.R
│   ├── utils_xt.R
│   └── zzz.R
├── README.md
├── data/
│   └── xt_example.rda
├── data-raw/
│   └── create_xt_example.R
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── extdata/
│   │   ├── us-counties.rds
│   │   └── us-states.rds
│   └── resources/
│       ├── aminoacids.rds
│       ├── rtemis.utf8
│       └── rtemis2.utf8
├── man/
│   ├── available_algorithms.Rd
│   ├── available_draw.Rd
│   ├── available_themes.Rd
│   ├── calibrate.Rd
│   ├── check_data.Rd
│   ├── choose_theme.Rd
│   ├── class_imbalance.Rd
│   ├── classification_metrics.Rd
│   ├── clean_colnames.Rd
│   ├── clean_names.Rd
│   ├── cluster.Rd
│   ├── col2grayscale.Rd
│   ├── color_adjust.Rd
│   ├── ddSci.Rd
│   ├── ddb_collect.Rd
│   ├── ddb_data.Rd
│   ├── decomp.Rd
│   ├── describe.Rd
│   ├── df_movecolumn.Rd
│   ├── df_nunique_perfeat.Rd
│   ├── dot-list_to_Hyperparameters.Rd
│   ├── dot-list_to_ResamplerConfig.Rd
│   ├── dot-list_to_TunerConfig.Rd
│   ├── draw_3Dscatter.Rd
│   ├── draw_bar.Rd
│   ├── draw_box.Rd
│   ├── draw_calibration.Rd
│   ├── draw_confusion.Rd
│   ├── draw_dist.Rd
│   ├── draw_fit.Rd
│   ├── draw_graphD3.Rd
│   ├── draw_graphjs.Rd
│   ├── draw_heatmap.Rd
│   ├── draw_leaflet.Rd
│   ├── draw_pie.Rd
│   ├── draw_protein.Rd
│   ├── draw_pvals.Rd
│   ├── draw_roc.Rd
│   ├── draw_scatter.Rd
│   ├── draw_spectrogram.Rd
│   ├── draw_survfit.Rd
│   ├── draw_table.Rd
│   ├── draw_ts.Rd
│   ├── draw_varimp.Rd
│   ├── draw_volcano.Rd
│   ├── draw_xt.Rd
│   ├── dt_describe.Rd
│   ├── dt_inspect_types.Rd
│   ├── dt_keybin_reshape.Rd
│   ├── dt_merge.Rd
│   ├── dt_names_by_attr.Rd
│   ├── dt_nunique_perfeat.Rd
│   ├── dt_pctmatch.Rd
│   ├── dt_pctmissing.Rd
│   ├── dt_set_autotypes.Rd
│   ├── dt_set_clean_all.Rd
│   ├── dt_set_cleanfactorlevels.Rd
│   ├── dt_set_logical2factor.Rd
│   ├── dt_set_one_hot.Rd
│   ├── exc.Rd
│   ├── feature_matrix.Rd
│   ├── feature_names.Rd
│   ├── features.Rd
│   ├── get_factor_names.Rd
│   ├── get_mode.Rd
│   ├── get_msg_sink.Rd
│   ├── get_palette.Rd
│   ├── getnames.Rd
│   ├── getnamesandtypes.Rd
│   ├── grapes-BC-grapes.Rd
│   ├── inc.Rd
│   ├── index_col_by_attr.Rd
│   ├── init_project_dir.Rd
│   ├── inspect.Rd
│   ├── inspect_type.Rd
│   ├── is_constant.Rd
│   ├── labelify.Rd
│   ├── massGLM.Rd
│   ├── matchcases.Rd
│   ├── mgetnames.Rd
│   ├── names_by_class.Rd
│   ├── one_hot2factor.Rd
│   ├── outcome.Rd
│   ├── outcome_name.Rd
│   ├── plot.MassGLM.Rd
│   ├── plot_manhattan.Rd
│   ├── plot_roc.Rd
│   ├── plot_true_pred.Rd
│   ├── plot_varimp.Rd
│   ├── preprocess.Rd
│   ├── preprocessed.Rd
│   ├── present.Rd
│   ├── previewcolor.Rd
│   ├── read.Rd
│   ├── read_config.Rd
│   ├── regression_metrics.Rd
│   ├── resample.Rd
│   ├── rnormmat.Rd
│   ├── rtemis-package.Rd
│   ├── rtemis_colors.Rd
│   ├── rtversion.Rd
│   ├── runifmat.Rd
│   ├── set_msg_sink.Rd
│   ├── set_outcome.Rd
│   ├── setdiffsym.Rd
│   ├── setup_CART.Rd
│   ├── setup_CMeans.Rd
│   ├── setup_DBSCAN.Rd
│   ├── setup_ExecutionConfig.Rd
│   ├── setup_GAM.Rd
│   ├── setup_GLM.Rd
│   ├── setup_GLMNET.Rd
│   ├── setup_GridSearch.Rd
│   ├── setup_HardCL.Rd
│   ├── setup_ICA.Rd
│   ├── setup_Isomap.Rd
│   ├── setup_Isotonic.Rd
│   ├── setup_KMeans.Rd
│   ├── setup_LightCART.Rd
│   ├── setup_LightGBM.Rd
│   ├── setup_LightRF.Rd
│   ├── setup_LightRuleFit.Rd
│   ├── setup_LinearSVM.Rd
│   ├── setup_NMF.Rd
│   ├── setup_NeuralGas.Rd
│   ├── setup_PCA.Rd
│   ├── setup_Preprocessor.Rd
│   ├── setup_RadialSVM.Rd
│   ├── setup_Ranger.Rd
│   ├── setup_Resampler.Rd
│   ├── setup_SuperConfig.Rd
│   ├── setup_SuperConfigLive.Rd
│   ├── setup_TabNet.Rd
│   ├── setup_UMAP.Rd
│   ├── setup_tSNE.Rd
│   ├── size.Rd
│   ├── table_column_attr.Rd
│   ├── theme.Rd
│   ├── to_json.Rd
│   ├── train.Rd
│   ├── uniprot_get.Rd
│   ├── with_msg_sink.Rd
│   ├── write_toml.Rd
│   ├── xt_example.Rd
│   └── xtdescribe.Rd
└── tests/
    ├── testthat/
    │   ├── test_Calibration.R
    │   ├── test_CheckData.R
    │   ├── test_Clustering.R
    │   ├── test_Decomposition.R
    │   ├── test_ExecutionConfig.R
    │   ├── test_Hyperparameters.R
    │   ├── test_Metrics.R
    │   ├── test_Preprocessor.R
    │   ├── test_Resampler.R
    │   ├── test_SuperConfig.R
    │   ├── test_SuperConfigLive.R
    │   ├── test_Supervised.R
    │   ├── test_Theme.R
    │   ├── test_Tuner.R
    │   ├── test_checks.R
    │   ├── test_colorsystem.R
    │   ├── test_draw.R
    │   ├── test_idx.R
    │   ├── test_massGLM.R
    │   ├── test_msg_sink.R
    │   ├── test_strings.R
    │   └── test_to_json.R
    └── testthat.R