gitextract_46eozuid/

├── .Rbuildignore
├── .Rinstignore
├── .github/
│   ├── .gitignore
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   └── feature_request.md
│   └── workflows/
│       ├── R-CMD-check.yaml
│       ├── branch_naming_policy.yaml
│       ├── pkgdown.yaml
│       └── test-coverage.yaml
├── .gitignore
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── active_snw_search.R
│   ├── clustering.R
│   ├── comparison.R
│   ├── core.R
│   ├── data_generation.R
│   ├── enrichment.R
│   ├── pathfindr.R
│   ├── scoring.R
│   ├── utility.R
│   ├── visualization.R
│   └── zzz.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── codecov.yml
├── cran-comments.md
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── extdata/
│   │   ├── CREB.txt
│   │   ├── MYC.txt
│   │   └── resultActiveSubnetworkSearch.txt
│   ├── java/
│   │   └── ActiveSubnetworkSearch.jar
│   └── rmd/
│       ├── conversion_table.Rmd
│       ├── enriched_terms.Rmd
│       └── results.Rmd
├── java/
│   ├── ActiveSubnetworkSearchAlgorithms/
│   │   ├── ActiveSubnetworkSearch.java
│   │   ├── GAIndividual.java
│   │   ├── GeneticAlgorithm.java
│   │   ├── GreedySearch.java
│   │   └── SimulatedAnnealing.java
│   ├── ActiveSubnetworkSearchMisc/
│   │   ├── Gaussian.java
│   │   ├── ScoreCalculations.java
│   │   ├── Subnetwork.java
│   │   └── ZStatistics.java
│   ├── Application/
│   │   ├── AppActiveSubnetworkSearch.java
│   │   └── Parameters.java
│   ├── File/
│   │   ├── ExperimentFileReader.java
│   │   └── SIFReader.java
│   └── Network/
│       ├── Network.java
│       ├── Node.java
│       └── SubnetworkFinder.java
├── man/
│   ├── UpSet_plot.Rd
│   ├── active_snw_enrichment_wrapper.Rd
│   ├── active_snw_search.Rd
│   ├── annotate_term_genes.Rd
│   ├── check_java_version.Rd
│   ├── cluster_enriched_terms.Rd
│   ├── cluster_graph_vis.Rd
│   ├── color_kegg_pathway.Rd
│   ├── combine_pathfindR_results.Rd
│   ├── combined_results_graph.Rd
│   ├── configure_output_dir.Rd
│   ├── create_HTML_report.Rd
│   ├── create_kappa_matrix.Rd
│   ├── enrichment.Rd
│   ├── enrichment_analyses.Rd
│   ├── enrichment_chart.Rd
│   ├── fetch_gene_set.Rd
│   ├── fetch_java_version.Rd
│   ├── filterActiveSnws.Rd
│   ├── fuzzy_term_clustering.Rd
│   ├── get_biogrid_pin.Rd
│   ├── get_gene_sets_list.Rd
│   ├── get_kegg_gsets.Rd
│   ├── get_mgsigdb_gsets.Rd
│   ├── get_pin_file.Rd
│   ├── get_reactome_gsets.Rd
│   ├── gset_list_from_gmt.Rd
│   ├── hierarchical_term_clustering.Rd
│   ├── hyperg_test.Rd
│   ├── input_processing.Rd
│   ├── input_testing.Rd
│   ├── isColor.Rd
│   ├── pathfindr.Rd
│   ├── plot_scores.Rd
│   ├── process_pin.Rd
│   ├── return_pin_path.Rd
│   ├── run_pathfindr.Rd
│   ├── safe_get_content.Rd
│   ├── score_terms.Rd
│   ├── single_iter_wrapper.Rd
│   ├── summarize_enrichment_results.Rd
│   ├── term_gene_graph.Rd
│   ├── term_gene_heatmap.Rd
│   ├── visualize_KEGG_diagram.Rd
│   ├── visualize_active_subnetworks.Rd
│   ├── visualize_term_interactions.Rd
│   └── visualize_terms.Rd
├── renv/
│   ├── .gitignore
│   ├── activate.R
│   └── settings.json
├── revdep/
│   ├── .gitignore
│   ├── email.yml
│   └── failures.md
├── slides/
│   └── cost_charme_school/
│       └── demo_script.R
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── test-active_snw_search.R
│   │   ├── test-clustering.R
│   │   ├── test-comparison.R
│   │   ├── test-core.R
│   │   ├── test-data_generation.R
│   │   ├── test-enrichment.R
│   │   ├── test-scoring.R
│   │   ├── test-utility.R
│   │   ├── test-visualization.R
│   │   └── test-zzz.R
│   ├── testthat-active_snw.R
│   ├── testthat-clustering.R
│   ├── testthat-comparison.R
│   ├── testthat-core.R
│   ├── testthat-data_generation.R
│   ├── testthat-enrichment.R
│   ├── testthat-scoring.R
│   ├── testthat-utility.R
│   ├── testthat-visualization.R
│   └── testthat-zzz.R
└── vignettes/
    ├── .gitignore
    ├── comparing_results.Rmd
    ├── intro_vignette.Rmd
    ├── manual_execution.Rmd
    ├── non_hs_analysis.Rmd
    ├── obtain_data.Rmd
    └── visualization_vignette.Rmd