gitextract_s0fltzsu/

├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug-.md
│   │   └── question-.md
│   └── PULL_REQUEST_TEMPLATE/
│       └── PR.md
├── .snakemake-workflow-catalog.yml
├── .travis.yml
├── CITATION.bib
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── LICENSE
├── README.md
├── config/
│   ├── README.md
│   ├── cluster_config.json
│   └── config.yaml
└── workflow/
    ├── Snakefile
    ├── envs/
    │   ├── metaGEM_env.yml
    │   ├── metaGEM_env_long.yml
    │   ├── metaWRAP_env.yml
    │   └── prokkaroary_env.yml
    ├── metaGEM.sh
    ├── rules/
    │   ├── Snakefile_experimental.smk.py
    │   ├── Snakefile_single_end.smk.py
    │   ├── kallisto2concoctTable.smk
    │   ├── maxbin_single.smk
    │   └── metabat_single.smk
    └── scripts/
        ├── assemblyVis.R
        ├── assemblyVis_alternative.R
        ├── binFilter.py
        ├── binningVis.R
        ├── binningVis_perSample.R
        ├── compositionVis.R
        ├── compositionVis_old.R
        ├── download_toydata.txt
        ├── env_setup.sh
        ├── kallisto2concoct.py
        ├── media_db.tsv
        ├── modelVis.R
        ├── prepareRoaryInput.R
        ├── prepareRoaryInputGTDBtk.R
        ├── prepareRoaryInput_old.R
        ├── qfilterVis.R
        └── taxonomyVis.R