gitextract_mj_78uq1/ ├── .github/ │ ├── ISSUE_TEMPLATE/ │ │ ├── 🐛-bug-report.md │ │ ├── 📓-documentation-request.md │ │ └── 🙏-feature-request.md │ └── workflows/ │ ├── linux-pull-request.yml │ ├── linux-push.yml │ ├── macos-pull-request.yml │ ├── macos-push.yml │ ├── release-tag.yml │ ├── windows-pull-request.yml │ └── windows-push.yml ├── .gitignore ├── .gitmodules ├── BUILD.md ├── CMakeLists.txt ├── CODE_OF_CONDUCT.md ├── CONTRIBUTING.md ├── CppProperties.json ├── Documentation/ │ ├── Copyright-FEBio.txt │ ├── Doxygen/ │ │ ├── Doxyfile │ │ ├── Doxyfile_doc_only │ │ ├── building_a_plugin.dox │ │ ├── callback.dox │ │ ├── cb_plugin.dox │ │ ├── create_plugin_fbs3.dox │ │ ├── create_plugin_linux.dox │ │ ├── create_plugin_osx.dox │ │ ├── create_plugin_vs.dox │ │ ├── debug_tools.dox │ │ ├── febio.dox │ │ ├── index.dox │ │ ├── material.dox │ │ ├── modules.dox │ │ ├── pipeline.dox │ │ ├── plugin_basics.dox │ │ ├── plugin_bc.dox │ │ ├── plugin_cast.dox │ │ ├── plugin_datagenerator.dox │ │ ├── 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FEPeriodicBoundary.h │ ├── FEPeriodicSurfaceConstraint.cpp │ ├── FEPeriodicSurfaceConstraint.h │ ├── FEPipetteAspiration.cpp │ ├── FEPipetteAspiration.h │ ├── FEPlasticFlowCurve.cpp │ ├── FEPlasticFlowCurve.h │ ├── FEPointBodyForce.cpp │ ├── FEPointBodyForce.h │ ├── FEPointConstraint.cpp │ ├── FEPointConstraint.h │ ├── FEPolynomalHyperElastic.cpp │ ├── FEPolynomialHyperElastic.h │ ├── FEPreStrainConstraint.cpp │ ├── FEPreStrainConstraint.h │ ├── FEPreStrainElastic.cpp │ ├── FEPreStrainElastic.h │ ├── FEPreStrainUncoupledElastic.cpp │ ├── FEPreStrainUncoupledElastic.h │ ├── FEPrescribedActiveContractionIsotropic.cpp │ ├── FEPrescribedActiveContractionIsotropic.h │ ├── FEPrescribedActiveContractionIsotropicUC.cpp │ ├── FEPrescribedActiveContractionIsotropicUC.h │ ├── FEPrescribedActiveContractionTransIso.cpp │ ├── FEPrescribedActiveContractionTransIso.h │ ├── FEPrescribedActiveContractionTransIsoUC.cpp │ ├── FEPrescribedActiveContractionTransIsoUC.h │ ├── 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FEReactivePlasticDamage.h │ ├── FEReactivePlasticDamageMaterialPoint.cpp │ ├── FEReactivePlasticDamageMaterialPoint.h │ ├── FEReactivePlasticity.cpp │ ├── FEReactivePlasticity.h │ ├── FEReactivePlasticityMaterialPoint.cpp │ ├── FEReactivePlasticityMaterialPoint.h │ ├── FEReactiveVEMaterialPoint.cpp │ ├── FEReactiveVEMaterialPoint.h │ ├── FEReactiveViscoelastic.cpp │ ├── FEReactiveViscoelastic.h │ ├── FERelativeVolumeCriterion.cpp │ ├── FERelativeVolumeCriterion.h │ ├── FERemodelingElasticDomain.cpp │ ├── FERemodelingElasticDomain.h │ ├── FERemodelingElasticMaterial.cpp │ ├── FERemodelingElasticMaterial.h │ ├── FEResidualVector.cpp │ ├── FEResidualVector.h │ ├── FERigidAngularDamper.cpp │ ├── FERigidAngularDamper.h │ ├── FERigidBody.cpp │ ├── FERigidBody.h │ ├── FERigidCable.cpp │ ├── FERigidCable.h │ ├── FERigidConnector.cpp │ ├── FERigidConnector.h │ ├── FERigidContractileForce.cpp │ ├── FERigidContractileForce.h │ ├── FERigidCylindricalJoint.cpp │ ├── FERigidCylindricalJoint.h │ ├── 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├── FERigidWallInterface.cpp │ ├── FERigidWallInterface.h │ ├── FESRIElasticSolidDomain.cpp │ ├── FESRIElasticSolidDomain.h │ ├── FESSIShellDomain.cpp │ ├── FESSIShellDomain.h │ ├── FEScaledElasticMaterial.cpp │ ├── FEScaledElasticMaterial.h │ ├── FEScaledUncoupledMaterial.cpp │ ├── FEScaledUncoupledMaterial.h │ ├── FEScriptedBodyForce.cpp │ ├── FEScriptedBodyForce.h │ ├── FEScriptedDisplacementBC.cpp │ ├── FEScriptedDisplacementBC.h │ ├── FEScriptedPressureLoad.cpp │ ├── FEScriptedPressureLoad.h │ ├── FEScriptedTractionLoad.cpp │ ├── FEScriptedTractionLoad.h │ ├── FEShenoyMaterial.cpp │ ├── FEShenoyMaterial.h │ ├── FESlideLineConstraint.cpp │ ├── FESlideLineConstraint.h │ ├── FESlidingElasticInterface.cpp │ ├── FESlidingElasticInterface.h │ ├── FESlidingInterface.cpp │ ├── FESlidingInterface.h │ ├── FESolidAnalysis.cpp │ ├── FESolidAnalysis.h │ ├── FESolidDomainFactory.cpp │ ├── FESolidDomainFactory.h │ ├── FESolidLinearSystem.cpp │ ├── FESolidLinearSystem.h │ ├── FESolidMaterial.cpp 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FECarterHayes.cpp │ ├── FECarterHayes.h │ ├── FEChemicalReaction.cpp │ ├── FEChemicalReaction.h │ ├── FEConcentrationIndependentReaction.cpp │ ├── FEConcentrationIndependentReaction.h │ ├── FEDiffAlbroIso.cpp │ ├── FEDiffAlbroIso.h │ ├── FEDiffConstIso.cpp │ ├── FEDiffConstIso.h │ ├── FEDiffConstOrtho.cpp │ ├── FEDiffConstOrtho.h │ ├── FEDiffRefIso.cpp │ ├── FEDiffRefIso.h │ ├── FEFiberExpPowSBM.cpp │ ├── FEFiberExpPowSBM.h │ ├── FEFiberPowLinearSBM.cpp │ ├── FEFiberPowLinearSBM.h │ ├── FEFixedConcentration.cpp │ ├── FEFixedConcentration.h │ ├── FEFixedFluidPressure.cpp │ ├── FEFixedFluidPressure.h │ ├── FEFluidFlux.cpp │ ├── FEFluidFlux.h │ ├── FEHydraulicPermeability.cpp │ ├── FEHydraulicPermeability.h │ ├── FEInitialConcentration.cpp │ ├── FEInitialConcentration.h │ ├── FEInitialEffectiveFluidPressure.cpp │ ├── FEInitialEffectiveFluidPressure.h │ ├── FEMassActionForward.cpp │ ├── FEMassActionForward.h │ ├── FEMassActionForwardEffective.cpp │ ├── FEMassActionForwardEffective.h │ ├── 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│ ├── FEPermRefOrtho.cpp │ ├── FEPermRefOrtho.h │ ├── FEPermRefTransIso.cpp │ ├── FEPermRefTransIso.h │ ├── FEPorousNeoHookean.cpp │ ├── FEPorousNeoHookean.h │ ├── FEPrescribedConcentration.cpp │ ├── FEPrescribedConcentration.h │ ├── FEPrescribedNodalFluidPressure.cpp │ ├── FEPrescribedNodalFluidPressure.h │ ├── FEPressureStabilization.cpp │ ├── FEPressureStabilization.h │ ├── FEReaction.cpp │ ├── FEReaction.h │ ├── FEReactionRateConst.cpp │ ├── FEReactionRateConst.h │ ├── FEReactionRateExpSED.cpp │ ├── FEReactionRateExpSED.h │ ├── FEReactionRateHuiskes.cpp │ ├── FEReactionRateHuiskes.h │ ├── FEReactionRateNims.cpp │ ├── FEReactionRateNims.h │ ├── FEReactionRateRuberti.cpp │ ├── FEReactionRateRuberti.h │ ├── FEReactionRateSoluteAsSBM.cpp │ ├── FEReactionRateSoluteAsSBM.h │ ├── FERemodelingSolid.cpp │ ├── FERemodelingSolid.h │ ├── FESBMPointSource.cpp │ ├── FESBMPointSource.h │ ├── FESFDSBM.cpp │ ├── FESFDSBM.h │ ├── FESlidingInterface2.cpp │ ├── FESlidingInterface2.h │ ├── 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FESupplySynthesisBinding.h │ ├── FETiedBiphasicInterface.cpp │ ├── FETiedBiphasicInterface.h │ ├── FETiedMultiphasicInterface.cpp │ ├── FETiedMultiphasicInterface.h │ ├── FETriphasic.cpp │ ├── FETriphasic.h │ ├── FETriphasicDomain.cpp │ ├── FETriphasicDomain.h │ ├── febiomix_api.h │ └── stdafx.h ├── FEBioOpt/ │ ├── FEBioOpt.cpp │ ├── FEBioOpt.h │ ├── FEBioParamRun.cpp │ ├── FEBioParamRun.h │ ├── FEConstrainedLMOptimizeMethod.cpp │ ├── FEConstrainedLMOptimizeMethod.h │ ├── FEDataSource.cpp │ ├── FEDataSource.h │ ├── FELMOptimizeMethod.cpp │ ├── FELMOptimizeMethod.h │ ├── FEObjectiveFunction.cpp │ ├── FEObjectiveFunction.h │ ├── FEOptimize.cpp │ ├── FEOptimize.h │ ├── FEOptimizeData.cpp │ ├── FEOptimizeData.h │ ├── FEOptimizeInput.cpp │ ├── FEOptimizeInput.h │ ├── FEOptimizeMethod.cpp │ ├── FEOptimizeMethod.h │ ├── FEParameterSweep.cpp │ ├── FEParameterSweep.h │ ├── FEPowellOptimizeMethod.cpp │ ├── FEPowellOptimizeMethod.h │ ├── FEScanOptimizeMethod.cpp │ ├── FEScanOptimizeMethod.h │ ├── NLOptOptimizeMethod.cpp │ ├── NLOptOptimizeMethod.h │ ├── febioopt_api.h │ ├── stdafx.h │ └── targetver.h ├── FEBioPlot/ │ ├── FEBioPlotFile.cpp │ ├── FEBioPlotFile.h │ ├── PlotFile.cpp │ ├── PlotFile.h │ ├── PltArchive.cpp │ ├── PltArchive.h │ ├── VTKPlotFile.cpp │ ├── VTKPlotFile.h │ ├── febioplot_api.h │ ├── stdafx.cpp │ ├── stdafx.h │ └── targetver.h ├── FEBioRVE/ │ ├── FE2OMicroConstraint.cpp │ ├── FE2OMicroConstraint.h │ ├── FEBCPrescribedDeformation2O.cpp │ ├── FEBCPrescribedDeformation2O.h │ ├── FEBioRVE.cpp │ ├── FEBioRVE.h │ ├── FEBioRVEPlot.cpp │ ├── FEBioRVEPlot.h │ ├── FEElasticMaterial2O.cpp │ ├── FEElasticMaterial2O.h │ ├── FEElasticMultiscaleDomain1O.cpp │ ├── FEElasticMultiscaleDomain1O.h │ ├── FEElasticMultiscaleDomain2O.cpp │ ├── FEElasticMultiscaleDomain2O.h │ ├── FEElasticSolidDomain2O.cpp │ ├── FEElasticSolidDomain2O.h │ ├── FEMicroMaterial.cpp │ ├── FEMicroMaterial.h │ ├── FEMicroMaterial2O.cpp │ ├── FEMicroMaterial2O.h │ ├── FEMindlinElastic2O.cpp │ ├── FEMindlinElastic2O.h │ ├── FEMultiscaleDomainFactory.cpp │ ├── FEMultiscaleDomainFactory.h │ ├── FEPeriodicBoundary1O.cpp │ ├── FEPeriodicBoundary1O.h │ ├── FEPeriodicBoundary2O.cpp │ ├── FEPeriodicBoundary2O.h │ ├── FEPeriodicLinearConstraint2O.cpp │ ├── FEPeriodicLinearConstraint2O.h │ ├── FERVEModel.cpp │ ├── FERVEModel.h │ ├── FERVEModel2O.cpp │ ├── FERVEModel2O.h │ ├── FERVEProbe.cpp │ ├── FERVEProbe.h │ ├── febiorve_api.h │ └── stdafx.h ├── FEBioTest/ │ ├── FEBioDiagnostic.cpp │ ├── FEBioDiagnostic.h │ ├── FEBioTest.cpp │ ├── FEBioTest.h │ ├── FEBiphasicTangentDiagnostic.cpp │ ├── FEBiphasicTangentDiagnostic.h │ ├── FEContactDiagnostic.cpp │ ├── FEContactDiagnostic.h │ ├── FEContactDiagnosticBiphasic.cpp │ ├── FEContactDiagnosticBiphasic.h │ ├── FEDiagnostic.cpp │ ├── FEDiagnostic.h │ ├── FEEASShellTangentDiagnostic.cpp │ ├── FEEASShellTangentDiagnostic.h │ ├── FEFluidFSITangentDiagnostic.cpp │ ├── FEFluidFSITangentDiagnostic.h │ ├── FEFluidTangentDiagnostic.cpp │ ├── 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XMLReader.h │ ├── XMLWriter.cpp │ ├── XMLWriter.h │ ├── febioxml_api.h │ ├── stdafx.h │ ├── xmltool.cpp │ └── xmltool.h ├── FECore/ │ ├── AkimaSpline.cpp │ ├── AkimaSpline.h │ ├── BFGSSolver.cpp │ ├── BFGSSolver.h │ ├── BSpline.cpp │ ├── BSpline.h │ ├── CSRMatrix.cpp │ ├── CSRMatrix.h │ ├── Callback.cpp │ ├── Callback.h │ ├── ClassDescriptor.cpp │ ├── ClassDescriptor.h │ ├── CompactMatrix.cpp │ ├── CompactMatrix.h │ ├── CompactSymmMatrix.cpp │ ├── CompactSymmMatrix.h │ ├── CompactSymmMatrix64.cpp │ ├── CompactSymmMatrix64.h │ ├── CompactUnSymmMatrix.cpp │ ├── CompactUnSymmMatrix.h │ ├── DOFS.cpp │ ├── DOFS.h │ ├── DataRecord.cpp │ ├── DataRecord.h │ ├── DataStore.cpp │ ├── DataStore.h │ ├── DenseMatrix.cpp │ ├── DenseMatrix.h │ ├── DomainDataRecord.cpp │ ├── DomainDataRecord.h │ ├── DumpFile.cpp │ ├── DumpFile.h │ ├── DumpMemStream.cpp │ ├── DumpMemStream.h │ ├── DumpStream.cpp │ ├── DumpStream.h │ ├── EigenSolver.cpp │ ├── EigenSolver.h │ ├── ElementDataRecord.cpp │ ├── 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