gitextract_myymkbek/

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├── .gitignore
├── CRAN-SUBMISSION
├── DESCRIPTION
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── data.R
│   ├── do_ActivityHeatmap.R
│   ├── do_AlluvialPlot.R
│   ├── do_BarPlot.R
│   ├── do_BeeSwarmPlot.R
│   ├── do_BoxPlot.R
│   ├── do_CNVHeatmap.R
│   ├── do_CellularStatesPlot.R
│   ├── do_ChordDiagramPlot.R
│   ├── do_ColorBlindCheck.R
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│   ├── do_CorrelationHeatmap.R
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│   ├── do_DotPlot.R
│   ├── do_EnrichmentHeatmap.R
│   ├── do_ExpressionHeatmap.R
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│   ├── do_GroupwiseDEHeatmap.R
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│   ├── do_LoadingsHeatmap.R
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│   ├── do_PathwayActivityHeatmap.R
│   ├── do_RankedEnrichmentHeatmap.R
│   ├── do_RankedExpressionHeatmap.R
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│   ├── do_SCEnrichmentHeatmap.R
│   ├── do_SCExpressionHeatmap.R
│   ├── do_StripPlot.R
│   ├── do_TFActivityHeatmap.R
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│   ├── do_WafflePlot.R
│   ├── globals.R
│   ├── plot_density_patch.R
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├── README.md
├── cran-comments.md
├── data/
│   └── human_chr_locations.rda
├── inst/
│   ├── CITATION
│   └── extdata/
│       ├── de_genes_example.rds
│       ├── dorothea_activities_example.rds
│       ├── enriched_terms_example.rds
│       ├── genes_example.rds
│       ├── infercnv_object_example.rds
│       ├── infercnv_object_metacells_example.rds
│       ├── liana_output_example.rds
│       ├── metacell_mapping_example.rds
│       ├── progeny_activities_example.rds
│       └── seurat_dataset_example.rds
├── man/
│   ├── do_ActivityHeatmap.Rd
│   ├── do_AlluvialPlot.Rd
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│   ├── do_BoxPlot.Rd
│   ├── do_CNVHeatmap.Rd
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│   ├── doc_function.Rd
│   ├── examples/
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│   ├── human_chr_locations.Rd
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├── revdep/
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├── tests/
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│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── .gitignore
    └── reference_manual.Rmd