gitextract_97iggw1v/ ├── .gitignore ├── CODE_OF_CONDUCT.md ├── CONTRIBUTING.md ├── LICENSE ├── README.md ├── cpa/ │ ├── __init__.py │ ├── api.py │ ├── data.py │ ├── helper.py │ ├── model.py │ ├── plotting.py │ └── train.py ├── datasets/ │ └── .gitkeep ├── notebooks/ │ └── demo.ipynb ├── preprocessing/ │ ├── GSM.ipynb │ ├── Norman19.ipynb │ ├── cross_species.ipynb │ ├── lincs.ipynb │ ├── pachter.ipynb │ ├── sciplex3.ipynb │ └── sciplex3_round_robin.ipynb ├── pretrained_models/ │ ├── .gitattributes │ └── .gitkeep ├── requirements.txt ├── scripts/ │ ├── .gitkeep │ ├── run_collect_results.sh │ ├── run_one_epoch.sh │ └── run_sweeps.sh ├── setup.py └── tests/ └── test.py